欧洲接受了并且慢慢地吸收了阿拉伯知识，因此，在欧洲，研究学术的工具也有了很大的进步。在东罗马帝国的君士坦丁堡，9、10世纪时，就已经出现了知识的复兴。
当时君士坦丁七世提倡学术与艺术，并且命人编纂百科全书式的著作。以君士坦丁堡为基地，靠了基辅公爵弗拉基米尔的不断劝诱，把俄罗斯也变成了基督教国，在10世纪末，直接导源于东罗马帝国（拜占庭）的俄罗斯艺术也出现了。因为有了这个拜占庭的文艺复兴，许多希腊的手稿才被人复制并保存下来。
我们说过，从很早的时候，在萨勒诺已经有了一个世俗学问的研究中心，特别是医学研究中心，而在北欧方面，查理大帝与阿尔弗烈德大帝对于学者的奖励，也使一般学术的发展得到推动。盖尔贝特（Gerbert）是法国博学的教育家与数学家，972年—999年间，他在兰斯（Rheims）等地教书，公元999年，被选为教皇，改名西尔维斯特二世（S y l v e s t e rⅡ）。在他的著作中，他讲到印度数字、算盘（一种简易的计算机）和星盘（一个有刻度的金属圆盘，上面有一个臂绕中心旋转，可用以测量天顶距）。10世纪早期，阿拉伯学术已经传播到列日（Liege）和洛林（Lorraine）等其他城市，再由这里传到法国、德国与英国。1180年左右，在赫尔福德的罗吉尔（Roger of Hereford）的领导下，出现了一个阿拉伯学术的中心。
黑暗时期的学术任务是把濒于灭绝的古代学术尽可能地挽救出来，以后几个世纪的任务则是熟习与吸收所重新发现的学术。中世纪初期在学术方面的主要成就，是把拉丁纲要的作者所保存下来的残存古代古典知识与早期教父们依照新柏拉图主义诠释的基督教信仰融合为一。我们可以看到，自9世纪以来，这个过程就在进行，可以说从那时起，中世纪的建设时期就开始了。
到12世纪时，从过去得来的双重遗产已经由中世纪的思想界加以考察、清理、吸收与改造了。此后哲学性的神学工作就暂时停顿下来，可是这个时期里，把古典书籍当做文学来欣赏的现象却达到了极点。比较高深的亚里士多德著作，没有一部是完整的，因此没有一部科学书籍落到当时学者手中，来打扰他们偏重于文学的观点。这些学者所以留心典籍，本来只是一种治学的别径，或者只是为了更便于了解圣经的语言和神父的著作。虽然亚里士多德的著作，经过各家注释未尝没有间接的影响，但当时流行的神学态度仍然是柏拉图派或新柏拉图与奥古斯丁派的态度，是唯心主义的和神秘的，而不是理性的和哲学的。
但在13世纪时，人们的观点就发生了一个重大的变化，这与当时随着托体僧的出现而产生的人道运动是同时发生的，而且或许还是有关联的。为了满足人们追求世俗知识的不断增长的要求，希腊书籍翻译成拉丁语，起初是从阿拉伯语转译，后来直接由希腊语译出。全部情况至今还没有完全弄清楚，因为我们对于阿拉伯科学文献——即使是现存的那一部分科学文献——的知识还是很片段的，要正确地指出什么是阿拉伯人增加到希腊科学上去的，还不可能。
由阿拉伯语到拉丁语的翻译工作，在西班牙最是活跃。这里自1125年—1280年有一系列的翻译家针对许多题目孜孜不倦地工作着。“由于他们的工作，我们才得到亚里士多德、托勒密、欧几里德和希腊医学家阿维森纳与阿维罗伊以及阿拉伯天文学家与数学家的著作，还有一大堆占星术书籍，显然还有不少的炼金术的书籍”。
在重要性上次于西班牙的是意大利南部与西西里。在这些地方，有不少著作从阿拉伯语和希腊语翻译过来，这是因为这些地方与君士坦丁堡有外交和商务的关系，而且居住有一些阿拉伯人和希腊人的缘故。从这个来源得到了一些医学书籍，一本地理著作与地图以及托勒密的《光学》。亚里士多德的《动物学》、《形而上学》与《物理学》及1200年以后在西方出现的许多次要书籍，其来源则属于许多散居各处的或不知名的译者。
那时科学文献的通用语言是阿拉伯语，从阿拉伯语译出的书籍，即使作者是希腊人，也见重于当时。当时，说阿拉伯话的民族以及杂居其间的犹太人对于科学感到真正的兴趣，中世纪欧洲正是由于同伊斯兰教国家接触，才从早期的观点过渡到一个比较富于理性主义的心理习惯。
