青海湖及环湖地区有兽类 41种；鸟类有 189种；两栖爬行类 5种；鱼类 8种。鸟类中以水禽为主，主要的4种大型水鸟中，鱼鸥有 9000多只、鸬鹚近 5000只、斑头雁 1.21万余只、棕头鸥 2.13万多只。此外，迁徙途经此区停歇的鸟类有近 20种，数量达7万多只。国家一级和二级重点保护动物有黑颈鹤、玉带海雕、大天鹅等35种。青海湖保护区是黑颈鹤的栖息、繁殖区，春季有 20多只在此栖居，少数参加繁殖。冬季有大天鹅在此越冬，数量最多时达 1540多只。青海湖最著名的鱼类要数裸鲤，俗称青海湟鱼。每年 5~6月，是湟鱼产卵高峰期。保护区有野生植物约 50种，均为草本植物。湿草地、沼泽地植被以禾本科的赖草、早熟禾、针茅，莎草科的多种莎草以及菊科、藜科、蓼科等植物为主。
关于青海湖的名称，在不同的时代和地域都有不同的称呼，如青海湖在汉代时称“西海”，在蒙古语中被称“颗颗淖儿”，藏语称“错温布”，其含义均为“蓝青色的湖”。青海湖是新构造断陷湖。在青海湖的形成过程中，经历了三次上升运动，这些运动都促进了新构造的产生。鸟岛就是其中的一例。下古生界浅变质岩是青海湖的基岩。地貌具有高原山地特征，地势西北高而东南低，形成了被群山环绕的封闭式山间内陆盆地。青海湖的形状如同鳊鱼一般，口向西北，东、北、西、南分别靠近日月山、大通山、青海南山、柴达木盆地，它是我国最大的内陆微咸水湖。在青海湖的周围聚集着大约 40条大小不同的河流，它们都属内陆封闭水系，其中布哈河、巴哈乌兰河、沙柳河、哈尔盖河、甘子河、倒淌河以及黑马河 7条河流是主要的水系。鸟岛西北部地势平坦，被湖水环绕，人畜是很难进入的。其中沼泽和湿草地占据了沿湖一带。此处是鸟类栖息、繁殖的理想生态环境。湖内耸立着包括沙岛、海心山岛、海西山岛、鸟岛和三块石岛在内的 5座岛屿。过去的鸟岛四面环水，随着湖水不断退缩及布哈河三角洲的不断扩展，在 20世纪 70年代末，鸟岛开始向半岛过渡，正如现在所见，鸟岛的一面立于水中，另一面与湖滨陆地相连。在岛上分布着较为稀疏的植被，被少数花草点缀。
1.福田国家级红树林鸟类自然保护区
福田国家级红树林鸟类自然保护区位于深圳湾北东岸深圳河口，面积368公顷，是我国唯一位于市区，面积最小的自然保护区，也被国外生态专家称为“袖珍型的保护区”。福田国家级红树林鸟类自然保护区虽然很小，但是每年都有白琴鹭、黑嘴鸥、小青脚鹬等 189种、上 10万只候鸟南迁于此歇脚或过冬。保护区内除红树林植物群落外，另外，还有其他 55种植物，千姿百态，成为深圳市区内的一条绿色长廊，它背靠美丽宽广的滨海大道，与滨海生态公园连城一体，面向碧波荡漾的深圳湾，不仅是鸟类栖息嬉戏的天堂、植物的王国，也是人们踏青、赏鸟、观海、体验自然风景的好去处。
深圳福田红树林保护区于 1984年正式创建地，创建时的总面积为304公顷。并且只有一条道路通到这里，当地的渔民在这里利用沿袭下来的基围鱼塘养鱼，然后就是大片大片的天然红树林、果园和其他天然林。1986年，世界野生生物（国际）基金会主席、英女王的丈夫菲利普亲王访华时，特意南下深圳，登上红树林的观鸟亭，饱览深圳湾湿地风光。后来，丹麦野生生物基金会主席、丹麦女王的丈夫亨里克亲王也兴致勃勃地到此观鸟，并将红树林称为“绿色明珠”。
2.海南省清澜港红树林保护区
海南省清澜港红树林保护区是世界海拔最低的森林，也是保护最为完整的红树林。该保护区地处文昌市的清澜港沿岸一带。保护面积达 2948公顷，有林面积达 2732公顷。该保护区于 1981年开始创建，原为县级，后来变为省级自然保护区。该保护区的林木面积大，而且树林年龄长，许多林相显示了原生林的特征。如有海莲林树龄达百年以上，调查中有的胸径达 1.2米，林内结构复杂，有不少附生植物和藤本植物飞架其间。保护区范围内除了有同东寨港基本相同的红树植物种类外，还有独特的成片正红树林子，沿着霞村的岸边形成雄伟的景观。海桑属的 4个种，即海桑、杯尊海桑、大叶海桑和海南海桑在这里都有自然分布，其笋状呼吸根形成这些种类的明显特色。现在该保护区不仅是重要的旅游景点，而且具有很高的科研价值。
3.漳江口红树林国家级自然保护区
