然而现实却与洪诗铃的想象相去甚远。
经过残酷的“三屠”，江南大部分地区远近始剃发，称大清顺民。血海肉山终于使反抗的烈焰渐趋熄灭。李成栋也因此“赫赫”功劳，被提拔为江南巡抚。不久，清廷又把他调往东南，派他去平灭南明的另一个皇帝隆武帝。
南明隆武帝朱聿键原为宗室唐王，是太祖朱元璋九世孙。朱聿键算得上是明末少有的胸怀壮志，腹有大略的皇室宗亲。可惜生不逢时，命运多蹇，在四十四年的人生中倒有二十四年都是在监牢中度过。
弘光朝覆灭后，朱明又一个王爷潞王，在众人推戴下于杭州自称“监国”（即代理皇帝），三天后，清军杀到，一直被寄予厚望的潞王朱常芳与属下没做任何抵抗，向清军献城投降。
此前一天，朱聿键已离开杭州。潞王被俘消息传来，黄道周等明臣上疏劝朱聿键监国。在郑芝龙家族拥护下，朱聿键在建宁称监国，二十天后，他又在福州正式称帝，改元隆武。举行大典仪式当天，一阵大风卷地，将周围树木连根拔起，四面迷雾顿起，尘沙飞扬，时人目不见物。尚玺官的坐骑受惊，将玉玺跌落，碰坏一角。然而这样的不祥兆征，却并没有磨灭君臣平复天下的决心，隆武帝锐意恢复，他善于抚慰群臣，乐于纳谏，甚至同意招纳“大顺军”（李自成军）余部，以共同抵抗清军。同时，针对南明军杀害剃发的平民一事，他也予以阻止：“兵行所至，不可妄杀。有发为顺民，无发为难民。”这一谕旨使得一般百姓欢呼鼓舞，纷纷来投。
虽为英明之主，隆武帝却一直为郑氏集团所架空。以郑芝龙、郑鸿逵、郑芝豹、郑影为首的郑氏家族，本为大海盗家族，数十年横行福建、广东、浙江一带沿海，兼商兼盗，崇祯初年受招安后，趁天下大乱之际一直忙于扩大地盘，充实实力。郑芝龙等人仰仗自己的拥立之功，将朝中一切实权都掌握在郑家手中。
郑芝龙心怀叵测，其子郑森[即郑成功。]却忠于明廷。郑芝龙有一次带郑森入宫，隆武帝见之大悦，以手抚其背，说：“恨无一女配卿，卿为尽忠吾家，毋相忘也。”赐郑森国姓朱，并赐名成功，命其为御林军都督、仪同驸马都尉，时人称之为“国姓爷”。
郑氏家族不仅傲慢无上，还卖官鬻爵，大肆搜刮百姓，横毒凶暴甚至超过弘光朝的马士英，以至于“受害者延颈待清兵，谣曰‘清兵如蟹，曷迟其来！’”一帮发迹的海盗奸商，经营朝政仍同于经营生意一样，如此，其后果可知。
隆武政权内忧外困，与此同时，另一个宗室鲁王朱以海在绍兴也称监国。朱以海是朱元璋的第十世孙，与隆武帝同为明宗师疏宗。照说两人同祖同宗，本应一致对外。隆武帝有意笼络鲁监国，对其手下许以高官重爵，然而鲁监国手下的重臣张国维、王之仁却不肯放弃已经到手的拥立之功，撺掇鲁监国与隆武帝争夺天下“正统”。
为了夺取天下正统，鲁监国君臣拟收复旧都南京，因此在浙东地区大肆兴兵。同时与隆武政权摩擦不断，内耗甚巨。