最大的变化是在重新发现亚里士多德著作的时候发生的。1200年至1225年间，亚里士多德的全集被发现了，并且翻译成拉丁语，与其他希腊著作一样，起先是从阿拉伯语译出，后来才直接由希腊语译出。在后一翻译工作中，最出色的一个学者是格罗塞特（Robert Grosseteste）。他是牛津大学的校长，林肯区的主教，著有讨论彗星与其成因的论文。
在这个时期里解释亚里士多德的最主要的学者是多明我会修士科隆的大阿尔伯特（Albertus Magnus of Cologne，1206年—1280年），他也是中世纪里最富有科学思想的一人。他把亚里士多德、阿拉伯和犹太诸要素组成一个整体，其中包括了当时的天文学、地理学、植物学、动物学与医学各种知识。在这一工作中，阿尔伯特本人与其同时代的植物学家鲁菲纳斯（Rufinus）等人作出了肯定的贡献。
公元5世纪，随着西罗马帝国的灭亡，希腊、罗马灿烂的古典文化迅速衰落，罗马时代的城市几乎完全没落，有的成为设防据点，有的成为封建诸侯或主教的驻地，古代的各种文化教育机构也几乎荡然无存。统治西欧各地区的各个蛮族王国由于刚刚才脱离原始部落状态，在文化教育方面还是一片空白，这时，罗马基督教会就成了古代文化的承担者和传播者。在教会的努力下，陆续出现了一些修道院学校、大主教区学校和教区学校，其中以意大利修道士本尼狄克开创的本笃会修道院所组织的教育活动影响最大。僧院学校的学生分为两种，一种是准备充当僧侣的儿童，称为Oblati，意味自愿献身者；另一种是学成后不准备充当僧侣者，称为Externi，意味外来者。前者又称为内学，后者又称为外学。除僧院学校外，还有大主教区学校和教区学校。大主教学校设在主教的所在地，学校的性质与水平同僧院学校相当，学校设备较好，学科内容也比较完备。教区学校设在神职人员所在的村落，学校规模很小，设备简陋，只教授一般的读、写、算和基督教的初步知识，它虽然是由教会举办的，但也向一般世俗群众开放。教会首先需要的是对教士和僧侣进行读、写、算和教义基本知识的教育，这就需要利用古典文化的一些成果，这样，就逐步形成了被称为“七艺”（文艺学科教育）的学习课程。在当时的学校都设有三艺（trivium）和四艺（quadrivium），前者指语法学、修辞学和逻辑学，后者包括算术、几何、音乐和天文学，两者和在一块即所谓的“七门自由艺术”（septem artes liberales），简称“七艺”。但是，在整个中世纪的初期，文化教育基本上局限于为教会和宫廷服务，教育水平也停留在基本知识的传授上。
从11世纪末到13世纪，随着手工业与农业的分离和商业的逐渐活跃，开始重新出现手工业和商业中心的城市。随着城市的发展，西欧与其他地区的来往开始多了起来，人们的思想眼界也比以前开阔了，此时，教会学校已无法满足世俗社会的需要，于是，逐渐出现了城市的大学。城市大学的诞生标志着西欧文化历史的一个新时期的开始，而它的出现又是与当时的历史文化条件分不开的。
十字军东征和东西文化交通为大学的兴起铺平了道路。1095年，教皇乌尔班二世在法国南部的克勒芒召开宗教会议，发表煽动基督徒的长篇演说，为“征讨异教徒”进行总动员，以此为标志，开始了长达200年的十字军东征。通过十字军东征，欧洲人接触到了高水平的拜占庭文化和阿拉伯文化，带回了许多学术典籍。在阿拉伯人占领的比利牛斯半岛和诺曼人占领的意大利南部，许多学者将古典文献和阿拉伯文献由希腊文和阿拉伯文译为拉丁文。由此，中世纪的欧洲开始了解到古典文化的面貌，如柏拉图、亚里士多德的著作，欧几里德的几何原理，托勒密的天文学，希波克拉底和盖伦的医学著作等。另外，一些伊斯兰文化的杰出成就，如阿维森纳的医学和哲学著作，阿维罗伊的哲学著作，以及各种代数学、化学、天文学、医学方面的知识也都传入欧洲。这对于当时西欧的学术界和文化界是一场大的革新，除了原来的文艺学科有了很大的改革和发展外，新的三个高等学科即神学、法学和医学也开始确立，从而为大学各学科的形成准备了条件。
