美国1903年11月18日与新成立的巴拿马共和国缔结一项条约。为开凿贯通巴拿马地峡的运河铺平了道路。这项条约是在美国最近承认巴拿马新政府之后签订的。巴拿马于11月初脱离哥伦比亚。根据这一条约，美国将对巴拿马运河两岸5英里以内的土地拥有主权，并有权在这一区域内驻扎军队。来自政府的消息说，巴拿马的新政府无疑有权签署这一条约。新政府对整个巴拿马地峡行使着权力。据报道，哥伦比亚的官员和军事力量全部撤出了巴拿马。
11月6日巴拿马脱离哥伦比亚之后，美国将海军的迪克西号军舰派往巴拿马，船上有400名海军陆战队士兵，前去维持治安。为了援助迪克西号，另有3艘军舰也被派往该地区。官方的声明说，运河凿通后，美国在墨西哥湾和大西洋沿岸的港与拉丁美洲各港之间的贸易量将会增加。来自海军方面的消息说，运河完工后，海军的机动性会增大，因为到那时大西洋舰队和太平洋舰队能在紧急时刻相互增援。政府中提供消息的人不想低估动土后的土木工程任务。他们指出，这项工程将需要大批劳动力，还需要一些挖掘机械。热带疾病也被认为是一个非常严重的问题。由于有了在古巴和菲律宾的经验，陆军在没有进一步了解到服役期间如何预防虐疾、黄热病和其他疾病的情况下，担心去巴拿马会冒减员的风险。一些提供消息的人士说，法国人开凿运河的努力之所以没有成功，一方面是由于施工问题，另一方面也是由于疾病的威胁造成的。人们普遍认为，在巴拿马地峡开凿运河，比法国选择的北雏地区更为合适，对于美国和巴拿马共和国的新条约，国际上普遍持赞同态度。伦敦的《泰晤士报》发表评论说，这项条约是“美国经济和战略利益的合理扩展，”人们知道罗斯福总统赞成早日开工。1902年，美国主动提出以1000万美元现金、每年25万美元租金的代价购买巴拿马地峡的领土。罗斯福称这一提议是“慷慨的开价”。但哥伦比亚却拒绝接受。据说罗斯福当时被激怒了。他在给国务卿海约翰的信中写道：“我们也许不得不教训一下这砦长耳大的野兔”。