国共从合作到分裂（下孙中山死后，国共的矛盾逐渐表面化。其实就算孙中山不死，国共分家也是迟早的事，也许过程或者手段不尽相同罢了。
中山舰事件（见本人博文《国民政府统一广东》）之后，国共双方都很尴尬，为难，就像一对想离异的夫妻，日子虽然马上就过不下去了，但谁也不愿先提出分手，毕竟合作期间曾经有一些美好的回忆。
这一时期国民党真正的掌权者是蒋介石，他在1926年国民党二大上，提出了著名的“整理党务案”，希望通过法定程序，来限制苏联顾问和共产党人的权力，尤其注重后者。
该提案针对苏联顾问的有两条：一、“不得把持要职”；二、“辞去行政官职权”。
针对共产党权力过大的有六条：一、“对于共产党员之入本党者，须守本党纪律，实行三民主义之工作，更不许对总理之人格加以诬蔑，对于总理之历史有意抹煞，对于三民主义，尤不准其有批评与怀疑之行动。如有运动本党党员加人共产党者，一经检举，则处以严律”；二、“共产党员在国民党内一切秘密团体及一切秘密行动，完全取消”；三、“共产党对其党员一切训令及其策略，应通过国民党最高干部”；四、“在国民党之共产党员，其名册应通知国民党最高干部”；五、“共产党在国民党中央执行委员会内之人数不得过三分之一”；六、“国民党与共产党应设联席会议，处置一切困难间题”。
苏联顾问鲍罗廷不愿与蒋介石决裂，而蒋介石也在军政方面一时间离不开共产党人。双方最终就该提案达成了妥协。共产党的权力至少在制度层面受到了约束，而国共合作的路线也再次得到了重申和坚持。但蒋介石显然很清楚，《整理党务案》缺乏可操作性，即便是****党员从国民党中央大幅度退出，国民党的中下层党组织也仍然在****的控制之中，因为国民党并不能掌握跨党的共产党员的具体数据。无奈之余，想出了一个国民党加入共产国际的办法。蒋很清楚地意识到：共产国际才是一切问题的关键，假如国民党成为了共产国际的成员，直接接受共产国际的领导，那么，****党员彻底加入国民党，也就不存在任何问题了，“跨党”所引发的一切矛盾都将消失。
1926年9月，同时拥有国、共两党党员身份的邵力子，受蒋介石派遣抵达莫斯科。邵氏此行的任务，正是为了说服共产国际接纳国民党为其成员。
但共产国际最终没有接纳国民党成为其成员，因为邵力子没有完整地传达蒋介石的意图。离开中国前，蒋介石曾面嘱他向斯大林转达：要第三国际直接领导中国国民党，不要通过中国共产党。但这位老同盟会会员似乎更倾向于维护****的利益（早些时候蒋要求他退出****也遭到了拒绝），他反驳道：“共产党是第三国际的直接组成分子啊！”结果，见到斯大林的时候，邵力子没有完整转达蒋介石的嘱咐，他只是说：希望第三国际加强对国民党的领导。共产国际答应了这个要求。而到了11月的时候，蒋介石还在给邵氏写信询问事情进展如何，甚至表示愿意亲为此事自前往莫斯科。
但即便邵力子完整转达了蒋介石的要求，共产国际也不可能接受国民党。一个最直接的证据就是：邵氏此行为国民党争取到了与共产国际互派代表的权利；但自始至终，共产国际只接受了国民党派来的代表，却没有向国民党派出自己的代表。共产国际很谨慎地不愿意承认国民党。
共产党方面也很想尽快解决这个问题。总书记陈独秀当初是极不情愿以这种形式的国共合作，于是他希望共产党员全部退出国民党，以实行他的党外合作的方式。
1927年4月15日共产国际机关刊物《共产国际》发表了题为《****“五大”和国民党》的社论。这份社论披露了陈独秀的这个计划，并对其作了严厉的批评和否定。
