亚里士多德根据研究的对象和目的，对科学进行了分类。他认为科学分为三大类：（1）逻辑学（他称为“分析法”），这是求知的工具；（2）理论科学，它进一步又分为第一哲学、数学和物理学（包括天文学、气象学、生物学、生理学、心理学等），这不是为了实用，而是以求知本身为目的的科学；（3）实践科学，它也进一步分为政治学、理财学（经济学）和伦理学等，它是探求作为行为标准的知识；（4）制作科学，如修辞学、诗学等，它是寻求制作有实用价值的东西和艺术价值的东西的知识。
亚里士多德说：“有多少类实体，哲学就有多少部分，所以在这些部分中间，必需有一个‘第一哲学’和一个次于‘第一哲学’的哲学。因为‘有’直接分为许多个‘种’。由于这个缘故，科学也相应于这些‘种’而分为许多门。”可见，哲学和科学是一样的，但是，在哲学和科学之间，有一个第一哲学和次于第一哲学的其他哲学（指自然科学等其他学科———引者）的区别。从共同的方面说，第一哲学和其他哲学都研究作为种的实体，都探讨事物的原因；从探讨事物的不同方面的原因说，第一哲学研究最普遍的“种”，即“作为存在的存在”或“存在本身”，其他哲学则分别研究各个特殊的“种”，即“特殊的存在”或“存在的一部分”，第一哲学研究事物的“第一因”，其他哲学研究各种次级的原因。由此出发，亚里士多德认为，第一哲学是物理学等其他学科的根源、基础和指导，它是关于终究至极的“第一因”的最普遍、最本质的学问。
亚里士多德明确地提出了第一哲学及其研究对象，并规定了它在各学科中的基础地位和指导作用，强调了它作为“科学之科学”的尊贵性，这在形而上学发展史上，乃至在人类学术的发展史上，都是划时代的贡献。不仅如此，亚里士多德还对第一哲学的对象作了详细研究。
二、第一哲学的对象及其内在矛盾
亚里士多德把第一哲学的对象规定为“作为存在的存在”。
在《形而上学》一书中，他列举了“作为存在的存在”的三个方面的内容：（1）以实体为中心的范畴的存在；（2）“一”与“多”、“同”与“异”、“相似”与“相反”等最普遍的范畴；（3）矛盾律和排中律等最一般的公理。这三个方面的内容可以归纳为最一般的范畴和最一般公理，而最一般的公理主要是他在逻辑学中讨论的内容，最一般的范畴又是以实体为中心的，实体是第一存在，所以，亚里士多德在讨论第一哲学的对象时，主要讨论的是实体。
亚里士多德对实体的讨论主要表现在《形而上学》一书中，在《范畴篇》中他也比较集中地讨论了这个问题。
（一）《范畴篇》中的实体学说
亚里士多德在《范畴篇》中说：“实体，从这个词的最真实、原始而又最明确的意义上说是指既不能被断言于主体又不依存于主体的事物。例如个别的人或马。但从次要的意义上说，其中包括第一实体的、作为种的那些事物，叫做实体；同时也指作为类而包括种的那些事物。”
就是说，严格地说，只有个别事物才是实体，因为它们在存在上不依存于其他主体，其他一切主体都依存于它们；它们在逻辑上不被其他主体所断言，却断言其他一切主体，所以“一切实体似乎都意指个别事物”，因为“它们是其他一切事物的基础。”
宽泛地说，除个别事物外，种和类也可称为实体，因为在所有的宾词中，只有它们转达了关于实体的知识；同时，虽然种被断言于个体，类被断言于种及个体，但它们并不依存于主体。因此，个别事物是第一实体，种和类则是第二实体。
在《范畴篇》中，亚里士多德还规定了实体的四种特征：（1）实体是个别事物，是“这一个”。严格地说，这只是第一实体的特征。（2）它没有相反者。其实这种特征并非实体所专有。（3）它没有程度差别，如这个人不能比那个人更多地是人。（4）“实体最显著的标志是：虽则保持数目的同一，却能容许有相反的性质。”这是指变化中的根本性质之不变。
（二）《形而上学》中的实体学说
在《形而上学》中，亚里士多德系统地研究了实体问题，由于问题本身极其困难，他的研究有些停留在或然的结论上，有些在各结论之间互相矛盾，但其整体思想还是明确的。
1．“四因学说”
