（1）蕾期管理。把栽培袋的上端部分完全撑开，恢复原来的圆筒形，接着在塑料袋口覆盖旧报纸或塑料地膜，将菇房门窗打开，增强光照（微光）和通风，每天往覆盖物上和菇房地上、四周喷水保湿。此时，菇房温度最好能控制在13℃～14℃，湿度要达到85％～90％。
覆盖报纸的作用有：①起保湿作用；②增加二氧化碳浓度，抑制菌盖开展，促进菌柄伸长；③防止在喷水时把水直接喷到袋内影响菇蕾的发生和使部分子实体发生腐烂。
（2）抑制期管理。当子实体长到1厘米左右时，要适当降温、降湿和加强通风，使子实体受抑制，延缓生长，以利出菇整齐，成批采收。在管理上要减少或停止喷水，使菇房温度控制在5℃左右。抑制期5～7天即可，但在自然季节栽培时往往难以控制。所以，当环境温度偏高时，只好采取白天严闭门窗，夜间把南北门窗打开加强通风等办法，以减少白天高温的影响，并利用夜间的低温来降低室温；反之，当温度低时，应充分地利用白天高温来提高室温，夜间则要关闭门窗防止室温降至0℃。
（3）伸长期。促使菌柄迅速伸长，是培养商品金针菇的关键时期。其管理方法有以下几点：
其一，调温：将温度控制在8℃～14℃。温度过低，子实体生长缓慢；温度高于15℃，子实体生长不整齐，容易开伞。
其二，增湿：菇房每天要喷水保湿，使空气相对湿度保持在85％～90％。同时，由于子实体生长快，所需的氧气也随着加大，因此，每天结合喷水把覆盖物掀开通气20～30分钟，然后盖上再喷水。但是，遇到外界气温高时，菇房内的喷水量要减少，使湿度下降。因高温高湿不仅导致病害的发生，而且会引起菇体内部生理失去调控，造成菇柄开裂、扭曲，以致产生畸形菇和烂菇。干旱地区则要经常喷水，因为湿度不足，菇体发育也会受阻，质量下降，严重时会影响产量和质量。
其三，弱光诱导：实践证明，金针菇子实体有很强的向光性，用一定的光照可诱导菌柄向光伸长，因此，可在床架的上方每隔3～5米吊装15瓦灯泡1只（尤其以红色灯泡效果更好），产生垂直光。但菇房的四周、门窗要遮光处理，否则达不到应有的效果。
其四，调控二氧化碳浓度：金针菇菌盖与菌柄生长是互相制约的，菌盖生长受到抑制时，菌柄生长就会快速伸长。因此，要获得菌盖小、菌柄细长的商品金针菇，就必须调节栽培房的二氧化碳浓度，减少房内空气的流通，使菇房二氧化碳含量在0．1％～0．15％之间。当然，二氧化碳的浓度也不能太高，浓度过高，易形成菌柄细长、无菌盖的针头菇，影响产量和质量。一旦发现此现象，应立即适当通风，降低二氧化碳的浓度。