社论不指名地批评陈独秀做出了一个“错误的决定”。社论说：该决议案共有四条，即四项决定。这四项决定是：“第一，以党外联盟取代党内合作；第二，采取一定的独立的政治策略；第三，竭力使城市小资产阶级成为国民党的基础；第四，建议国民党不要成为一个有组织的党，而成为地方组织，可以采取俱乐部形式。”
社论说：“所有这些决定都必须改变。第一项决定以共产党退出国民党为前提条件，这是同共产国际执委第七次扩大全会相抵触的，国际谴责这种行动为严重的政治错误。从这一观点出发建议组织作为分裂集团的左派国民党，这也是错误的。建议组织左派国民党集团，只能把国民党分裂为两个国民党。……所以，我们的任务不是组织一个新的左派国民党，而是指导整个国民党向左转，并保证它的左倾政策的执行。”（向青《陈独秀等提出共产党人退出国民党的史实考订》，《党史研究资料·06》）
此时的陈独秀已经无力影响激进、狂热、愤怒的****党员们，也从此结束了他的政治生命。从此国共之间形成了不共戴天的血海深仇，互相厮杀了二十二年，就是在共同抗日的时候也没有完全停止，直到****掌握了全国的政权，国民党退据台湾一隅。
北伐的第一阶段取得胜利之后，“两夫妻”终于闹翻，而未能和和气气的“协议离婚”。
蒋介石最终选择了武力“清党”。他之所以敢这么做，原因有三：一、国民党内部的支持（譬如蔡元培也支持他“清党”）；二、****选择支持汪精卫，蒋介石感觉自己的领袖地位岌岌可危，统一中国的伟大梦想即将破灭。三、****虽然有影响，有力量，但是没有能掌握与控制的军事力量。纵观中国历史上的政治斗争，这一点是最关键的。“清党”是国民党和蒋介石身上难以磨灭的罪恶，无论它是出于集体“党争”的目的，还是出于个人“权斗”的目的，几十万无辜爱国青年的生命，就这样在极端扩大化的“清党”中白白葬送掉了。
事情到了这一步，苏联及共产国际仍然没有醒悟，并试图通过支持汪精卫来打到蒋介石，继续他们心目中的国民革命。但很快，汪精卫也分共了。其直接缘由，是共产国际代表罗易鬼使神差地向汪精卫出示了共产国际给****的“五月紧急指示”。这家伙简直就是一个十足的二百五，让这种人来指导革命，其实就是要命。
这份由联共(布)中央政治局秘密会议决定的电报，向****提出了三点要求：(1)有步骤地开展土地革命，口号是“一切权力归农会和村委会”。在“保护指挥人员财产和分给士兵土地”的前提之下，在湖南、广州等省实行“在共产党的积极参与下由农民实际没收土地”。(2)“开始组建8个或10个由革命的农民和工人组成的、拥有绝对可靠的指挥人员的师团。这些师团将是武汉在前线和后方用来解除不可靠部队武装的近卫军。”(3)“加强在蒋介石后方的工作和对蒋介石部队的瓦解工作，并给广东农民起义者以帮助”。在汪精卫看来，这是要篡夺国民党的党、政、军大权。
这个罗易为什么这样弱智呢？由于1927年国共关系日趋紧张，尤其是****领导的工农运动有些狂热、过火，与国民党军队官兵（湘军尤甚）发生了激烈的冲突之后，陈独秀曾提出六条解决问题的意见：(1)小地主和革命军官的土地不没收。(2)成立解决小资产阶级与工人之间纠纷的仲裁委员会。(3)商人有权参加各种自治机构，反革命分子除外。(4)不禁止、不妨碍帝国主义的贸易。(5)邀请国民党积极参加工农组织。(6)支持国民党政府增加和征收捐税，条件是不剥夺贫困居民阶层。这些建议得到了鲍罗廷的支持，但却遭到了另一共产国际代表罗易的强烈反对。罗易在****内部找不到同盟者，遂将秘密的“五月紧急指示”告诉了汪精卫。他可能还有另一种天真的想法，以这种方式对汪精卫表示信任，目的是争取、团结对方。岂不知汪精卫是国民党的元老，创始人之一，在决定国民党命运的时刻他会毫不犹豫的站在自己缔造并为之奋斗过，流过血的国民党一方。