中世纪大学是市民社会的直接产物，它的组织形式来自城市和行会的组织形式，当时西欧城市各种行会组织的形成、发展为大学的组织奠定了基础。在城市的发展中，兴起了各种手工业的同业行会、商会，它们拥有相当大的自治权，成为控制城市的力量。在行会的发展和斗争中，逐渐形成了较为严密的组织与规章制度，这成为了大学组织的榜样，最初的大学机构，也就是学生行会与教师行会。大学（university）一词由拉丁语universitas而来，而universitas本意为“共同体”，它是由介词Versus（往，向，朝向）与名词Unum（唯一，单独）构成，意思是“成为一体”。因此，大学在它诞生之初无非是教师和学生的行业公会，学校由教师和学生共同管理。所有的教师联合成特殊的组织即专业行会，称为系或教授会（faculty），它是由拉丁语facultas而来，本意为才能，即教授某种科目的能力，后来开始把系这个名词理解为教授某部门知识的大学分部；学生则组成同乡行会，双方各有自己的权利和义务。简单来说，大学作为一种行会体制，教师与学生的关系就是师傅（magister）与学徒（discipulus）的关系。
最早兴起的大学是12世纪意大利的波洛尼亚大学和萨莱尔诺大学，随后巴黎、牛津大学相继产生，到15世纪，整个西欧建立了近80所大学。据统计，意大利有20所，法国有18所，英国有2所，苏格兰有3所，西班牙有13所，葡萄牙有1所，德意志神圣罗马帝国境内有16所，匈牙利有3所，波兰、丹麦和瑞典各1所。由于当时民族国家尚未形成，每个地方的大学都向各地学生开放，而不限于周边地区，这就使得那时的大学都有着很强的国际性，各地的学生可根据自己的志向和兴趣自由到自己所喜爱的大学求学。但有一点是共同的，那就是只有完成了以传统的“七艺”为内容的基本人文学科课程后，才可能进入法学、医学和神学等其他专科的学习。
大学作为一种行业公会，是一种独立自主的机构，完全实行自治。它既不受任何上级的管辖，也不受所在地方的限制。如果学校与市政当局发生矛盾，或者对所在地的条件及环境感到不满意，便会全校搬到其他地方继续办学。大学的自治性还表现在它享有其他一些特权，如免纳捐税，平时免受兵役，不受普通司法机关管辖等。在争取自治的过程中，几乎所有的大学在其成立之初都同当时的市政当局和教会发生过激烈的冲突，甚至发生大规模的械斗。中世纪大学按领导体制可分为两种类型。以最早兴起的意大利波洛尼亚大学为代表的称为“学生大学”，由学生主持校务，教授的选聘、学费的数额、学期的时限和授课的时数等，均由学生决定，欧洲南部的大学，如法国（巴黎大学除外）、西班牙、葡萄牙等地的大学多属此种类型。以法国巴黎大学为代表的称为“先生大学”，由教师掌管校务，欧洲北部的大学，如英格兰、苏格兰、瑞典、丹麦、德国等地的大学，则多属此种类型。
中世纪大学统一用拉丁语作为教学语言，这就使得欧洲各地的学生可以聚集一起共同学习。不同的学科虽然在教学内容上有很大的差异，但在教学方法上却大致相同。如在当时的神学院，除了圣经外，最重要的教科书是彼特·朗巴特（Peter Lombard，1100—1164）的《箴言四书》（Libri Quatuor Sententiarum），但其主要的教学方法仍是通行的讲授和论辩。讲授（lectio）来自拉丁语动词阅读（lego），即阅读指定的教材，由教师诵读教科书原文及其注解，学生逐字逐句地笔记，授课的内容则被记录、整理为“注释集”（Commentarius）。论辩（quaestio）最初只是一种口头训练，后来演变为一种正式的教学方法。在神学院，论辩又分为两种，即问题论辩（quaestio disputata）和自由论辩（quaestio quodlibetalis）。