福建漳江口红树林国家级自然保护区（简称漳江口保护区）位于福建省漳州市云霄县漳江入海口。最近城镇为云霄县城，位于湿地以西 10千米，东北向距离厦门约 85千米。主要保护对象以红树林湿地生态系统、濒危野生动植物物种、东南沿海水产种质资源为主。主要湿地类型有红树林、滩涂、水域或组成的河口湿地等。符合《湿地公约》国际重要湿地指定标准的1、2、3、8。保护区于 1992年 1月成立，1997年 7月经福建省人民政府批准为省级自然保护区，2003年 6月经国务院批准升格为国家级自然保护区，2008年被列入《国际重要湿地名录》。
漳江口保护区内主要有红树林、滨海盐沼、滨海沙生植被三种植被型。区内有维管束植物 224种，有红树植物 5科 6属 6种，盐沼植物 16科 27属 29种 1变种，滨海植物 59科 152属 184种。区内营养丰富，从而微生物资源丰富，有微生物 12科 27属 45种，与陆地生境的微生物数量比较，红树林土壤细菌数量高于一般陆地生境，而土壤放线菌、真菌数量较少是漳江口红树林国家级自然保护区土壤微生物数量分布的主要特征。
漳江口保护区已查明野生脊椎动物共 359种，其中哺乳动物 9科 14种，鸟类 38科 154种，爬行类 11科37种，两栖类 5科 13种，鱼类 141种。列入国家一级重点保护的动物有中华白海豚和缅甸蟒蛇 2种，列入国家二级重点保护的动物有宽吻海豚、黄嘴白鹭、小杓鹬、小青脚鹬、绿海龟、棱皮龟、太平洋丽龟、虎纹蛙等 19种。省级重点保护动物 24种。在保护区的鸟类中具有很多双边国际性协定保护的候鸟，其中，中日候鸟保护协定保护的鸟类有 77种、中澳候鸟保护协定保护的鸟类 41种。在保护区红树林区潮间带的底栖动物有 28种。潮下带底栖生物 181种。海区浮游植物 201种，其中硅藻 165种。浮游动物 180种，其中水母类 59种，桡足类 71种。
4.其他红树林自然保护区
（1）珠海红树林。珠海红树林主要分布淇澳岛、横琴岛和红旗西堤、磨刀门和鸡啼门水道出海口附近堤岸，其中，位于淇澳岛西北部大围湾的淇澳红树林保护区面积最大，是目前该市保存最完整、最集中连片的林分，树高 4～ 6米。它不仅是珠海市的珍稀资源，也是珠江三角洲不可多得的一片红树林湿地，同时是全国少有的紧靠大城市的红树林区之一。
（2）海南东寨港国家级红树林自然保护区。海南东寨港国家级红树林自然保护区位于海南省文昌市铺前镇约 6千米长的沿海岸线上，67多公顷的红树林区已全面挖塘养殖，近半数的红树林遭受严重破坏。海南东寨港国家级红树林自然保护区，总面积3300多公顷，有林面积 2000多公顷，列入《世界湿地名录》。但从 1993年以来，不断有人进入保护区砍红树、挖塘搞养殖，大片大片的红树林区成为荒芜的水泥塘。
（3）广东湛江红树林国家级自然保护区。广东湛江红树林国家级自然保护区位于广东省湛江市境内，面积 1.9万公顷，1990年经广东省人民政府批准建立，1997年晋升为国家级自然保护区，核心保护区高桥红树林保护区为中国最大的红树林连片生长基地，主要保护对象为红树林生态系统。该区地处雷州半岛，受热带海洋气候的影响，沿海滩涂上分布着较大面积的红树林植被，其中红树植物有 12科、16属、17种，是除海南岛外我国红树植物种类最多的地区。此外，保护区内拥有数量和种类众多的鹤类、鹳类、鹭类等水禽及其他湿地动物，据初步统计，仅鸟类就有 82种，其中留鸟 38种、候鸟 44种。湛江红树林保护区作为我国现存红树林面积最大的一个自然保护区，在控制海岸侵蚀、保持水土和保护生物多样性等方面发挥着越来越重要的作用。
（4）广西山口红树林国家级保护区。广西山口国家红树林生态自然保护区是 1990年 9月经国务院批准建立的我国首批（5个）国家级海洋类型保护区之一，1994年被列为中国重要湿地，1997年 5月与美国佛罗里达州鲁克利湾国家河口研究保护区建立姐妹保护区关系，2000年 1月加入联合国教科文组织世界生物圈，2002年被列入国际重要湿地。山口红树林生态保护区地处亚热带，位于广西北海市合浦县沙田半岛东西两侧，海岸线总 50千米，总面积 8000平方千米，是中国第二个国家级的红树林自然保护区。