加拉帕戈斯群岛位于太平洋东部的赤道上，东西长约300千米，南北长约200千米，距离南美大陆约1000千米。是由海底抬升的熔岩堆积物形成的一组海洋岛。群岛中最大的岛屿是面积4588平方千米的伊莎贝拉岛，此外还有圣鲁斯岛、圣华金山岛等大小共60多个岛屿。群岛的总面积达8000平方千米。其中96.6％的面积现为国家公园，其周围为一个面积79.9平方千米的海洋保护区。
加拉帕戈斯群岛的名字源于西班牙语“大海龟”之意。由于远离大陆，这里的动物以自己固有的特色进化着。
这些群岛孤零零地耸立在太平洋之中，岛上除了雨水几乎没有其他淡水资源。原来是一些荒无人烟的岛屿。1535年一艘巴拿马航船遭遇强劲的洋流偏离了航线，该船上的巴拿马主教贝兰加偶然发现了群岛，他为群岛命名拉斯·恩坎塔正斯，意为“被迷住的”。当时岛上没有人烟。在一些岛上发现了印加人陶器碎片，证明在西班牙人以前有人曾占领这些岛屿。
1685年，加拉帕戈斯群岛第一次出现在由英国人绘制的航海地图上。17世纪末一些海盗以这些岛作为隐匿之所。1832年建国刚刚两年的厄瓜多尔共和国正式占领群岛。后将该群岛设立为加拉帕戈斯省，省府定为黑巴克里索港。
1835年，26岁的英国博物学家达尔文跟随一艘名为“小猎犬”号的英国海军测量船来到这里，他在岛上花了一个多月的时间采集标本，岛上一些物种的差异和特异想象引起了他的强烈兴趣并令他百思不解。这为他1859年发表的《物竞天择的物种起源》一书提供了原动力和信心，他的著作使加拉帕戈斯群岛成为生物学专家和爱好者必去的“圣地”，值得指出的是，达尔文并没有用加拉帕戈斯群岛上的自然现象证明自己的进化论，年轻的他在加拉帕戈斯群岛上的考察和经历只不过是给了他阐述这一理论的信心而已。后来，在群岛的圣克里斯托瓦尔（圣克里斯托瓦）岛上还建立着一座为纪念达尔文而塑造的半身铜像纪念碑，人们为纪念他还把他研究过鸟类的岛取名为“达尔文岛”。现在的生物学专家和爱好者来到这里，似乎是来参观和瞻仰进化论思想的“故居”。
加拉帕戈斯群岛是由火山喷发而形成的，岛上耸立着一座座高大的火山，最高的火山在群岛中面积最大的伊莎贝拉岛上，名为沃尔夫火山（1707米），其次是一座死火山，也在该岛上，名为阿苏尔山（1689米）。一些火山口形成的天然湖泊犹如镶嵌在火山顶峰的碧玉，晶莹闪亮。崎岖不平的地表堆满了暗红色的火山喷发物。这个群岛虽然距赤道不远，但由于受秘鲁寒流的影响，这里不适于终年高温多雨、植物繁茂的热带雨林的生长，只有一些仙人掌和灌木丛分布在其沿海地区；高大的树木生长在较高的山坡，树下铺满羊齿类植物。这里受秘鲁寒流的影响，虽地处赤道附近，但并非终年高温多雨。这样的环境适合热带和寒带动物共同生存。游客可以在这里看到多种类型的动物：海狮、海豹、海獭、鹈鹕、信天翁、企鹅、反舌鸟、火烈鸟等。
毫无疑问，给达尔文灵感的就是加拉帕戈斯的成群结队的雀科鸣鸟。所有这些鸟都是偶然从南美洲飞抵这里的古老品系的后代。它们在整个岛上找到了许多闲置的适于栖息的生态环境，并进化成能在体形大小、鸟喙形状、羽毛颜色、声音、饮食和行为等方面各有不同的13个品种。不同品种的鸟，其嘴部的差异性就是这种适应性传播的最好证明。有些鸟具有典型的食籽喙，另一些以仙人掌植物为食的鸟长有一种长而尖的嘴，还有一些以昆虫为主食的鸟拥有一个小乳头状的鸟喙。啄木鸟不仅长有一个专门的喙，而且还形成一种复杂的行为模式，包括用仙人掌刺去捕获裂缝中的幼虫。
加拉帕戈斯群岛上最著名的动物有巨型海龟（又称“象龟”），它们的数量成千上万，身长多在1米以上，成熟的龟体体重约180千克，最重的体重可达250千克，寿命最长的可达400年。这里的巨龟，即便是同一种类，因其生存岛屿的不同，甲壳的形状各有差异。
这里还因为生存着闻名遐迩的史前爬虫类动物鬣蜥（亦称海鬣蜥）而引起全世界的关注。这些鬣蜥能潜入海水中捕捉食物，而雌鬣蜥必须经长途跋涉到火山口产卵。这种鬣蜥仅以海草为食，7种不同的海鬣蜥，每种都显示明显的差异，并在不同的岛屿上进化。6个岛屿上均有一种为加拉帕戈斯群岛特有的陆生鬣蜥。这种地球上唯一尚存的海鬣蜥可以在海底爬行，它们以海草为食，并且通过发育不完全的蹼足适应了海上生活方式。
在加拉帕戈斯群岛附近的水域发现的其他两种海生动物（海狗与海狮），也同为特有物种：加拉帕戈斯海狗是亚南极属中唯一的热带代表，喜夜间活动；而加拉帕戈斯海狮则在白天活动。
加拉帕戈斯群岛确实是地球上少有的没有被污染的净土，岛上没有凶猛的食肉动物，而且所有的动物都不惧怕人类。在这里你可以享受到或许是你从未体验过的与野生动物“面面相觑”的快乐（抑或是恐惧）。
今天的加拉帕戈斯群岛已经被规划成国家公园，自从被列入世界遗产名录以后更收到厄瓜多尔政府的重视，来这里的游客的数量被官方严格控制，以确保岛上的生态环境不被破坏。
1998年9月，伊莎贝拉岛的阿尔塞多（阿尔基多）火山（1097米）爆发，流淌的岩浆进入象海龟的栖息处，厄瓜多尔政府遂出动直升机救援，成为当时的热门新闻。
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加拉帕戈斯群岛是一个火山岛，岛上多高山峻岭，许多地方怪石嶙峋，因此初发现这个岛时，称它为“斯坎塔达斯岛”（西班牙语意思为“魔鬼岛”）。因为岛上有许多很大的乌龟，所以后来称它为“加拉帕戈斯群岛”（意为“巨龟之岛”）。