29日，康有为到达香港，在港英当局保护下，暂时没遇到生命危险。这时，北京的维新党人受迫害的坏消息一个接一个地传来，他的精神受到极大打击。但光绪帝仍活着的消息，使他燃起了救亡的一线希望。他决心只要一息尚存，就要为维新事业奔走呼号。在记者招待会上，他揭露以慈禧太后为代表的清王朝的腐朽，宣传自己的维新主张。他把皇帝密诏作为宣传工具，以皇帝密使的身份给各国驻华公使写信，请求他们联合出面干涉慈禧政权，还政于光绪皇帝。
到港后，他致电日本驻华公使，请求保护。不久，日本首相同意康有为到日本避难，由日政府给予保护。10月19日，他乘日轮离港赴日。25日，他抵达东京，与先期到达的学生梁启超见面。虽然分别只有月余，师生历经大难，重新聚首，都有隔世之感。到日后，他马上让梁启超与日本首相大隈重信的代表会谈，寻求支持。梁提出请日政府与英、美等国联合干预，迫使慈禧太后交出政权，让光绪皇帝复位。他们不明白：各资本主义国家虽然同情他们的政治主张，愿意保护他们的人身安全，却不愿因中国政局的变化，损害他们的在华利益。所以他们对康、梁的请求没有予以明确的答复。
戊戌政变后，很多中国的反清人士来到日本。曾在湖南与梁启超、谭嗣同共同进行过资产阶级思想宣传的唐才常，接受了康有为让他回国发动哥老会起兵勤王的指示。他通过好友，与革命派领袖孙中山取得了联系，就在长江各省起义之事进行了榷商。唐才常主张康、孙两党联合行动。孙中山表示赞成，并说：如果康能放弃保皇，投身革命事业，那么，不但两党可以联合行动，而且可以奉康为领袖。
康有为的主张是拥护皇帝，实行变法，走的是改良道路。革命派则是坚决反对清廷统治，在中国建起共和国制。他们在双方都不放弃自己纲领的情况下，是不可能合作的。康有为个性执拗，而且受传统忠君思想影响很深，对光绪皇帝又有着很深的个人感情，所以当不当领袖倒无所谓，不保皇可万万做不到。但考虑到自己在日本的处境，他答应，可以与革命党人谈一谈。经犬养毅等人联络，约定孙中山、陈少白与康有为、梁启超举行会谈。会谈时，康有为借故没有到会。梁与孙、陈谈了整整一夜，都觉得有合作的必要。过两天，陈少白特意去拜访康有为，双方展开了激烈的辩论。因在斗争宗旨上谁也不做让步，谈话不欢而散。以后，双方成见日深，竟成了两股对立的政治势力。
其实，戊戌变法的失败已经证明：在中国，依靠统治者，走从上而下的改良道路是行不通的。只能用更激进的手段推翻封建统治，搬开前进道路上的拦路虎，中国才有自新自强的希望。变法失败后，虽然康有为仍在为救国救民苦心思索，四处奔走，他的爱国赤诚仍让人感动，可他的主张已经落后于中国救亡斗争的现实，他的思想已被排除于中国进步思潮之外，有时甚至起着不应当起的反面作用。
此时，清政府就保护康有为问题向日本政府频频交涉，日本一些政客和军人也向政府施加压力。在一些友人周旋下，日外务省资助9千元活动经费，请康有为转赴他国。在日本活动了几个月，没取得什么积极成果，让康有为感到焦躁。他也正在考虑去欧美各国活动，于是在1899年3月22日，乘船离开日本。
4月初，康有为一行抵达加拿大维多利亚。上岸时，受到等候多日的华侨们的热烈欢迎。接着，华侨又在中华会馆举行上千人的欢迎大会。康有为作为一个为中华之崛起而奋斗的英雄，受到热切希望中国早日富强的华侨们的尊崇和礼遇。所到之处，都为他安排了盛大的欢迎仪式。成千华侨簇拥着他，听他那热情洋溢的讲话，每个人胸中都激荡着爱国豪情。
从加拿大，他横渡大西洋来到英国，请求英国政府出兵推翻慈禧太后的统治，遭到拒绝。至此，他以申包胥哭秦庭精神感化资本主义国家出兵救皇上、救中国的梦想彻底破灭了。
不论遇到什么艰难险阻，康有为是决不退缩的人。他见乞求列强的路行不通，便另辟蹊径，决定发动华侨，形成一支海外的坚强改良群体。他回到加拿大，与华侨李福基、冯秀石等人商议成立一个组织，起初命名为保商会，因为华侨中十有八九是商人。后有人提议：既然只有保皇才可以保国，保国才能保侨，不如取名保皇会更好。这个提议正合康有为的心意，也得到了大家的赞成。7月20日，保皇会正式成立。以康有为为总会长，梁启超、徐勤为副总会长，下设协理、干事、书记等员若干。总部设在澳门，在美洲、南洋、港、澳、日本等地各设总会。保皇会章程规定：“以保全中国为主”，“以救皇上，以变法救中国救黄种为主”。康有为把保皇与变法、保国联系在一起，得到了广大华侨的认同，产生了很大号召力。当时在海外，康有为一派的名声远在革命党人之上。经过努力，这个团体得到迅速发展，两年间，共建总会11个，支会103个，会员达100多万人，分布于世界200余个城市。在发动华侨参加爱国运动方面，保皇会起了重大作用。
