1928年夏，“中央研究院”甫告成立，年仅32岁的傅斯年因中西学俱佳而被任命为“中央研究院历史语言研究所”所长一职。“史语所”草创之初，傅斯年便着手组织对安阳殷墟的考古发掘这一宏大工程。
傅斯年从小受旧学训练，后入北大中文系，深得刘师培、黄侃、陈汉章等人赏识。新文化运动开始后，他又深受胡适的“科学”方法影响，并于1919年赴欧洲留学7年，先入英国伦敦大学，专攻生理学、实验心理学，进修高等数学。1923年又到德国柏林大学进修，专攻德国历来著名的比较语言考据学，同时认真学习相对论、量子力学等现代物理理论。这种学术背景，使他决心要把历史学“变做如生物学和地质学等一般的事业”。因此，他十分重视新材料的发现。在其著名的“就职演讲”——《历史语言研究所工作之旨趣》一文中，他反复强调历史研究中发现“新材料”的重要性。
1928年10月，他派著名的甲骨金石专家董作宾到安阳进行调查发掘。翌年，他聘留美归国、当时中国唯一具有近代考古学知识和发掘经验的青年学者李济为史语所考古学组主任，主持殷墟发掘，由受过现代考古训练的学者取代传统的甲骨金石专家进行有组织有计划的发掘。
1929年秋正式发掘不久即遇到河南当局的强烈反对。河南当局认为河南的“宝”被挖走了，便由根本不具备发掘条件的河南民族博物馆出面组织一支队伍同时发掘，使整个工程陷于停顿。傅斯年赶至开封，与河南政界学界头面人物广泛联系，进行说服，同时多次到河南大学作学术演讲，说明考古学的意义与作用。最终获得河南当局的同意，使发掘工作顺利进行。
1928年到1937年抗战爆发的10年间，安阳殷墟共发掘15次，取得了巨大的成就，标志着中国近代考古学的开始，也是中外文化史上的大事。