当列强还在为争夺侵略权益大声吵嚷，而疲惫的东方巨人含愤沉默之时，迸突的地火已经开始在学界孕育发生。1900年。杭州求是书院外院第1、2班学生组织了励志社。自立军起义的消息传到这里，学生蒋方震作诗悼念汉口死难志士，几乎酿成大狱。次年。夏，教员孙翼中以《罪辫文》命题，学生们借机发挥，被人告密，激成轰动一时的“罪辫文案”。与此同时，南洋公学学生在教习吴稚晖等人的影响下，“思想日以浚，意气日以壮”，认为“学生社会一日不立，则新党一日不能结，中国一日无望”，于1901年。4月发起成立公会。总理张元济闻知，开除首事诸生。“学中有志之士，因是去者十七八人。”爱国青年。：《教育界之风潮》（上海，1903年。）第2章。该会名称，蒋慎吾《兴中会时代上海革命党人的活动》一文记为“卫学会”。吴稚晖《回忆蒋竹庄先生之回忆》则说：是“主张校长教员应与学生同组一会，处理校务”。同年。12月，因反对校方无理开除学生，该校2班又有6人退学东渡日本。湖北自强学堂学生也“叠次滋事”。1901年。8月，又因不满督抚派来的教习，将牌示毁弃，以示抗议。光绪二十七年。七月初九日（1901年。8月23日）《批自强学堂详学生滋事各节》，《张文襄公公牍稿》卷二十六，第20页。
第一次全体学生退学风潮于1902年。春发生在浙江吴兴南浔镇的浔溪公学。该校学生在民主思想的影响下，组织自治团体，设置议长，“凡总理或教习有何命令，彼等皆得集众公议服从或反对之”陶贻勋：《论学生本分》，《万国公报》第168卷。。他们因经常集会演说，遭到总理庞清臣的干涉，十分愤慨，“以致相约解散”。学生们“事前则以火以剑”《南洋公学退学生意见书》，《选报》第35期。表现出反对专制压迫的强烈情绪。此后，杭州、苏州、广州、安庆、梧州、南昌、开封等地，都相继发生了零星的学生退学或哄动事件。广东大学堂学生因总办禁阅《新民丛报》、处分阅报学生并焚毁报纸，纷纷退学，转赴日本、欧美或香港。《广东大学堂纪闻》，《选报》第32期。河南高等学堂和杭州武备学堂学生反对阅读《小学》、《孝经》或他们认为是“不急之务”的性理书，哄堂罢课。《河南高等学堂》，《国民日日报汇编》（三）。杭州中学堂风潮声势较大。1902年。5月3日，该堂全体学生80余人，在汤槱等人的带领下，群起反对校方无理斥退学生，并联名控革监督。浙江巡抚任道榕反诬学生“挟嫌诬捏，结群成党”《委员查察》，《中外日报》1902年。5月17日。。在高压之下，多数学生被迫回堂复学，只有汤槱等6人退学到上海，创办《新世界学报》，鼓吹学潮和民主思想。
浙江嘉兴秀水学堂风潮，除了反对专制、追求民主外，还带有反帝爱国的性质。该堂学生在进步教习宣传自由平等、国民独立的启发下，民主意识与日俱增，曾因同学黄大镃被学校以“昌言”罪名斥退一事酝酿过退学。“卒以一二性质未化之人，暗中掣肘，好事遂虚。”1902年。9月22日，终因外国传教士裴来仪来堂参观时戏击号钟，激起风潮。学生们郑重声明：“号钟是全学堂的主权，以主权把外人做玩弄，就是以学生把外人玩弄。”《秀水县学的腐败》，《童子世界》第13号。“非特坏学堂体统，实坏全国体统也。”《教育界之风潮》第10章。因总理煽诱家长来堂胁迫学生，退学行动又遭破坏。但在复课之后，仍有人挺身而出，与总理辩论，其中“最持公理”的龚宝铨等8人，因此以“聚众魁首”之名被开除或自行告退。这次斗争成为学潮反对帝国主义文化侵略的先声。
