郑克坚让警卫去把宪兵处的处长找来，让他汇报一下威武军的情况。宪兵处的汇报让他大感震惊。
就在皖北大战就要打响时，1858夏末，威武军开始一场声势浩大的整军运动。威武军在江南胜利不断，在数量上发展很快。部队中的新成员不断增加，大批知识分子踊跃参军很多成为了军官，而军中加入的新士兵使军队中的思想起了变化。加之战斗频繁，原来在部队中进行的政治教育现在变的时间少，各种思想和不良作风滋长较快，骄傲主义、享乐思想，以及违犯纪律的现象时有发生。在节节胜利的情况下，威武军中的一些军官产生了骄傲自满、官僚主义和个人主义等。更有甚者，一些人丧失了军人的作风，买田置地，娶妾纳小，还有的打骂群众，造成不良的影响。同时，战争规模在不断发展，仗愈打愈大，部队的军事技术和战术都跟不上大规模作战的需要。以上现象和问题，在威武军的各部队中也不同程度地存在着。
很快军官们集中到上海，郑克坚在会议上明确指出：“我们的军队需要从思想上、组织上加以整顿，需要一个查思想、查作风、查工作的运动，使军队在思想上达到立军为民，组织上纯洁严密。”在会上郑克坚指出整军运动的中心内容是思想教育。各师在整军运动中，要紧紧抓住了思想教育这一环节，采用批评与自我批评、惩前毖后，治病救人、既弄清思想，又要团结互助等方式，军官以身作则，士兵们脚踏实地，追求实效而不流于形式，方法灵活而不囿于框框，教育效果要明显。
整军会议后各师各部队进行方式方法多种多样整顿军队思想工作。第一师开展的诉苦形式以谈家常、比光景等方式进行，由班、排到全连算剥削关系帐，倒苦水，挖穷根，充分认识到剥削的罪恶，提高官兵觉悟，清除“暴发户”等糊涂观念，明白什么是剥削，如何做好一个军官做好一个良绅。在切合实际的思想引导下，挖穷根自然就挖到社会中的“四座大山”（洋夷入侵、国内内乱、恶绅横行、保守落后）那里，军队有一个的心愿，推翻“四座大山”、彻底挖掉穷根子上来。第一师三团二营副营长尹焕文，在诉苦中讲述了他家因英国人炮轰南京下关父亲被炸死家炸毁，不得已向恶霸借了的“阎王债””给父亲下葬结果还不起债母亲被地主活活打死，妹妹被卖下落不明自己是邻居东口西一顿养大的悲惨情景。他对社会充满仇恨本要参加太平军后在镇江见威武军军纪良好才加入威武军的。他的血泪控诉，激起了全营官兵的共鸣，使大家不由联想起自己的苦难家史和不幸遭遇，纷纷痛说家史。每个人的诉苦，都是活生生的教材，最容易为官兵所接受，所以也就最能从每个战士的心底召唤出无穷力量，凝聚成一股一往无前的战斗合力。
诉苦运动是在郑克坚的指导下集中官兵意志和智慧的一个创造，是思想教育的一场革命，其效果之大、影响之深远，超出了想象和预料。诉苦运动的成功，大大克服了以往思想教育就是忠君尊孔、仁义礼智信的弊端。这种深入细致的思想教育运动，实质上就是中国最早的民本思想运动，或者说是民主运动的重要一步。
郑克坚根据第一师的经验写《关于三查工作的原则指示》的文章，再次明确指出：思想不纯、作风不纯、工作不精，是当前存在的主要问题。要使我们的军队真正成为一支能征善战的军队，必须认真地彻底地进行全军上下毫不例外的“三查”，不允许查下不查上，光查战士不查军官，要做到全军“没有一个无查之人，没有一个无查之队”，全军人人要查，也只有人人都查才能整好全军。同时，强调掌握好方法方式，要把原则性问题和生活上的小缺点区分开来；对有严重违法违纪、民怨极大反映极坏的分子要处理，但必须经过郑克坚自己的批准才能执行；严禁出现超出思想斗争以外的任何过激行为。
经过整军运动，威武军广大将士的思想觉悟和政治觉悟明显提高，军规军纪观念大为增强，部队的团结与战斗力得到了巩固和提高；广大将士树立了正确的立军为民观念，坚定了为民而战的思想；基本扼制了军队中的贪污腐化、山头主义及兵为将有等恶劣倾向；使威武军中的山头主义、官僚主义倾向受到严重打击，走将士一体路线、立军为民、批评与自我批评的作风有了很大改进；加强了军队中的军风军纪，广大将士对郑克坚的建军思想有了新的认识和转变，基本上达到了军中高度团结、官兵一体、军事上提高战术和技术的三大目的。
威武军整军运动，是一个政治工程，是郑克坚对改造官兵思想建新思想的一个重要尝试。它不仅是为威武军从政治上、思想上作了准备，也在即将对与太平军的大决战起动员作用，而它的基本精神，在以后的军队建设中，对教育军官战士坚持立军为民的建军宗旨，保证完成赋予军队的各项任务，也有重大的指导意义。也是郑克坚为建立一个新中国、一种新思想作的准备。
经过一个月的整军运动在小结时郑克坚说：“万众一心，大家想办法，大家出力量，不怕牺牲，克服困难，群威群胆，英勇杀敌。这样的军队，将是无敌于天下的。”
就在郑克坚进行整军时朝庭圣旨是一道接一道，要他出兵江北。郑克坚也在整军的同时做着各项战前准备，军火、物资基本到位，人员配备完整也集结到了上海。同时郑克坚令军校的课程暂停，所有的教官学员五百多人组成一只教导队和军队一入江北观摩战事。
十月初，朝庭的第八道圣旨到达上海，郑克坚回奏马上出兵。十月四日郑克坚令第一师第二师教导队两万余人从上海出发渡江入江北。
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