（1）菌种的复活。秸秆发酵活干菌每袋3克，可处理麦秸、稻草、玉米干秸秆1吨或青秸秆2吨。在处理秸秆前，先将菌剂倒入200毫升水中充分溶解（大型奶牛场可使用洗奶桶的水，这样可提高菌种的复活率，保证微贮饲料的质量），然后在常温下放置1～2小时，使菌种复活。复活好的菌剂一定要当天用完，不可隔夜使用。
（2）菌液的配制。将复活好的菌剂倒入充分溶解的0.8%～1．0%食盐水中拌匀。
（3）秸秆的准备（切碎）。用于微贮的秸秆一定要用铡刀切短，养羊用3～5厘米，养牛用5～8厘米。这样易于压实和提高微贮窖的利用率，保证微贮饲料制作的质量。
（4）微贮设施的准备。微贮可用水泥池、土窖，也可用塑料袋。水泥池是用水泥、黄沙、砖为原料在地下砌成的长方形池子，最好砌成两个相同大小的，以便交替使用。这种池子的优点是不易进气进水，密封性好，经久耐用，成功率高。土窖的优点是成本低、方法简单、贮量大，但要选择地势高、土质硬、向阳干燥、排水容易、地下水位低的地方，在地下水位高的地方不宜采用。水泥池和土窖的大小根据需要量设计建造，深度以2米为宜。
（5）喷洒菌液与秸秆入窖。将切短的秸杆铺在窖底，厚20～25厘米，均匀喷洒菌液。压实后，再铺20～25厘米秸秆，再喷洒菌液，压实，直至高于窖口40厘米再封口。分层压实的目的是为了迅速排出秸秆空隙中存留的空气，给发酵繁殖造成厌氧条件。如果当天装填窖没装满，可盖上塑料薄膜，第二天装窖时揭开塑料薄膜继续装填。
微贮后的秸秆含水率要求达到60%～65%。由于这些秸秆本身含水率很低，需要补充含有菌剂的水。需要配备1套由水箱、水泵、水管和喷头组成的喷洒设备。水箱的容积以1 000～2 000升为宜，水泵最好选潜水电泵，水管选用软管。家庭养牛、养羊，可用喷壶直接喷洒。
青玉米秸秆微贮因本身含水率较高（一般在70%左右），微贮时不需补充过多的水分，只要求将配置好的菌剂水溶液均匀地喷洒在贮料上，可用小型背式或杠杆式喷雾器喷洒。