李成栋虽然怀疑赵青娘说话的动机，却始终在反复思量赵青娘所言“养寇自重”四个字。绍兴城破之时，鲁王朱以海在张名振等人护卫下离开绍兴，经台州乘船逃往海上。出走前，朱以海派靖夷将军毛有伦保护他的家人退往台州，然毛有伦却自作主张，改道蛟关入海，不料途中遭遇叛将张国柱，朱以海的家眷被押往杭州。清廷以此为要挟，派使者前往通告朱以海，要他剃发归降，却遭朱以海痛斥：“平夷我陵寝，焚毁我宗庙”。
然而令所有人没想到的是，李成栋居然放弃了对已成穷寇的朱以海的追击，改道南下，直逼隆武帝。
这边厢隆武帝三面受困，一受制于郑氏家族，二要防鲁王军队，三则李成栋率领的清军节节逼近。无奈之下，隆武帝声言要亲自北伐，以挽颓势，但总领大军的郑芝龙冷笑一声，理也不理。老忠臣黄道周以六十之年，带数名门生故吏，一路招至九千多人，北上抗清，千辛万苦，百死愁绝，终为清军俘获，慷慨就义。愤懑之下，隆武帝再也不顾郑氏阻拦，携数千明兵“御驾亲征”。而平日在海口作威作福、杀掠抢劫的郑影等人忽然弃新城[今江西黎川。]而逃。郑芝龙早已暗中与清兵约降，福建各关隘均无人把守。
李成栋的清军在浙江等地一路大胜，先后攻下绍兴、东阳、金华、平州，很快攻陷郑鸿逵所守的仙霞关。隆武帝逃湖南不成，又想取道汀州去江西，此时的“御驾亲征”已变成“御驾亲逃”。一边是隆武帝臣下的众叛亲离，离心离德；一边是李成栋的驭兵有方，指挥若定，两相对比，胜负立判。
如此危难紧急关头，酷嗜读书的隆武帝仍然“载书十车以行”，边逃边读，边读边逃。小路狭隘，书又死沉，更拖慢了诸人的逃跑速度。隆武帝在汀州刚刚歇过一口气，转天凌晨，就有大队身穿明军军服的人叩汀州城门，声言护驾。守门士兵不知是计，城门一开，原来都是李成栋派出化装的清军。隆武帝闻乱惊起，持刀刚入府堂，为清军乱箭射杀，同时遇难的还有其皇后曾氏和不满月的皇子。
隆武帝一家三口的人头献上，李成栋更得清廷垂青，命他与佟养甲一起，驻军福州，以观时变。
那边厢鲁王朱以海却有东山再起之势。隆武帝朱聿键被清军杀害之后，一些不愿意投降清廷的文武官员改奉鲁监国朱以海为正统，这使得他的地位骤然发生了很大变化。此时，张名振[张名振，字侯服，汉族，明朝南直隶应天府江宁县人（令江苏省南京市）。一说山西人，南京锦衣卫籍。原任台州石浦游击，封富平将军。弘光元年（1645年）福王被执，招集义师，共图恢复。与张煌言等拥立鲁王监国于绍兴。后奉鲁王从福建金门回到舟山。]不失时机地提出了“隆中对”，他向朱以海完整地阐述了先三分天下，建基立国，再收复江南和一统天下的战略方针。具体步骤是先攻取清军兵力薄弱的福建，建立起可靠的根据地；再利用“监国”名义和声望，招揽人才，逐步增强政治、经济和军事实力；同时妥善处理好同海外邦国的关系，争取朝鲜和日本出兵相助；在西南永历称帝一事上，不再采取针锋相对的方针，让永历政权尽量拖住清军。如此一来，就能形成三分天下（清廷、永历政权和鲁监国）之势，待江南空虚之时，用精兵袭取南京，则明朝复兴有望。
朱以海对这一策略极为赞赏，决定按张名振版“隆中对”所设定的那样成就一代霸业。同年六月，朱以海在张名振等人保护下抵达舟山，割据舟山群岛的黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，拒不接纳朱以海入城，鲁监国君臣在舟山借住了两三个月，做足了仁义文章。九月，据守金、厦一带的永胜伯郑彩将朱以海迎入福建，不料，郑芝龙已经赶赴福州博洛军前投降，他派人通知郑彩献出鲁监国向清廷请赏。郑彩不愿投降清朝，决定奉朱以海为主，朱以海的实力迅猛增长，大多数浙江和福建官民都以鲁监国为中兴大明的旗帜；再者，满洲军主力已由博洛带回北京，福建清军兵力空虚。