这些事件规模较小，孤立分散，基本是自发斗争，往往直接起因于非政治性事件，且随起随散，因此社会舆论反响并不强烈。不过，它们已经表现出了后来学潮的一些重要特征。从规模和形式上看，这些事件虽然只是点点火星，但从一开始就散布于7个省区。学生们以哄堂、罢课和退学作为主要斗争手段。从内容上看，学生的直接目标是反对校方压迫，同时受民主思想的影响，把自己与国家民族相联系，以主人翁的姿态站出来维护国家尊严。他们反抗专制压迫的行动和自治要求，反映出对于民主政治的向往。这些事件交织成学界风潮的序曲。南洋公学退学生曾明确把浔溪公学和杭州中学堂退学风潮称为“我国学生革命之举”《南洋公学退学生意见书》，《选报》第35期。看成自己行动的前驱。《新民丛报》评论道：“两年。以来，若杭州，若广州，若其他诸省，此等小小骚动，既已屡见不一见，虽其间团体不坚，辄被挫折失败，而其机固已大动矣。”《南洋公学学生退学事件》，《新民丛报》第21号。这些斗争表明，国内学生正“骎骎乎挟文明之气而渐种而渐动之”杜士珍：《学生大进步》，《新世界学报》第10期。预示着更大规模的学界风潮即将来临。
1902年。11月16日，南洋公学8个班200余名学生一齐退学，标志着学界风潮的正式爆发。
这次风潮是该校学生民主思想不断膨胀和学校当局专制压迫日益加重的必然结果。早在1901年。初，民主空气就开始在该校滋长起来，学生们竞相传阅《国民报》、《译书汇编》和《新民丛报》，并在蔡元培的引导支持下，于1902年。8月成立了演说会。该会以爱国为宗旨，同时宣称：“惟现在之国不必爱，而未来之国良可爱也；老大帝国奚足爱，新中国则必爱”，明显表现出否定清朝统治的意向。会员很快由10人发展到35人，成为学生的组织核心，被同学视为“向导”和“前旌”，“举一切事物之关于革命者，皆于此会发其端焉”。不久，学生们又组织了书会，以研讨如何“担此代表新中国人物新社会事业之大责任”，并有13位具有革命思想的同学暗中联络，建立秘密团体“任会”，作为演说会的中坚，准备应付各种突然事变。在演说会上，同学们张贴“爱国”和“少年。中国之革命军”的标语口号，“慷慨指陈当世事”，“倡自由革命英风”。在高涨的政治热情的驱使下，他们益发不满于公学的专制束缚。校方禁阅新书新报，诬诋“《国民报》等目无王法，肆口作犬吠”，规定阅者记大过；又严禁结会，声称：“会者，天下之大患也。”以上引文均见《教育界之风潮》第4、5章。学生不止一次因结会或阅读散发进步书报而被开除。管理人视学生如奴仆，动辄记过斥退，学生们为此曾与校方多次发生冲突。
风潮的大爆发起源于一次小小的墨水瓶事件。该校第5班教习郭镇瀛一贯顽固守旧，欺压学生。11月5日，郭上课时发现师座上放有一只墨水瓶，借机施威，要求校方开除学生伍正钧。11月14日，该班学生因反对校方开革令无效，决定全班退学，得到其他各班的响应。次日，全校学生集体抗争不成，决定一齐退学。在冲突过程中，学生两度举行演说会，争相登台，指陈时弊，鼓吹民主自由，相互激励，鼓舞斗志。由于校方态度强硬，而学生立场坚定，双方矛盾越来越尖锐，经蔡元培等教习调解无效，全校学生于11月16日三呼“祖国万岁”，整队离校。
