这次大屠杀持续了一天，直到尸体堵塞了河流，大约有三万多人遇害。这就是史册上臭名昭彰的嘉定屠城。最后，这五千清军竟抢夺三百大船的财物，统统在李成栋的指挥下运离嘉定。
但嘉定城的劫难仍然没有结束。李成栋大屠杀后的三四天，侥幸逃脱的嘉定的幸存者开始溜回城里。中华儿女普遍有种强烈的乡土情结。黄河边的原住民宁可坐以待毙，也不愿意乔迁他乡；即使朝廷强令迁徙，没多久，他们也会回来，无论当地多穷多苦。嘉定的绅民也是如此，他们回城后看到如此惨状，立即在义士朱瑛的领导下，重新集结了两千多人。朱瑛领导着幸存者们在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。
矫枉总过正，两军交战，百姓的境遇最为凄惨，不剃发死，剃发亦难逃一死。在嘉定城外，一支被打散的乡兵队伍聚集在葛隆和外冈，他们一旦发现那些剃了发的人，就将这些人当场处死。李成栋的一支小分队也被这群乡兵歼灭。李成栋狂怒下派了一支大军进入葛隆和外冈，屠杀了所有的居民。这两个城镇也被夷为平地。
李成栋任命的新县令浦嶂为虎作伥，又领着李成栋的军士们直杀入城里，将许多尚在睡梦中的居民屠戮殆尽，积尸成丘，而后放火焚尸。浦嶂不仅将昔日好友娄复文等人阖家屠尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得兴起，嘉定又惨遭“二屠”。历经“二屠”之后，嘉定已无贫富差别，幸存者均一贫如洗。
二十余天后，明朝将领吴之番将军率余部猛攻嘉定城，周边民众纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑，吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快溃不成军，吴之番也提枪赴战而死。李成栋军第三次攻城，不仅将吴之番数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为著名的“嘉定三屠”。