中军都督府
在京
留守中卫 神策卫 应天卫 和阳卫（俱南京旧卫，永乐十八年调）牧马千户所（南京旧所调）蕃牧千户所（添设）
在外
直隶
扬州卫 高邮卫 仪真卫 淮安卫 镇海卫 滁州卫 徐州卫 苏州卫 太仓卫 金山卫 新安卫 泗州卫 寿州卫 邳州卫 大河卫 沂州卫 安庆卫 宿州卫 （旧为千户所）潼关卫（已下旧属河南都司）归德卫 武平卫 镇江卫（已下添设）庐州卫 六安卫 徐州左卫 建阳卫 汝宁千户所 松江中千户所 青村中前千户所 南汇嘴中后千户所 嘉兴中左千户所 （在府）吴淞江千户所 宝山千户所 刘河堡中千户所 崇明沙千户所 兴化千户所 通州千户所 泰州千户所 盐城千户所 东海中千户所 海州中前千户所 莒州千户所
中都留守司
凤阳卫 凤阳中卫 凤阳右卫 皇陵卫 留守左卫 留守中卫 长淮卫 怀远卫 洪塘千户所
河南都司（旧有洛阳中护卫，后并汝州卫。）
河南卫 弘农卫 陈州卫 睢阳卫 宣武卫 信阳卫 彰德卫 南阳卫 怀庆卫 颍川卫 南阳中护卫（已下添设）汝州卫 颍上千户所 禹州千户所
（旧名钧州，后改）嵩县千户所 卫辉前千户所 林县千户所 邓州前千户所 唐县右千户所 周府仪卫司唐府仪卫司伊府仪卫司赵府仪卫司郑府仪卫司崇府仪卫司徽府仪卫司赵府群牧所 郑府群牧所 崇府群牧所 徽府群牧所