金针菇优良菌种的菌丝洁白，生活力强，容易产生子实体。如菌丝洁白、粗壮，有时外观似粉末状，后期出现成丛的子实体，为正常菌种。
如菌丝不能继续往下生长，生长区与不生长区界线分明，这往往是由于培养料太湿所致。如感染了细菌，会引起黑腐病，为不良菌种。
如其他情况均正常，只是菌丝生长稀疏，说明菌种生活力不强或是培养料中氮的含量低，应更换菌种，添加含氮量多的辅料。
如子实体呈畸形，说明通气不良。
