在铲除鳌拜之后，康熙又面临着一个十分棘手的问题——历法之争。在顺治时期，西方的传教士就进入了中国，汤若望等一批人还受到了特殊的优待。在这一时期，汤若望用西方较为先进的算法推算出了一部天文历法，顺治把他任命为“通玄法师”，并任钦天监监正（国家天文台台长）。这套历法在当时是较为准确的，但有一个叫杨光先的人投靠鳌拜，上书清廷，说汤若望在《时宪历》的封面上印上了“依西洋新法”字样，是要清朝屈服西方，是“阴行邪教”，如果废了黄帝以来的中国天文历法，那就要把尧舜以来的礼仪制度都要废掉。在鳌拜的支持下，杨光先出任钦天监监正，朝廷的许多大臣也都主张废除洋法，用中国的旧历法。礼部、刑部还做出了决定，杀了一批主张用洋历法的大臣。亏了太后的保护，汤若望才免于一死。但从此朝廷形成了两个历法派。
康熙本人对历法了无研究，不能做出决断，但他知道不能用祖宗的规矩来压制西洋的先进的东西。在铲除鳌拜以后，康熙想实事求是地解决这一问题。于是，他一边派传教士南怀仁去推算比较两种历法，一边自己刻苦学习，了解了历法的大概。经过研究和使用，杨光先的历法屡屡出错，因此，康熙废了旧历法，推行新历法，并以实事求是的态度同大臣们讲明道理，较好地解决了新旧历法之争，也显示出了康熙认真求实的态度，为他进一步赢得了威信，群臣都不敢把他当小孩子对待了。
当时最棘手的问题是平定“三藩”，尤其是吴三桂勾结朝臣，收实心腹，对朝廷的钱粮大加挥霍挪用，在云南招兵买马，积极备战，那是早晚必反的。康熙的态度极为明确，那就是坚决削藩，不能姑息养奸。不过，康熙也有自己的打算，他想，叛乱晚发生一天，就对自己有利一分，因为从年龄来讲，自己会一天天地长大，而吴三桂会一天天地老下去，自己会准备得越来越充分，而吴三桂则只会越来越不得人心。
康熙十二年（公元1673年），尚可喜年老多病，把藩事交于其子尚之信代理。尚之信掌权以后，残忍好杀而又多行不义，尚可喜受不了其子的挟持，便上书请求撤藩，要求告老还乡，并让其子袭爵。这一年，康熙十九岁，许多大臣都认为不宜撤藩，但康熙认为这是撤藩的大好时机，当即允许。
当时，吴三桂的儿子吴应熊在北京，听到这一消息后，立即飞马报告了云南的吴三桂，吴三桂又告知了福建的耿精忠，两人均感惊慌，因为他们害怕撤藩，在幕僚的劝说之下，吴三桂与耿精忠均于这年的十月上书请求撤藩，说了一些“仰垦皇仁、撤回安藩”之类的话，其实际用意是在试探朝廷的态度，这一点，清廷大臣们一眼就看出来了。
围绕着是否撤藩这一问题，清廷展开了激烈的争论。绝大多数大臣找出种种理由来推搪，认为不可撤藩，其实只有一个原因，就是害怕吴三桂等人造反。只有兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛等几个大臣主张撤藩。几次讨论，都未取得共识。这时，康熙十分决断地指出：“三藩久握重兵，蓄谋已久，今撤也反，不撤也反，与其晚撤，不如早撤。只是一边撤藩，一边准备应战罢了。”于是，康熙派出使者，催促三藩撤藩。
接到允许撤藩的诏书以后，吴三桂等人知道弄巧成拙，只好佯装恭顺，敷衍清廷使者，暗地里加紧反叛的准备工作。清廷的使者见吴三桂一味迁延时日，不愿离开云南，就要回去报告。吴三桂见已无法可想，就杀掉了使者和云南的行政长官巡抚朱国治，于康熙十二年（公元1673年）十一月悍然举行叛乱。
吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，尚之信、耿精忠也随之造反。叛乱的形势正如康熙当初估计的一样，一开始气势是很凶的，很快就打入了湖南，四川、广西一带的文、武官员也附和响应，半个中国都燃起了叛乱的战火。这吓坏了清廷的一些官员，他们主张向吴三桂等叛军屈服，甚至割长江以南给叛军，还有的人要求杀了当初主张撤藩的人。在这种情况下，康熙果断地做出了决定，下令处死了吴三桂留在北京做人质的儿子吴应熊、孙子吴世霖。这样，朝廷官员知道，朝廷再也没有退路，只有同吴三桂等叛军决一死战，清廷因此统一了思想，坚定了信念。而吴三桂等叛军也知道对清廷的要挟已失去了作用，只能死拼到底。但大部分将领也因此开始离心了。