这次风潮立即引起进步舆论的强烈反响和社会人士的普遍关注，《选报》、《苏报》、《政艺通报》、《新民丛报》、《文言报》等纷纷刊登报道评论，欢呼“今日之事，为我学生脱离专制学校之新纪元”《南洋公学学生出学始末记》，《政艺通报》壬寅（1902年。）第20期。“举数十年。陋儒浅士厄言曲说，一举而廓清之，以伸独立之权”《破坏之教育》，《选报》第35期。。强调此“实中国国民前途关系第一重要事件也”《南洋公学学生退学事件》，《新民丛报》第21号。。广东教育会公开致书，赞扬这些青年。“为学生辄能抵抗腐败之总办”，“为国民必能抵抗顽固之政府”，“办外交必能抵抗彼强大之列国”，希望他们“亟图所以自立自强之道”，“速创学堂”《致南洋公学退学诸君书》，《文言报》第15号。。以蔡元培为代表的中国教育会中的激进派，早就有召集宜于作为“爆裂之材料”的激进学生结为学社的主张，计划“延其所心服若吉田松荫、西乡南洲之流而师之，不拘拘于学科之常例，而要以淬厉其志气，增长其识见为主义，则他日必当为我国革新之先导者”。1902年。7月，留日学生因成城学校入学事件与清驻日公使蔡钧大起冲突，“中国教育会拟函劝留学者归国，而于上海设一学校以待之”。《浔溪公学第二次冲突之原因》，《选报》第35期。未能实现，这时便积极支持南洋公学退学生。在该会赞助下，除少数人在各种压力下散归故里或返校外，145名退学生很快组成了爱国学社，“师日本吉田氏松下讲社、西乡氏鹿儿私学之意，重精神教育”。《爱国学社章程》，《政艺通报》第22期。《苏报》对此大唱赞歌，称颂学生们“解脱羁绊，排斥专制，创立共和，五日之间，焕然成一维新学校，虽华盛顿之抗英，维廉之抗法，巴西之争自立，神效捷速，殆为过之”《南洋公学学生一朝而同心退学者二百人》，《选报》第35期。。爱国学社的成立还得到海外华侨和留学生的关注，“仿佛像这个学堂可以造就出来许多拿破仑、华盛顿、加富尔、玛志尼、加里波的、西乡隆盛的一般人才出来”，“敬重得了不得，盼望得了不得”。《教育会会员蒋君性才由日本寄来演说稿》，《苏报》1903年。5月12日。有人赋诗赞道：“青年。爱国怀奇气，义塾巍然瞰大江”，称它为“国民表率”《渡美纪行诗》，《湖北学生界》第4期。祝愿它像倡导日本维新变法的九州学塾和庆应、大江义塾那样，成为中国革新事业的摇篮。
南洋公学风潮使国内学界受到强烈震动，“随其后者不下十处，而散学之风潮且风发泉涌而未有已矣”。《驳百忧生书》，《苏报》1903年。5月18日。最早起来响应的是浔溪公学。该校学生曾首先吹响学潮序曲的号角，重新招入者仍然感受到余波的震荡。他们闻讯后公议刊登告白，“敬贺南洋公学学生脱离专制学校”，遭到总教杜亚泉的干涉，29名学生遂一致退学，并且“相庆相贺，谓自今以后，脱离专制学校，与南洋公学退学生不妨方轨齐驱矣”《教育界之风潮》第10章。。风潮迅速波及江、浙、粤、鄂、闽、直、豫、赣等十余省和北京，出现蓬勃高涨的局面。
这一阶段的学潮有几种类型，一是反对校方压制学生民主追求。北京五城学堂学生在课卷中畅言自由，“语多犯上”，校方批以“迹近叛类，倡同异说”，开除4名学生，并报官“欲将学生正法”。学生群起力争，“方有不准复入之谕”《散学汇闻》，《选报》第50期。。北京、广东、福建、江苏、湖北等地的6所大、中学堂学生因管理人顽固守旧，“《新民丛报》等之新书不许阅，自由民权不许言，新词新理不许见于文字”《记苏州中学堂江邑六生告退事》，《苏报》1903年。4月30日。而且课程陈腐，“言史学则御批通鉴辑览，言时务则泰西新史揽要”，教习“日以国家深仁厚泽为口头禅，以平等自由民权等字眼为眼中钉，要以闭塞学生知识，锢蔽学生聪明为唯一之目的”《福建大学堂腐败之真相》，《国民日日报汇编》（二）。。学生们往往因为阅读报章、讨论时事、切磋新学而受到处罚。他们愤而表示：“我等以阅报而获过，过如日月，何足为羞？”《散学汇闻》，《选报》第50期。