毛泽东在傅连暲信上批示：“此人非当权派，又无大罪，似应予保护。”
趁着看管人员放松之机，邱会作在纸片上写信给叶群，发出了紧急呼救信号——“向林总求救！今后仍同过去一样，只要有一口气，就坚决跟着林副主席走。”
在前文西北工业大学姜明亮等人上书党中央的信中，两次提到邱会作。那时，上书者已将他当作“小节无害论”的典型，可见其劣迹已为众人所知。可林彪为何又重用这样的人呢？林彪自有林彪的道理。
邱会作是江西兴国人，1914年生于一个贫苦的农民家庭，当过放牛娃。江西，特别是兴国，有着光荣的革命传统，受其影响，邱会作很小就加入了革命者的行列。1929年他参加中国工农红军时，只有15岁。两年后，他从瑞金工农红军学校特科团供给队毕业，在红军总供给部当机要统计员。也许是这个经历，使他后来当上了总后勤部长。他政治上进步也很快，1930年加入青年团，1932年又成为中共党员，随后参加了红军长征。
遵义会议时，邱会作任中央红军第四局三科科长，一直跟随毛泽东、周恩来率领的中央红军长征。抵达陕北后，升任红军总供给部部长。1940年，被派赴山东财经工作团，为召开中共七次全国代表大会筹备经费。此后，邱会作相继在豫皖苏边区、新四军第四师、冀察辽边区、北平军调处执行部、热辽军区工作，先后与彭雪枫、邓子恢、李克农、黄永胜共事。
1945年苏联对日宣战，邱会作作为中共派出的5万干部之一，随林彪率领的10万大军进入东北，组建东北抗日民主联军。林彪担任东北局书记、东北野战军司令员。邱会作时任东北野战军第八纵队政治部主任，与司令员黄永胜搭档。
给人印象深的一件事是邱会作严惩丢失阵地的事。
那是攻打锦州前，10月6日夜，八纵二十三师六十八团副团长韩枫，率三营打下小紫荆山后，麻痹大意，下山吃饭去了。担任警戒防御的八连连长也下山去了。下半夜，敌人突然一个反击，把阵地又夺了回去。
此事惊动了敌我两方上层机关。南京《中央日报》也立即登出“国军反击克紫荆山”的消息。
这时已担任八纵政委的邱会作火速赶到六十八团。马上召集全团干部战士和全师连以上干部开会，由他训话。在山坡下野地里，他讲了不到20分钟，干巴利脆，没有一句废话，就是明天拂晓后两小时，必须把小紫荆山再夺回来。然后当场宣布，将六十八团团长和副团长撤职，八连连长枪毙。全场大惊。邱会作下边的话更是震耳：“这次先杀‘两条腿的’，下次再出事就杀‘四条腿的’（指有资格骑马的干部）。”
副团长韩枫在下边说一句怪话：“无官一身轻。”邱会作听见了，说：“一身轻？好，你给我背大锅去！”副团长被降为炊事员。
而邱会作就在六十八团等着，夺回小紫荆山才走。
锦州战役结束后，第三天，邱会作在四野指挥部首次见到了林彪，并与之谈话。
根据中共中央的部署，东北野战军主力在辽沈战役后不久，即于1948年11月23日起提前结束休整，取捷径挥师入关。邱会作亦随军参加了著名的平津战役。之后，他又在进军江南、解放全中国的战争中随四野行动，直至海南战役胜利。这期间，邱会作先后担任过四十五军政委、十五兵团副政委兼政治部主任，继续与该兵团司令员黄永胜搭档。
全国解放后，邱会作历任华南军区政治部主任、广东军区副政委兼政治部主任、第四野战军兼中南军区政治部主任。因其在战争中的卓著功勋，1955年被授予中将军衔。