本章构建了集群企业持续型自主创新的空间与知识模型。从空间要素和知识要素两个层面构建了集群企业持续竞争力提升的自主创新模型。自主创新空间模型揭示了生态化和网络化自主创新模式有利于实现集群企业之间空间距离的缩短或跨时空限制，构建互补共生的合作关系，提升集群企业持续竞争力。自主创新知识模型探讨了集群企业基于知识共享的战略联盟创新，要优于单独性或模仿性创新，持续型自主创新模式选择能够有效实现集群企业知识共享、资源整合、技术互补的协同创新效应。
集群企业持续型自主创新运行机制研究基于前文对集群企业自主创新影响因素、持续型自主创新模式的特点、持续型自主创新空间与知识模型的分析，集群企业自主创新行为并非是由单个因素所决定的偶然性过程，而是涉及由技术、经济、法律、政策以及企业自身等多种因素相互作用的系统动力学过程，因而为了促进集群企业持续型自主创新行为的发生，需要构建有效的运行机制。这种运行机制是推动集群企业进行持续型自主创新的各种力量的集合，提升集群企业的持续竞争力。基于持续型自主创新模式的全面化、生态化、网络化等类型的分析，构建集群企业持续型自主创新机制，主要包括三个层面的内容。