孙传芳连遭失败，求援于奉军张作霖，联合组成安****，张作霖任总司令，孙传芳和张宗昌任副司令。计划以奉军一部入河南，促吴佩孚反攻湖北；孙传芳反攻江西；张宗昌率直鲁联军接防苏、皖北部，配合反攻鄂、赣。孙传芳收集残部8万余人，部署在沪宁铁路（上海-南京）和沪杭铁路（上海-杭州）沿线及皖南地区，抗击国民革命军的进攻。
1926年10月，共产党为实践北伐，于上海发动第一次工人武装起义，建立“上海市民自治政府”。军阀孙传芳部对工人、市民进行镇压。工人100余人被捕。上海总工会委员陶静轩、“起义总指挥部”成员奚佐尧等10多位共产党员被杀，起义失败。
为肃清长江下游之敌，国民革命军总司令部于1927年1月上旬决定进军杭州、上海，会攻南京。蒋中正兼中央军总指挥，率江右军（由第6、第2军和独立第2师组成，程潜任总指挥）和江左军（由第7、第10、第15军组成，李宗仁任总指挥）分由赣、鄂沿长江两岸向皖、苏推进，主攻南京。何应钦为东路军总指挥，率第1、第14、第17、第19军（由孙军第1师起义改编，陈仪任军长）和第26军（由孙军第3师起义改编，周凤岐任军长）自赣、闽分路入浙，夺取杭州、上海，助攻南京。唐生智为西路军总指挥，率第8、第4、第9、第11军由鄂入豫，牵制北面之敌。
1927年1月下旬，东路军第1、第26军在第2军配合下，由浙江衢州向杭州方向发起进攻，在龙游附近击溃孙军一部，于二月上旬进占兰溪、金华后，乘胜向淳安、建德（今梅城）、浦江推进。2月11日，在桐庐、诸暨、富阳地区遭孙军孟昭月等部4个师抵抗，激战五日，俘敌8000余人，于2月18日占领杭州。此时，共产党为配合国民军进攻上海，发动了第二次工人武装起义，并在共产国际人员（Gotikoff、Arno、Chernisk、Bouharoff等）指导下进行军事布置，起义得到了广大群众的拥护和支持，在国民军先头部队的配合下，经过浴血奋战，起义取得了胜利。
在此期间，东路军第14、第17军和第1军一部由闽入浙，相继攻占临海、宁海、宁波、绍兴等地，肃清浙江境内的孙军。3月上旬，东路军开始进攻淞、沪，至20日，第14、第17、第2军和第1军一部经太湖以西攻克常州、丹阳等地，截断沪宁铁路；第1军主力和第26军克松隐、松江、吴江、苏州，迫近上海。21日，周恩来等领导上海工人举行第三次武装起义，经过30多个小时激战占领上海。第1军一部乘机进入上海市区。
与此同时，江左军由鄂东向安庆、庐州（今合肥）挺进。由于孙军刘宝题师、陈调元师、王普旅和叶开鑫残部相继起义，3月4日不战而下安庆，至18日进至庐州、六安之线。江右军由江西沿长江南岸东进，相继攻克芜湖、当涂后，3月20日开始总攻南京，经两天激战，扫清江宁镇、秣陵关、龙都等外围据点。23日，第2军进逼中山门、光华门；独立第2师进攻通济门、武定门；第6军进抵雨花台，该军第19师由中华门冲入城内。当晚江右军各部分路进城，占领南京。