若干年后，周恩来在延安整风时期如此反思“第一次国共合作”的破裂：“大革命的失败，主要是没有按照共产国际的指示去篡党篡政篡军，搞土地革命，以武装斗争为中心。共产国际第八次全体执行委员会议对中国问题发决议包括这四点：改造国民党使工农分子大批参加进去，这就是篡党；把农民协会变成为乡村的政权，这就使篡政；组成七万军队，其中要包括二万共产党员，这就是篡军。”1936年在白家坪接受斯诺采访时，周恩来也说：“由于策略上的错误，我们抛弃了对国民党保持控制权的机会。……假如共产党全力加入国民党并且为争夺控制权而斗争，而不是留在国民党外边，我们就能与左翼组成联盟，取得并且保持领导权。”
国共合作期间曾任国民党中央组织部部长的谭平山，于1928年在《中华革命党宣言草案》中如此定义国民党的阶级性质和反思大革命的失败：“无如当时的国民党，依然是一个多阶级的政党，并非建筑于一个伟大的革命阶级强有力的政党，律以党的成立根本条件，已属残缺而非健全。果也，党内各分子，各本其阶级的利益，尽量发挥其各阶级的属性，不断的表现那些党内阶级斗争滑稽而奇异的现象，政纲形同虚设，纪律等诸具文。故改组开始，立起纠纷，革命发展，更呈分化。广州三月二十日之变，不过是党内阶级斗争的表现，也是多阶级政党本身弱点的暴露。代表封建资产阶级的新军阀蒋介石，于此初试其锋，所谓左派领袖汪精卫。竟仓皇出走。”
陈立夫晚年在回忆录里如此描述自己当年“清党”所采取的方法：“吴倚沧、我哥哥和我最关心的是如何找出谁是共产党，因为，中国共产党从来没有将他们党员名单交给我们过，因此，我们根本没有办法分辨谁是共产党，谁是“纯粹”的国民党员。同时，共产党已经下了一道秘密命令，要所有共产党员尽量地藏匿身份，以便继续混藏在国民党中从事他们的工作。我告诉吴倚沧，唯一可做的就是打斗，因为一打了起来，国民党和共产党两边的人自然就会分出鸿沟来，这个办法我们在安庆已经试用过。随即我们就打电报给各地足以信赖的同志，要他们想尽办法摆脱共产党，至于身份不明的人，只要从打斗中就可以知道他们的身份和态度，然后就尽可能清除他们。”
白崇禧曾是清党的积极执行者，但他是如此感叹清党的恶果的：“此次清党后，即发生许多以党营私之假革命党，尤在上海一隅，更加其甚。藉清党为名，奸人妻子，掳人财物，敲榨剥削，随便杀人，以致人民怨声载道。上海是舆论的中心，故民众对本党已渐失信仰，这是非常痛心的。”“本党自去岁北伐以来，得到民众之欢迎，箪食壶浆，唯恐未至，正有东征西怨之概。乃今岁四月，克服江浙，假革命者冒充忠实，竟将本党令名几付诸流水。嗟呼!清党运动，固如是耶!”对于“清党”所造出的种种恐怖，就连再三强调“清党，就是要消灭中国共产党”的南京国民党中央政治会议主席胡汉民，也是摆首连连。他形容“清党”意义已大为走样，“清党，清党，许多罪恶，借之而生。土豪劣绅，弹冠相庆，攘臂大呼曰：清党。清党把许多健全忠实的少年同志，一网而尽。绅士皆大笑。试问：他们自己不是党员，以何资格来清吾之党？真正之CP亦振臂大呼曰：清党，清党，打倒CP分子，于是党员皆大惧，偶语有罪。CP大笑，党员大哭，国民党之基础乃大危”。——“清党”是一把双刃剑，国民党自此失去了人民的信仰。
1927年清党的腥风血雨之后的结局竟是如此的两败俱伤——共产党人从五万被屠杀成不到一万；至少20万无辜左倾爱国青年命丧黄泉；国民党则几乎丧失了在青年中的号召力，号称代表全民利益的国民党，再也没有能够从这浓厚的血污中重新找回自己的人民……