“学生为中国未来之主人翁，何辜受此奇辱？”《录湖北来函述桃花岭普通中学校学生散班事》，《苏报》1903年。3月15日。于是毅然罢课退学。江西大学堂学生则“由压力生出种种文明思想”，在进步教习的引导下，“颇知自立”，“皆喜自由平等之说”《江西大学堂之历史》，《国民日日报汇编》（一）。集资购买新书，订阅《新民丛报》等刊物。“总办欲设法阻之，众皆不应。”他们作诗抒怀：“沉沉大陆意如何，眷我黄人感慨多，从此学生争自立，不教烟草蔓铜驼。”《记江西大学堂改良事》，《苏报》1903年。4月4日。决心以自立为救亡先机。
南京陆师学堂风潮在这一类型的学潮中颇具代表性。俞明震任该堂总办时，曾一度改良章程，允许阅读新书报，学生仅购阅《新民丛报》就达百余份之多。因此，“四方有志者，颇多投入陆师”。《江南陆师学堂之霉垢》，《苏报》1903年。4月16日。学生“皆虎虎有生气”公奴：《金陵贩书记》，《中国现代出版史料》甲编（中华书局，1954年。），第393页。。但校方不久即更订章程，将学生权利一律取消，并咒骂新书报“最易坏人心术”，严令“除武备课程不得旁阅一字”《南洋陆师学堂退学生公函照录》，《苏报》1903年。4月11日。派人搜查学生宿舍，欲将书报统统烧毁。学生群情激愤，纷纷要求改良堂规，章士钊则以退学表示抗议。1903年。4月2日，校方借故开除因要求改良堂规与监院有过冲突的学生徐大纯，并令兵丁将其立即驱赶出堂。学生们郁积心中的怒火猛地喷发出来，“阖堂鼓噪”，“有张拳声言打者”。接着又聚会演说，大呼：“吾辈服国民之义务，奔国民之首途，何等关系？而今食蛮寝野，任此辈鱼肉至此，将来恐求一完全之奴隶而不可得。既不自爱，何以爱国？”在与俞明震进行面对面斗争时，学生们“众口一声，声震屋角”。因校方拒绝接受革除监院的要求，31名学生联名告退。
陆师学生大都是当年。3月下旬才入堂，许多人还互不相识，组织上远不如南洋公学稳固，但仍然齐心协力地挫败了校方的种种阴谋。为了破坏退学，俞明震先是宣布开除章士戛、林懿均等4人，企图迫使学生屈服。不料“学生见之，愈为不平，退志益决”。后又变换手法，指使委员、教习分别拉拢，“诳以此时无出，总办必有格外相待之恩”。而退学生“皆掩耳顿足以走，无少动者”。俞乃将其余学生“悉骗入讲堂，请两洋教习守其门，令内外不得出”。然而，这些学生也“皆有去志”，“自谓在堂一日，实惭愧一日也”。《江南陆师学堂散学之原因》，《苏报》1903年。4月10日。学生们退学后，“拟仿南洋公学之例，组织一学校共和办法”。因俞明震指控其主张革命排满，“欲锄其首谋而解遣之”《江南陆师学堂学生退学始末记》，《苏报》1903年。4月24日—5月6日。学生们在南京无法立足，乃与中国教育会筹商，到上海加入爱国学社。
第二种类型是反抗体罚和学校专制制度的束缚压迫。在发生此类学潮的江苏、直隶、广东、福建、陕西、云南、江西等省的14所学堂中，官吏和顽固教习专横跋扈的嚣张气焰遭到严厉打击，使之“自后不敢再专制”。《福州学界之蠹》，《国民日日报》1903年。8月13日。四川算学馆委员在学生斗争声势下狼狈不堪，“托人再三说情，又遍向学生磕头，始得了事”《时事要闻》，《大公报》1903年。2月14日。往日威风扫地殆尽。河南高等学堂学生提出总办须向学生赔礼、撤换收支委员等项复学条件，浙江大学堂学生更进而要求堂中各事及用人须由学生公议施行，决心更新“此种野蛮压制之地”《浙江大学堂学生退学始末记》，《浙江潮》第3期。建立民主自治制度。