问题论辩在课堂上进行，由教师提出一个论点，由两名学生或两组学生进行对辩，由教师主持，裁定胜负。有时，由一名学生就某一问题的两面自己提出论据，自己辩驳，称为独辩。自由论辩则是在公开场所进行，一般是在降临节（Advent）后的第二周和四旬斋（Lent）后的第四、五周举行。自由论辩的规模很大，不局限于学术问题，任何问题都可提交讨论，参加的人包括学生、老师以及其他著名的访问学者。论辩的题目最后整理、汇集为“论辩集”（Quaestiones），各种题目的论辩集则进一步总汇为“大全”（Summa）。它的写作方式是围绕一个题目提出一系列问题，每一问题都有“赞成”和“反对”两种意见，作者先列举维护这些意见的理由，然后陈述自己的观点，最后逐一反驳其中一种意见的各种理由，并论证另一种意见的各种理由。
按当时大学的规定，文学院的课程需要4年半到6年，有的学校甚至要求7年。文学院毕业后，学生首先获得的是学士学位（baccalaureus），然后才可能继续申请硕士（magister）和博士（doctor）两种学位。当时的硕士和博士学位并无程度上的差别，它们的区别是，硕士考试不公开，合格者发给证书，取得教学资格；博士考试则公开举行，有隆重仪式。通过考试者，到主教所辖的地区，由副主教赐给学位。凡取得硕士或博士学位者，统称为教授（professor）。事实上，学位制最初只是教师行会的一种自我保护措施，它起着决定职业标准和保证学生的学习质量的作用。学士最初根本就不是一种学位，它乃是教师行会所新招学徒的一种身份，这些年轻人希望有一天也成为行会的正式成员。那些获得许可证，被接纳到教师行会的人，最初一律叫硕士（magister），其本意就是师傅，表明已出师了，可以开始授课带徒，而博士或教授仅仅是一种荣誉称号。
巴黎大学是西欧中世纪大学的典范，是欧洲各国学生云集的中心，13世纪的巴黎有欧洲雅典之称。巴黎大学的前身是诺丹（Notre Dame）主教学校。12世纪初，学者香浦的威廉（Guillaume de Champeaux，1072—1121）在此主持校务，著名经院哲学家彼特·阿贝拉尔（Petrus Abaelardus，1079—1142）1108年—1139年间也曾多次在这里讲学。起初，来自欧洲各地的学生按乡土组成德意志、诺曼底、罗马和英格兰四个同乡会，教师则按学科的不同组成艺学、神学、医学和教会法学（罗马民法在巴黎被禁止讲授）四个教授会。每个教授会有权颁发本学科的教学许可证书，决定本学科的教学规则和学生纪律，大学的重大事务都由这几个教授会共同会商。巴黎大学鼎盛时期师生达5万多人，号称与教皇和皇帝一起并为欧洲三足鼎立的势力，因此，在当时就有“罗马有教皇，德国有皇帝，法国有知识”这种说法。到了13世纪，随着经院哲学的繁荣，它更是成了欧洲学者云集的中心，来自各地的学者都在这里求学与讲学，不同学派与思想的论战也大都在此发生，因此，它更是享有“哲学家的天城”（Civitas Philosophorum）的美誉。
中世纪的大学产生以后，迅速成为欧洲文化复兴和传播的中心，也是随后进行的文艺复兴、宗教改革和近代启蒙运动的重要阵地。此外，尽管世界各国、各民族自古以来就有种种较高水平的教育机构，如希腊雅典的学院、阿拉伯的“智慧馆”和中国的书院等，但是，西欧中世纪形成的大学所提供的办学理念、组织原则、教学体系、学业考核制度、法律地位等，却是近现代世界高等教育制度的直接先驱。
中世纪的大学是欧洲重新获得和了解古代希腊罗马的哲学和科学知识的重要媒介。当欧洲还处于文化的黑暗时期时，却正是阿拉伯世界以其灿烂辉煌的文化彪炳于世的时候。公元7、8世纪兴起的阿拉伯—伊斯兰文化是古代东西方诸多民族、宗教融合碰撞的结果，它在产生之初即表现出勤于学习、尊重知识的特点，据说，穆罕默德曾对穆斯林发出“学问即使远在中国，亦当求之”的号召。经过阿拉伯人200年左右的努力，欧洲古代的主要经典几乎都翻译成了阿拉伯文，当这些著作被翻译为拉丁文而为中世纪的学者所了解后，重新点燃了欧洲人的智慧，而这主要是在当时的大学展开的。
