张煌言最终实现了当初他对自己的承诺，仰不愧于天，俯不怍于人，既全忠义，又不连累旁人，成就了他一生的修为，与圣人一般无二。
永历十二年，永历帝派使臣到达福建厦门，封郑成功为延平郡王、招讨大将军，张煌言为东阁大学士兼兵部尚书，负责浙江军事。不久，两位抗清英雄联手上演了一场在抗清斗争中足以彪炳千秋的壮烈史剧。永历十三年五月，郑成功率水陆大军十七万人，在舟山会合了张煌言所部六千人，自崇明口入长江，开始了向清军的进攻。在这场战役中，张煌言表现了他卓越的军事、政治才能。
还在大军刚到长江口时，张煌言就建议郑成功先占领崇明全岛作为后方根本。这是他多次进长江的经验，可惜郑成功未采纳，郑氏主张全军西。六月十七日，张煌言攻入瓜洲，在军事会议上，他建议大军先取镇江，自己率水军进攻南京观音门，掩护郑成功在镇江城下的军事行动。是月，张煌言部西上，仪征、六合的清军如惊弓之鸟，而广大人民则热烈拥戴张煌言的大军。义军到达观音门江面，企盼郑成功从陆上会师进攻南京。时据守南京的清江南总督郎廷佐因城内实力不济，异常恐慌。
但郑成功不懂得兵贵神速的道理，而是依旧坐船惯慢地西上。张煌言在南京江面空等了两天，不见大军到来。此时，清军乘机加强了南京的防务，他们侦知张煌言孤军在浦口，想趁郑成功大军未到时击破张煌言军，入夜，清军八十艘快船偷袭张煌言水军，两军接战，义军奋勇杀敌，打败清军，第二天凌晨，七名义军战士还克复了江浦城。
永历十三年七月初七日张煌言收复芜湖，遂即于该城驻节，并分四路军攻取溧阳至广德、池州、和州、宁国，并以郑成功名义发布檄告，号召各地“归正反邪，端在今日”，“先机者有不次之赏，后至者有不测之诛”。一时皖南、苏南大为震动。
此时，张煌言派往各地的军队进展十分顺利，旬月之间，连克皖南的太平、宁国、池州、徽州、无为、和州及苏南的高淳、溧阳、溧水等城池，共计四府、三州、二十四县，部下水陆大军发展到数万人，湘赣鲁豫亦为之震动，忠勇之士纷纷输款欲投效力，这是张煌言抗清事业的辉煌顶点。而清廷也开始慌张起来，除征调大军南下镇压以外，顺治皇帝也开始筹划是否要“御驾亲征”。不幸，此时郑成功的大军却在南京城下战败，使郑成功、张煌言共同创造的大好抗清局面功败垂成。
郑成功大军一撤，张煌言孤军悬于芜湖一带，使得清军能够集中力量回过头来对付他。永历十五年三月，张煌言率兵进入闽北的沙埕，打算与郑成功再度会师。但是郑成功的主力全力收复台湾，并未与联军，导致光复中原功亏一篑。