康熙面对“三藩”之乱并不惊慌，而是首先确定正确策略，认为“三藩”之乱以吴三桂为首，其余多是胁从，若能击败吴三桂，其余叛军不难攻破或是收服。这样，康熙就调兵遣将，重点向吴三桂进攻，对川、陕一带的胁从叛军，反复进行说服争取工作。康熙的这一招十分奏效，在不长的时间里，吴三桂就被分化瓦解，被阻困在了湖南。
康熙十七年（公元1678年），康熙收复了浏阳等湘地的许多城池，吴三桂知形势不好，赶快过一过皇帝瘾，撕下了“复明”的假面目，于三月二十三日在衡山祭天，自称皇帝，改元昭武，改衡州为定天府。同年八月，吴三桂病死。吴三桂死后，其孙吴世璠即位，退据云南，后昆明城破，吴世璠服毒自杀。吴世璠被断头送京，吴三桂被掘坟折骨。耿精忠、尚可信等人也早已被杀，川陕等地也已平定。至康熙二十年（公元1681年），乱了八年之久，折腾了十多个省份的“三藩”之乱终于被彻底平定了。
在平乱之中，康熙的英明睿智表现在三个方面，一是坚决平叛，临乱不惊；二是方针正确，先攻吴三桂，分化收服其余；三是调兵遣将，指挥得当。平叛过后，这位少年天子已经二十八岁了，到这时，他已成为一位较为成熟的政治家。
康熙于六十八岁去世，在他后来的四十年里，更立下了不朽的功勋。在统一中国，使台湾回归方面他做出了杰出的贡献。郑成功从荷兰人的手里夺回了台湾，本想作为抗清的海外基地，但壮志未酬，于三十九岁（康熙元年，公元1662年）去世。其后，郑氏子孙和部将互相争斗，一直未能振作。康熙二十二年（公元1683年），康熙派施琅攻入台湾，并及时制定政策，和平解决台湾问题。在康熙的正确指导下，郑成功的部将投降。康熙在台湾设置一府三县，并让郑成功归葬南京。
对于西北部的准葛尔部的叛乱侵扰，康熙数次亲往征讨。经过艰苦的奋战，终于平定了中国的大西北。
在抗击沙俄侵略的卫国战争中，康熙的决策也很正确，他指挥大军赶走了沙俄侵略军，并订立了《中俄尼布楚条约》。这一条约划清了中俄的国界，为中国争取了大片的领土。
另外，康熙本人在科学方面还有一定的贡献。他少年时期就学习天文历法，后来还倡议学习数学，设立“算学馆”，培养了一批数学人才。在医学方面，他极力推广中国古老的种痘免疫法，收到了良好的效果，并尊重由西方传来的用金鸡纳治疟疾的方法。在地理学上，他还花费心血测绘中国地图。在农学方面，他也能亲自培育出一个新的品种。
康熙大帝不论从哪个方面来看，都是中国历史上十分优秀的皇帝，不仅在成年以后做出了突出的贡献，就是在少年时期所做的除鳌拜，解决新、旧历法之争，平定“三藩”之乱三件事，也足以证明他是一位非凡的人物了。
【评议】
平心而论，除掉近代史上的几十年，清朝在中国历史上并不是一个很坏的朝代，起码要比明朝好得多，清朝的前几位皇帝，的确还都是很有作为的，尤其是康熙大帝，在中国历史上恐怕很难找出几个这样的皇帝来。为什么会出现这种情况呢？别的原因先不说，也许与满清入主中原以后，总是担心自己的统治能力有关。在这种担忧之下，比起以前的朝代来，多少增加了一些兢兢业业的精神。
或许是一个新崛起的民族更有活力？就像康熙因为有自由的童年生活反倒比那些受到严格教育的许多前代皇帝更容易做出成绩一样？这都很难说。
在中国历史上，有两次少数民族入主中原，一是蒙古族建立了元朝，一是满族人建立了清朝，但他们都在某种程度上或浅或深地认同了汉族的文化，他们占领了中原，浸淫了这种文化，却又在这种文化中衰败下去，这又该怎样解释呢？这里好像既有令人无法抗拒的魅力，又像一张令人无法突破的网，我们就一代一代地在这有始无终的圈中循环下去！