亚里士多德的本体学说是从他的“四因学说”中引申出来的，而他的“四因学说”则是他总结以往哲学史的结果。他认为，关于世界本原（始基）的探讨也就是关于世界的“原因”的探讨，这种“原因”既有要素、原则的意思，也有因果方面的意思。在他看来，在以往的关于世界原因的探讨中，伊奥尼亚学派提出的物质始基，柏拉图所说的“大”和“小”，都是把第原则看成是质料因；恩培多克勒所说的“爱”与“憎”，阿那克萨哥拉所说的“奴斯”，则表达了事物生成变化的动力因；在寻求动力因的时候，人们又想到事物在其存在与变化中何以会表现为善与美的问题，因此，阿那克萨哥拉提出的“奴斯”，其实也是安排一切秩序的原因，即存在于世界中的目的因；毕达哥拉斯学派的始基“数”虽接触到了事物的“本质”问题，但过于简单，而柏拉图所说的理念，则是一种本质因，亦即“形式因”。这样，亚里士多德就把以往哲学家关于世界本原的探讨归结为质料因、动力因、目的因、形式因等四种原因的探讨。不过，他认为，以往哲学家清楚认识到的只有质料因和动力因，目的因不过是偶然地出现一下，柏拉图的理念也仅仅是暗示了“形式因”而已，所以他对这四种原因作了系统的探讨。
大概地说，亚里士多德认为，一切事物，都是由四因构成的。其中，质料因就是“构成了一个物件而本身继续存在着的东西”，也就是物质自身；形式因就是“形式或原型，即陈述本质的定义”；动力因即“变化和停止的来源”；目的因则是“做一件事的‘缘故’”。例如，就拿葵花来说，种下去的葵花籽是它的质料因；它之所以是葵花而不是其他的花，乃是由于它的形式因；使那粒葵花籽产生这棵葵花的是其动力因；长成后的葵花，既可观赏，也可作经济作物之用，这就是它的目的因。
在解释事物的产生时，亚里士多德进一步认为，动力因和目的因也可以归结为形式因的作用。例如，一棵橡树，橡树由以长成的橡子是它的质料因；已长成的橡树是它的形式因；而要长成这样的橡树（形式）仿佛就是它的目的；同时这样的橡树作为目的也就是吸引或推动橡子长成如此形式（橡树）的动力因。这样，橡树的形式因即是橡树作为树的目的因和动力因。四因因此可以被归结为二因。亚里士多德认为，一切事物都是由形式和质料构成的，他正是从四因学说，特别是二因学说出发来讨论实体学说的。
2．关于实体的理解
在《形而上学》一书中，亚里士多德多次归纳了实体的含义，实际上他是根据两个标准来确定实体的。他指出实体有两个意义，也就是说，它有两个标准：“（甲）凡属于最底层而无由再以别一事物来为之说明的，（乙）那些既然成为一个‘这个’，也就可以分离而独立的———这里第二义并以指说各个可独立的形状或形式。”
根据第一个标准，实体就是最后的基质、主体，“基质”是“在下的”、“在后面的”意思，“主体”是指它在逻辑上“不再是表述任何别的东西的”意思。亚里士多德认为，有三种东西可以被认为具有这样的基质和主体的特征，那就是质料、形式以及以质料和形式为原因并由它们组合而成的个别事物。根据第二个标准，他明确断言形式符合这个标准。这里，他是为了强调形式，其实个别事物也是符合这个标准的。由此出发，他肯定了三个实体：（1）质料、（2）形式、（3）个别事物。
接着，亚里士多德还讨论了这三个实体的主次问题。他认为，根据第一个标准，质料即物质才是“第一实体”，因为“一切都剥除了以后剩下的就只是物质”。但是，根据第二个标准，纯粹的质料不是任何特殊事物，它没有任何规定性，既没有任何肯定的规定性，也没有任何否定的规定性，它只是“显得”是“这一个”，因而不能真正和其他东西“分离”而存在，所以，“所谓本体，与其认它为物质，毋宁是通式（通式指形式———引者）与通式和物质的组合”。因此，形式和个别事物比质料更是本体。在形式和个别事物的比较中，个别事物又是“在后的”，因为只有形式将自己赋予质料，才使质料成为“这一个”，具有“分离性”，而这种具有“这一个”和“分离性”东西就是具体事物，这一切都是形式使其然。可见，“通式与物质的组合是可以予以搁置的，它的本性分别后于通式”。所以，“假如认为形式先于物质而更为切实，同样理由，这也将先于两者的组合。”