从另一个角度看，当推翻清朝统治已势在必行的情况下，康有为的思想主张对群众运动的方向也起了误导作用。受思想局限，康有为是不会意识到这一点的。保皇会成立后，第一个重大活动是在光绪皇帝30岁生日时，举行“祝圣寿”仪式。在飘扬的大清龙旗下，数百男女老幼行三叩九拜之礼，遥祝皇上万寿无疆。这个场面，今天也不好说是一场庄严的正剧，还是一幕让人啼笑皆非的悲喜剧？
这年10月，因母亲在香港病重，他经日本返回香港。这时清政府也在积极行动，寻找机会对他行刺。一天夜里，一个刺客趁天黑窜进康所住的院子，被正在楼下谈话的唐才常等人发现后，狼狈逃窜。刺客又买下康有为邻居的房子，在下面挖地道。想在康居室下埋炸药，炸死康有为。后被发觉，这个阴谋才没有得逞。恐怖的环境使康有为和家人日夜不安。他应新加坡著名华侨领袖邱菽园的邀请，于1900年1月下旬离开香港，前往新加坡。在那里，接受英国政府的保护。
保皇会成立后，康有为就开始策划用武力推翻慈禧太后统治，拥戴光绪帝复辟。他派唐才常回国，联络长江沿岸哥老会起兵。1899年末，唐来到上海，成立正气会，号召海内外仁人志士共举大事。不久，他将正气会改名为自立会，筹备组织自立军，发动起义。康有为以忠君勤王名义，在海外筹集经费，支持自立军的活动。康有为除通过唐才常等人组织自立军在长江流域起义外，还指示弟子徐勤等在广西、湖南等地起兵以造成合兵共捣京师之势。
义和团在北方兴起，康有为认为是起兵的大好时机，对广西起义做了详细安排。此时，唐才常的活动也卓有成效。7月26日，他在上海召集各界名流开会，成立中国国会，以清光绪皇帝复辟，创造新的自立国为宗旨。国会召开后，唐将自立军分为五路，定于8月9日在汉口、汉阳、安徽、江西、湖南同时举义。可是，由于康、梁所筹经费迟迟不能到位，起义时间不得不一拖再拖。自立军发动前，唐才常曾以学生名义联络湖广总督张之洞，请他脱离清政府，宣布独立。张之洞起初持观望态度，后来见列强并不支持保皇党，便采取行动，于8月22日派兵包围自立军总部，逮捕了唐才常、林圭等30余自立军骨干。当晚将唐等22人杀害。随后，广西等地起义也告失败。康有为用武力拥戴皇上的企图至此破灭。
孙中山此时也想在南方发动起义。他请日本志士宫崎寅藏等人到新加坡相会。宫崎知道康有为在新加坡，便建议联合康有为共同起事。他以前曾救助过康有为，表示愿意从中斡旋，促成合作。不料这时康有为收到多次报告，说孙中山组织了一批刺客前来行刺，误以为宫崎等人是为行刺而来。宫崎到新加坡后，康给他写了一信，委婉谢绝宫崎的拜访，引得宫崎十分恼火。此时，有人告发宫崎前来行刺，新加坡警察将宫崎等人逮捕后，驱逐出境。此事造成孙、康之间关系的完全破裂。康有为开始旗帜鲜明地反对革命。
康有为离开日本后，梁启超与孙中山来往比较密切。受孙影响，思想逐渐倾向革命。他对康有为创办保皇会，有自己的看法，主办的《清议报》上一般不登保皇会的文章，欧榘甲、韩文举、张智若等康有为的学生思想也渐趋激进，主张与革命党人合作。经进一步接触，两党有意推举孙中山为合并后新组织的会长，梁启超为副会长。梁起初有些顾虑，以为对老师无法交待。孙劝他：弟子为会长，老师地位更尊。梁以为有理，便表示同意。梁启超和欧榘甲、韩文举、罗普等13位康门弟子联名给康有为写信请示。信中表示赞成共和制度，说康有为年事已高，可安心静养，由学生们接替他继续从事政治活动。康有为见信大怒，回信怒责梁启超等人背叛师门，马上把梁、欧等人分调到别处办理保皇会事务。康有为的学生们向来畏惧老师的威严，敬之如同严父，不敢违抗他的命令。在日本的康门弟子纷纷起来指责他们的背师行为，称他们是“十三太保”。在强大的压力下，他们只好屈服。两党的合作之议遂被搁置，康、梁之间从此产生了无法消解的芥蒂。