中世纪的大学直接促进了经院哲学的发展与繁荣。随着大学的发展，教会的势力也慢慢渗透进大学，经院哲学逐渐成为大学的主要内容。当时兴起的两个托钵修会，即多米尼克修会与法兰西斯修会更是积极向各个大学渗透，他们在大学的活动，造就了一大批著名的学者。属于法兰西斯修会的著名学者有“不可辩驳的博士”（Doctor irrefragibilis）哈列斯的亚历山大（Alexander Halensis，1185—1245）、“六翼天使博士”（Doctor seraphicus）波那文图拉（Bonaventura，1221—1274）、“悲惨博士”（Doctor mirabilis）罗吉尔·培根（Roger Bacon，1214—1292）、“精微博士”（Doctor subtilis）约翰·邓·司各脱（Johannes Duns Scotus，1265—1308）以及威廉·奥康姆（Guillelmus de Ockham，约1285—1349）等；属于多米尼克修会的著名学者有“全能博士”（Doctor universalis）大阿尔伯特（Albertus Magnus，1200—1280）、“天使博士”（Doctor angelicus）托马斯·阿奎那（Thomas Aquinas，1224—1274），以及约翰·艾克哈特（Johannes Eckhart，1260—1327）等。这些大学培养出来的学者成为了中世纪神哲学的中坚力量，他们让他们的时代成为了欧洲思想史上最具创造性的时代之一，他们的著作和思想也成为了近现代哲学的重要源泉。
中世纪大学的出现和发展为欧洲的文艺复兴运动作了准备。中世纪的大学体制为学者们从事学术活动提供了各方面的保证，成为当时各方面学者活动的舞台。例如13世纪的牛津大学就是当时欧洲的科学中心，西方近现代的科学在那里开始萌芽。牛津大学的第一任校长罗伯特·格罗斯太斯特（Robort Grosseteste，1168—1253）和他的学生罗吉尔·培根将柏拉图对数学的强调和亚里士多德对实验观察的强调结合起来，奠定了现代科学兴起的基础，他们自己也成为现代科学的先驱。此外，但丁、薄伽丘、哥白尼、伽利略、弗朗西斯·培根、牛顿等人的思想，也都是在大学的土壤上产生的。
在人们的传统观念中，中世纪的欧洲是人类历史上最黑暗的时代，封建的基督教世界，欧洲文化的方方面面都成为基督教的婢女，中世纪是西方古代文化和近现代文化高峰中间的低谷，充斥着愚昧和野蛮。宗教禁锢着科学、政治、经济和文化的发展，西方近现代文化就是在与封建的基督教文化斗争的过程中发展起来的。文艺复兴时期，近代资产阶级与封建基督教的斗争是科学与宗教、信仰与理性、野蛮与文明、智慧与蒙昧、进步与落后之间的斗争。确实在西方的中世纪和近代社会，科学与宗教呈现出了激烈的冲突，几乎科学的每一个进步都受到了基督教的阻挠。哥白尼的日心说、达尔文的进化论等都经过了与基督教的殊死搏斗。大批的科学家受到了天主教宗教裁判所的制裁和惩罚，伽利略被长期监禁，布鲁诺被活活烧死在罗马的鲜花广场。
然而，在西方的中世纪，基督教对文化的发展同样产生了重大的积极影响。“中世纪文化的繁荣，不仅表现为庞大的神学—哲学体系的建构，而且也表现为罗马法的恢复，自然科学研究的苏醒，特别是在文学和艺术方面，更是取得了辉煌灿烂的成就，不仅出现了一系列英雄文学和骑士文学的光辉篇章，而且创造出一种惊天地、泣鬼神的哥特式建筑，它使中世纪人的精神文化理念，在视觉形象艺术里达到了登峰造极的表现。基督教文化的繁荣把中世纪精神推到了顶峰，使它成为西方历史的一个卓越而独特的阶段”。
思辨性的看待中世纪的欧洲科技史将促使我们重新思考宗教与科学以及传统文化与现代化之间相互关系的一系列问题。