因此，按照第二个标准，在这三种实体中，质料是第三实体，个体事物是第二实体，只有形式才是第一实体，换言之，实体首先是本质。这样，亚里士多德就改变了《范畴篇》中的关于第一实体的看法了。
亚里士多德在谈到存在的各种意义时说，本体是第一存在，并解释说，这种“第一”有三方面的含义：（1）在定义上第一，即逻辑在先；（2）在认识的次序上第一；（3）在时间上第一。这样，他就更为明确地确定了实体的根源、基础和第一因的地位。
3．智慧与理性神学关于第一哲学，亚里士多德还有两种提法，即“智慧”和“神学”。在具体谈到“智”和“神学”时，“质料”就进一步被排除在“实体”之外了。
在谈论“智慧”时，如我们在“导言”中所说的，亚里士多德认为，哲学作为最高智慧，主要研究的是形式（本质）因和目的因，同时也研究动力因。这样，研究质料因也就不是最高智慧了。
在谈论“理性神学”时，亚里士多德则以理性、善、神为哲学（形而上学）的对象。那么理性、善、神究竟是什么呢？
我们先可以考察亚里士多德的两种理论，即质料和形式的相互关系的理论与潜能和现实的相互关系的理论。
关于质料和形式，在亚里士多德看来，具体事物中的质料和形式密不可分。不过，质料和形式是多层次的，宇宙万物就是一个由质料到形式的不断统一的序列，其中低一级的事物是高一级的事物的“质料”，高一级的事物是低一级的事物的“形式”。高一级的事物作为形式，同时也作为低一级的事物的目的因和动力因来吸引和推动作为质料的低一级的事物向自身发展。然而，宇宙万物的等级序列不是无限的，它的最低层是完全没有形式的“纯质料”，而它的顶峰则是完全不含质料的“纯形式”。这种“纯形式”就是万物的“最高目的”，“不动的（第一）推动者”。
关于潜能和现实，亚里士多德则认为这对范畴与质料和形式这对范畴密切相关。在他那里，质料和潜能相对应，属于被动的方面；形式和现实相对应，属于能动的方面。质料和形式相结合构成具体事物的过程，就是事物由潜能转化为现实的过程，这个过程也就是“运动”，而运动的能动性则属于现实。
亚里士多德承认潜能是先于现实的，但另一方面他又认为正如存在着“纯质料”和“纯形式”一样，在潜能与现实序列的最低层存在着“绝对的潜能”，而在其最高层则存在着“绝对的现实”，“绝对的现实”是先于潜能的，否则就没有最初的运动了。这样，他就把“绝对的现实”与“不动的推动者”，因而也与“最高目的”、“纯形式”等结合起来了。
那么这种“绝对的现实”、“不动的推动者”、“最高目的”、“纯形式”是什么呢？它们就是愿望和理性（奴斯、思想）的对象善；理性与理性的对象是同一的，即理性以自身为对象，所以，理性也就是善；这种善的理性就是神，神是现实性，它总是在善的状态中存在，它就是永恒的最高的存在。
亚里士多德的理性神学的提出当然是与柏拉图以及苏格拉底的影响有关，但他是最早明确地表述理性神学的内容的，这直接影响了中世纪的经院哲学，对后来的形而上学唯心主义思想影响也颇大，黑格尔曾高度评价说：“神是纯粹的活动性，是那自在自为的东西；神不需要任何质料，———再没有比这个更高的唯心论了。”
4．亚里士多德的实体的内涵亚里士多德和柏拉图一样，认为实体的内涵是以真为基础的真与善的统一。
就一般实体而言，质料、形式和具体事物是结合在一起的，即质料与形式相结合而组成具体事物，其中，形式无论处于第几实体的地位，都同样可以使实体成为真与善的统一。实体作为形式是一般本质，这表明它是知识（求真）的对象；实体作为形式在某种意义上也可以说是目的因，这表明它是价值（求善）的对象。就“智慧”来看，它研究的是目的因、本质因和动力因，其中最重要的是目的因和本质因，这表明“智慧”所研究的对象就是真与善的统一。如果所研究的对象是脱离质料的“纯形式”即“最高目的”、“不动的推动者”，那就成为理性神学的对象了。亚里士多德的理性神学则更明确地表明了最高实体是绝对的真与绝对的善的统一。