巴比伦要塞之战是阿拉伯军队与拜占廷帝国在埃及最重要的一次战役，其结果是，埃及以25000人的军队败给了只有10000人的阿拉伯军队，大大地挫败了拜占廷帝国的锐气，使它在后来的对抗中首先心怀恐惧，并最终失败。
罗马帝国分裂为东西两个部分后，埃及归东罗马帝国即拜占廷帝国管辖。6世纪末期，拜占廷在埃及的统治已经走上了穷途末路，内忧外患使它无力支撑那么大的版图。拜占廷帝国的反动统治激起埃及人民不断起义，使统治者焦头烂额。
在埃及政局混乱的时候，一股力量悄然崛起。七世纪初期，穆罕默德创立了伊斯兰教，后来建立另外一个政教合一的阿拉伯帝国。阿拉伯帝国在控制了巴勒斯坦地区之后，将进军的目标指向了拜占廷帝国统治下的埃及。
进军埃及
45岁的阿慕尔是进军埃及的急先锋和主帅，他精明强悍，足智多谋，有“伊斯兰教时代阿拉伯四位天才政治家之一”的称号。阿慕尔年轻时曾经到埃及经商，了解埃及的环境。他认为埃及土地肥沃，物产丰富，地处海陆要冲，一旦取得埃及，将在经济、政治和军事上取得极大的优势。当时许多人认为阿拉伯没有海军，无法抵挡拜占廷帝国的海上攻势。经过反复申述，阿慕尔的要求获准。
640年，阿慕尔带领4000人的军队由巴勒斯坦南下，横跨西奈半岛向埃及挺进。他所走的道路正是当年冈比西斯、亚历山大进军埃及时所走的大道。这支远征部队没有遇到强烈抵抗就占领了斐尔马仪（在今塞得港南部）。
埃及亚历山大大主教便雅悯是埃及科普人，平时备受拜占廷驻埃及总督居鲁斯的歧视和压迫。他逃出亚历山大，隐居在沙漠中的一个小教堂里。阿拉伯军队进入埃及后，他号召土著埃及人起来反抗拜占廷人的暴政，投奔阿拉伯人，使埃及免受战争的涂炭。占领斐尔马仪后，当地埃及人纷纷归顺阿拉伯人。后来在其他地方，阿拉伯军队也得到埃及人的帮助。
巴比伦要塞之战阿慕尔的军队继续前进，攻占开罗东北部的比勒贝斯城，其他城市也望风披靡。最后，横跨在尼罗河上的防御坚固的巴比伦要塞挡住了去路。
巴比伦要塞位于古孟斐斯城之南，尼罗河三角洲的顶点，是埃及经济交通的中心，也是整个非洲大陆的北大门。巴比伦要塞北控三角洲肥沃地区，南边可直达苏丹，地势险要，工事坚固。亚历山大总督和主教居鲁斯偕同司令奥古斯塔里斯·西奥多拉斯统率大军，赶赴巴比伦要塞，加强防御力量，增加了攻城的难度。阿慕尔只得住在城外，等待最好时机和援军的到来。援军终于赶来，这时阿拉伯军队已经达到万人，阿慕尔将军队整编为4个分队。虽然守军为25000人，但是士气低落，人心惶惶，战斗力不高。阿慕尔一边围攻巴比伦要塞，一面分兵进攻舍木斯城，埃及军队司令西奥多拉斯逃往亚历山大。
阿拉伯人加紧围攻，由于不懂得工程学，又缺乏工程机械，无法攻破要塞。居鲁斯看到难以持久，就向阿慕尔提出讲和。阿慕尔提出，要讲和可以，但必须接受伊斯兰教，向阿拉伯交纳人丁税。居鲁斯将这些条款告诉拜占廷皇帝，遭到拒绝，并且因涉嫌卖国被发配。于是，战争又起。
拜占廷的军队无法取胜，就闭门拒战。经过7个多月的围困，阿拉伯军队填平了一段壕沟，阿慕尔的部将左拜尔率领部分勇士用梯子爬上城墙，杀退守军，高喊着“安拉至大！安拉至大”，从内部打开了城门。城外的攻城部队听见后，也高呼同样的口号涌进城去。拜占廷军队兵败如山倒，纷纷逃离战场。641年4月9日，阿拉伯军队占领了巴比伦要塞。
古代埃及的终结阿拉伯人不介入埃及人的教派之争，因此，埃及人没有怀着强烈的民族情绪抵抗阿拉伯人，倒是有许多埃及土著主动与阿拉伯人合作。这对于阿拉伯军队的顺利进攻是有好处的。
阿慕尔的军队步步紧逼，来到亚历山大城下，控制城外供应粮食和水源的运河。双方发生了激烈的战斗，拜占廷人溃不成军，退进城内。双方持续了三个月，最后城内弹尽粮绝，援军也没有，人心涣散，被迫与阿拉伯人议和签定了《亚历山大条约》，将埃及交给阿拉伯人。这样，亚历山大乃至整个埃及落入阿拉伯军队之手，罗马、拜占廷在埃及的统治彻底结束。