八国联军侵入北京，强迫清政府与之签订《辛丑条约》，中华民族危机更加严重。梁启超、欧榘甲等康门弟子再次深切感到非革命无以救国，连紧紧追随康氏的徐勤思想也激进起来。他们公开发表文章，宣传推翻清廷、革命。梁启超甚至在给康的信中，也大讲推翻清王朝的主张。康有为绝不能容忍弟子们的反叛行为，他先是给学生们写信，开导他们中国只可立宪，不可革命。见说服不了这些学生，他便摆出家长姿态，进行严厉训斥，并以脱离关系相威胁。在他的威逼劝诱下，弟子们诚惶诚恐，表示悔过，从此再不敢谈反清王朝的革命，又跟着教师弹起了保皇立宪的老调。
康有为自己绝不会想到，此时，他的思想与行为已成了阻挡时代前进的绊脚石。革命党人迫切感觉到，批驳以康有为为代表的保皇观点，廓清其思想迷雾已成为动员民众，共同革命的紧要任务。著名学者章太炎先后发表《正仇满论》和《驳康有为论革命书》两篇重要文章。驳斥保皇立宪主张和革命会造成分裂亡国的论调，论证只有推翻反动的清政府统治，中国才能走向富强。章太炎的文章产生了巨大影响，使许多人看清了革命的前途，走向革命营垒。此后，康有为在中国政坛渐渐失去昔日的光辉，他的号召力与政治影响也越来越小了。
这时，康有为除忠君救国的谋划外，进行了一系列思想启蒙活动。他领导保皇会在世界各地创办了大量报刊，开启民智，进行启蒙思想的宣传，对国人及华侨的思想觉醒，起了很大促进作用。他大力向华侨们宣传教育的重要，鼓励人们创办学校，发展教育。在他的倡导下，海外华侨兴起了发展教育风气，推动了华侨人才的培养。为使国家富强起来，他还大力提倡兴办实业。1903年，他发起成立中国商务公司，计划兴办五金、矿产、轮船、铁路、银行等。这个商务公司先后在国内外办起了十余家企业，后因不善经营、人员复杂等原因，都没有取得很大成功。
1906年9月，清政府迫于国内外的压力，为延续苟延残喘的生命，打起了立宪招牌，上演了一出预备立宪的闹剧。康正在欧洲各地游历考察，听到这个消息，精神为之一振，以为他大展宏图的时机又来到了。回想起多年来他主张的反对女子缠足、废八股取士、兴学校、改革官制等主张都已实现，现在君主立宪制度也即将由朝廷实施，不由十分得意。他以总会长名义宣布保皇会已完成使命，改为国民宪政会（后又改称中华帝国宪政会）。1907年3月，康有为在纽约主持召开中华宪政会第一次代表大会。这个立宪会以尊皇帝、君主立宪、扩大民权为宗旨，以监督政府、讲求宪政为主要任务，开展了一系列活动。他向清政府请愿，提出开国会行立宪、定国名为中华、在江南建新都、加强对地区管理、多开工厂、罢全国各税令为地方自治、让民众举议员等多项改革措施。其实，清廷的立宪只是虚晃一枪，并没有什么诚意。对他的建议，清政府不屑一顾。1908年11月4日，在慈禧太后死去前一天，光绪皇帝突然去世。这一来，康有为靠清政府靠皇帝救国的愿望彻底破灭了。
1911年，革命烈火燃遍全国。对于革命，他十分害怕，总觉得革命像洪水猛兽，会闹得天下大乱。在清廷葬身于火海前夕，他派遣梁启超回京活动，企图以他往日的威望，控制住局面，保住大清江山，由他掌握政权。可是革命形势飞快发展，中华民国很快成立，清皇室宣布退位，历史的进程又一次提醒他已落伍！
民国成立后，他没有再组织或参加什么政党，没有以政治领袖的身分在历史风口浪头上搏风击浪。但他继续做着救国、富国、强国之梦，他仍在为中国的前途命运而操心、奔劳。他倡导尊孔，坚持以孔教为国教，以拯救世道人心；他反对袁世凯当皇帝，恐怕这个野心家把中国引向水深火热；他以为宣统复辟，可以收民众之心，建立起正常的社会秩序，因而感到振奋。……
1927年3月29日，康有为在青岛参加广东同乡为他举行的宴会。席间，觉腹部疼痛难忍，经医生诊断为食物中毒。治疗后，病情有所缓解。31日凌晨5时30分，因毒性紧急发作，他与世长辞。
在70年的人生旅程中，这位巨人背负重任，艰难跋涉，从未停止过探索的脚步。怀着人类大同的崇高理想，带着对中国前途的满腹忧虑，他离开了人间。他不能也不必为中国向何处去而操劳了！可是，此后中国的沧桑巨变，难道没有深深刻着他终身奋斗的印记吗？中华民族的历史丰碑上会永远镌刻三个辉煌的大字——康有为！