1822年，孟德尔出生于海因珍多弗镇，该镇当时在奥地利境内，现为捷克斯洛伐克的一部分。1843年他进入奥地利布鲁恩（现捷克斯洛伐克布尔诺）一家奥古斯都修道院。1847年他被任命为牧师。1843年他参加一次获得教师证书的考试，但未能如愿，他的生物和地质的分数最低！但是他所在修道院的院长却送他上了维也纳大学。他从1851年到1853年那里学习数学和自然科学。尽管孟德尔从未获得过一个正式的教师证书，但是从1854年到1868年他在布鲁恩现代学校担任自然科学代课教师。
孟德尔今天以遗传基本原理的发现者而驰名于世。然而他在有生之年却是一个默默无闻的奥地利修道士和业余科学家，他那光辉的研究成果却被科学界所忽视。
孟德尔从1856年起开始进行他的著名的植物育种实验。1865年他推导出了著名的遗传学定律，他将定律以一篇论文的方式呈交给布鲁恩自然历史学会。于是1866年他的成果以“植物杂交实验”为名发表在该学会学报上。3年后又在该杂志上发表了第二篇论文。虽然布鲁恩自然历史学会学报不是一家有名望的杂志，但却为主要的图书馆所收藏。此外，孟德尔把他的论文送一份给遗传学的主要权威卡尔·纳基里。纳基里读过论文后给孟德尔做了答复，遗憾的是却未能理解该论文的重大意义。此后孟德尔的文章大体上被忽视了，实际上几乎被遗忘了30多年。
孟德尔
1868年孟德尔被任命为牧师会会长。从那时起，行政的职责使得他没有什么时间继续搞植物实验。1884年当他61岁去世时，他那光辉的研究成果几乎被世人遗忘，他从未得到过任何承认。
直到1900年，孟德尔的研究成果才被重新发现，当时有3位的科学家（荷兰的雨果·德·弗里斯，德国的卡尔·考伦斯，奥地利的埃里克·冯·车尔麦克）各自独立工作，却都意外地发现了孟德尔的文章。他们3人中每人都做自己的植物实验；每人都独自发现了孟德尔定律；每人在发表自己的结果之前都在查阅文献中找到了孟德尔的原文；每人都认真地引证了孟德尔的论文，用自己的实验结果证实了孟德尔的结论。真是一个奇妙的三重巧合！同年也有一位英国科学家偶然发现了孟德尔的原文，并立即使其得到了其他科学家的重视。到了年底，孟德尔得到了他有生之年就应该得到的祝贺。
孟德尔的遗传发现主要有以下三个方面。第一，他发现所有的生物体内都存在着基本单位，今天称为基因，遗传特征就是通过基因从亲代传给了子代。在孟德尔研究的植物里，每项个体特征都是由一对基因决定的。一株个体植物通过遗传获得一对基因，这对基因来自每对亲代的每对基因中的一个。孟德尔发现如果两个通过遗传获得的具有一种给定的特征基因不相同的话（例如，一个代表绿色种子，一个代表黄色种子），那么在通常情况下只有显性基因（在这种情况下指黄色种子）的作用才能使自己在这个过程中产生的个体植物中表现出来。但是隐性基因并没有被毁灭，可能会传给这个植物的后代。孟德尔指出每一个生殖细胞即配子（相当于人的精子细胞或卵子细胞）只含有每一对基因中的一个。他还指出至于一对基因中的哪一个出现在一个个体配子内，并且传递给个体的后代，这完全是一个机遇的问题。
孟德尔定律虽然已被稍加修饰，但却是现代遗传学的起点。孟德尔的发明使许多年资高深的、杰出的职业生物学家都感到迷惑不解。孟德尔作为一名业余科学家，如果但从事物的表象来看他是幸运的宠儿，因为他在研究中选择了这样的一类植物——它们的最显著的特征是其中的每一个都是由单一的一套基因所决定的。如果他所研究的植物的特征都是由几套基因所决定的话，那么他的研究就会极其困难。但是如果他不是一位相当仔细耐心的实验者，这个运气就会从他的手中溜掉；如果他认识不到对观察做统计分析的重要性的话，这个运气也会降临到他的头上。由于上面提到的是随机因素，在一般情况下不可能预见一个个体子代会有什么遗传特征，只有通过做大量的实验（孟德尔记录下21 000棵个体植物的实验结果）及对结果做统计分析，孟德尔才能推导出他的定律。
由于孟德尔在世时他的发现受到忽视，并且他的结论是由后来的科学家独自重新发现的，也许人们认为他的研究成果是使他人耗精费力的一纸空文，没有多少保存的价值。如果把这个论点推向极端，人们可能会认为孟德尔在遗传学领域并没有什么极其重要的地位， 但是孟德尔的情况则有所不同。孟德尔的研究成果只是被遗忘一时，而一旦被世人所发现，则迅即为人所周知。而且德·弗里斯、考伦斯和车尔麦克虽然都独自地重新发现了他的原理，但却最终都读到了他的论文，并且引证了他的结果。最后，没有人会理直气壮地说如果没有德·弗里斯、考伦斯和车尔麦克，孟德尔做的工作就不会产生影响。孟德尔的文章已被W·O·福克列入一个发行广泛的遗传著作的目录中。这个目录可以确保该学科中迟早要有某个人所地发现。另一方面，其他三位科学家谁也未曾要求把发明遗传学的功劳归于自己，而且所发明的原理被普遍称为“孟德尔定律”。
孟德尔在维也纳大学进修了两年。他认为自己是农民的儿子，也非常喜欢植物学，自认为非常熟悉植物，对植物学教授的一些看法不敢苟同。两人发生了争执，结果是植物学不及格。他原本打算学完之后做教师的梦破灭了。但是他坚持认为自己是正确的，而植物学教授是错误的。为了证明自己的观点，回到曾经呆过的修道院并说服了院长，在修道院的花园中划给他一块地方做植物的杂交实验。这块200m2的小小的实验田，成为了遗传学的诞生地，做为遗传学的圣地至今仍被保留着。