中共十三届四中全会以后，中共中央首先聚精会神地抓紧了党的自身建设。
到1989年8月，中国共产党共有党员4800万人，近300万个基层组织。制止1989年政治风波的斗争证明，从总体上看，中国共产党是坚强的，绝大多数党的组织和广大党员是好的，它是任何敌对势力所摧不垮的；同时，这场斗争也集中暴露了党内问题的严重性。一部分党员程度不同地卷人了政治风波，极少数党员甚至成为这一事件的组织者、策划者；一些党的组织软弱涣散，放弃领导责任，个别的甚至支持政治风波。一些党员干部特别是极少数领导干部中存在着的严重的腐败现象，成了政治风波中有那么多人被阴谋分子煽动起来的一个重要原因。所以，邓小平告诫新的中央领导集体：“这个党该抓了，不抓不行了。”
中共中央采取了一系列措施，切实加强党的自身建设，1989年8月18日至22日，中共中央组织部在北京召开了全国省、自治区、直辖市党委组织部长会议。会议要求各级党委要根据党的十三届四中全会精神，围绕一个中心两个基本点的基本路线，从思想上、组织上、作风上大力抓好党的建设。要教育每个党员，不论在何时何地，都要坚持四项基本原则，坚持改革开放，为建设有中国特色的社会主义做出自己的贡献。为了提醒全党认清加强党的建设的重要性和紧迫性，江泽民在会上强调指出，分析党内状况时，不可低估国际敌对势力企图使社会主义国家和平演变对我们党造成的影响，不可低估资产阶级自由化思潮泛滥对党的建设的破坏。
8月28日，中共中央政治局在北京举行全体会议。会议根据党的十三届四中全会的精神，就当前加强党的建设的几个重要问题进行了讨论，通过了《中共中央关于加强党的建设的通知》。12月29日，江泽民在中共中央宣传部、中共中央政策研究室、中共中央组织部、中共中央党校举办的党建理论研究班上作了题为《为把党建设成更加坚强的工人阶级先锋队而斗争》的重要讲话，再次系统地阐述了加强党的建设的一系列重大问题。
加强党的建设，首先是加强党的思想建设，尤其是加强党的理论建设。加强党的思想建设的一个直接而现实的目的，就是要解决相当一部分共产党员思想人党问题。许多同志组织上人了党，思想上并没有真正入党或没有完全入党。对于老党员来说，随着形势、任务的变化，也有一个需要不断提高的问题。前几年，我们强调建立健全党内规章制度，以规范党内同志的行为，是完全必要的、正确的，今后还应继续这样做。但是，制度建设必须同思想建设结合起来。只有提高大家的思想觉悟，加强党性修养，好的制度才能得到贯彻执行。中央提出，为了帮助县（处）级以上的党政干部在复杂的环境中明辨是非，把握正确的方向，要着重对他们进行马列主义、毛泽东思想基本理论的教育，并使之经常化、制度化。今后，凡进入领导班子的成员，都要经过相应的党校学习，其他领导成员也要定期到党校接受轮训。要在全党系统地深入地进行马列主义、毛泽东思想基本理论的教育，特别是马克思主义哲学教育，党的基本路线教育，党的基本知识教育。进行这“三个基本”教育，一定要贯彻党性教育，突出用马克思主义的世界观、方法论武装广大党员。中国共产党所以坚强有力，重要原因之一，就是坚持以马克思主义的理论体系作为自己的世界观和行动指南。没有先进理论武装的党，不可能是先进的党；没有先进理论武装的共产党员，不可能发挥先进战士的作用；拒绝用先进理论武装头脑的人，就不会有真正的党性，就没有资格存身于工人阶级先锋队的行列。
针对一部分党组织严重不纯的状况。1989年秋、冬和1990年，在中央的领导下，党组织对政治风波中的重点人和重点事认真地进行了一次清查、清理。在清查、清理工作基本结束后，又按照从严治党的方针，在全党进行了一次做合格共产党员的教育，并在部分单位进行了党员的重新登记。开展这项工作，主要是为了解决政治风波中暴露出来的党内问题，同时也是为了解决党内日常生活中存在的一些突出问题。清查、清理工作是同干部考察工作结合进行的。主要是考察县（处）级以上党员干部在这场政治斗争中的思想认识和实际表现是否同中央保持一致，是否坚持四项基本原则、坚持改革开放、反对资产阶级自由化，是否廉洁奉公、勇于同腐败现象作斗争。根据考察的结果，对一些组织和部门的领导班子进行了必要的调整。目的是为了保证党的各级领导权牢牢地掌握在坚持四项基本原则、坚持改革开放的马克思主义者手中，把各级领导班子建设成为贯彻党的路线、方针、政策的坚强核心。考虑到社会主义在中国的前景很大程度上取决于青年一代的状况，中央要求全党，必须努力培养和造就千百万社会主义事业的接班人。
发扬党的优良传统，密切党和群众的联系，开展廉政建设，坚决同腐败现象、腐败分子进行斗争，是加强党的建设的一个重要方面。1989年7月，中共中央、国务院决定，近期在惩治腐败和带头廉洁奉公、艰苦奋斗方面先做七件事。这项工作受到了人民群众的欢迎。1990年3月召开的中共十三届六中全会通过了《关于加强党同人民群众联系的决定》。全会指出，党群关系、干群关系总的说是好的，但是这些年来在一些党组织和党员干部中滋长了官僚主义、主观主义、形式主义和消极腐败等严重脱离群众的现象。对此，全党同志必须保持高度警觉，并坚持不懈地同这些现象进行斗争，尽一切努力恢复和发扬我党密切联系群众的优良传统和作风。全会提出，今后应从七个方面坚持不懈地努力加强党同人民群众的联系。全会以后，中央政治局常委带头，深人基层，深人群众，开展调查研究工作。各级党政机关也制定了相应的措施，并贯彻落实。这都对加强党风建设起了积极的作用。同年11月，中共中央批转中央纪律检查委员会提出的《关于加强党风和廉政建设的意见》，要求各级党组织严肃执行党的纪律，认真查处违纪案件，并进一步提出坚决纠正行业不正之风和认真清理党政干部违纪违法建私房和用公款超标准装修住房两个问题。中央强调，加强党风和廉政建设，必须从领导机关和领导干部抓起，必须贯彻“一要坚决，二要持久”的方针。
在抓紧党的建设同时，思想战线的工作，对人民群众尤其是对青年学生的思想政治工作，也加强了。经过一个时期的努力，“一手硬、一手软”的状况得到明显扭转。党的自身建设的抓紧，思想政治工作的加强，不仅对我国的政治稳定和社会稳定起了积极的促进作用，而且为改革开放和现代化建设创造了重要的政治、思想条件。