1921年9月11日，船到上海，陈独秀回到渔阳里二号，包惠僧住到马霍路马德里三号楼上。不一会，张国焘来了。他遇到丁竹倩（默村），知道陈独秀回来了。
陈独秀到上海不久，李汉俊就去武汉了。张国焘回忆说：
在陈先生到达上海以前约十天光景，李汉俊离沪到武汉教书去了。在大会以后，他觉得被我们冷淡了，似感不快。李达原希望他留在上海担任某项编辑工作，他也未确切应允，我们曾要求他至少等到陈独秀先生抵沪之后大家会了面再走，他没有接纳我们的提议，就悄悄的动身了。这件事引起同志们的猜测，有的认为他过去与陈先生有过意见的不同，因而故意提前走了；有的认为我在大会中曾批评他的意见，会后又遇事不与他商量，因而生气走了。李达虽然批评过李汉俊的主张，但也觉得我对汉俊不够客气。这些事也许使陈先生觉得我不善于团结同志，在短期内就发生了这许多波折。
“在短期内就发生了这许多波折”，还指张国焘提出要给劳动组合书记部十几个人发薪金，和陈独秀闹情绪的事。陈独秀认为，党员应无报酬的为党服务，张国焘是搞“雇佣革命”。陈独秀回来后，李达搬到成都南路辅德里六二五号住。他也不满张国焘，觉得他像个少爷，坐在办公室，一个星期接触不到两三个工人。一个多月来，一个工会也没有成立。但马林替张国焘说话，将工会工作缓慢归咎于青红帮的干扰和共产党组织的非法性。
另一个波折，是陈独秀和马林第一次见面，就闹翻了。年轻的马林摆了资格，叫陈独秀很恼火。刚出席国际三大回来、才二十二三岁的张太雷，劝陈独秀说：全世界的共产主义运动，都是在第三国际领导之下，中国也不能例外。陈独秀听了，发了一顿火。当时包惠僧在场，他回忆说：
有一天我去陈独秀处，正遇见陈独秀与张太雷谈话，张太雷正在以马林的口气说：“全世界的共产主义运动，都是在第三国际领导之下，由发生到发展，由成长到夺取政权，实行无产阶级专政，中国不能例外。”陈独秀把桌子一拍说：“各国革命有各国国情，我们中国是个生产事业落后的国家，我们要保留独立自主的权力，要有独立自主的作法，我们有多大的能力干多大的事，决不能让任何人牵着鼻子走，我可以不干，决不能戴第三国际这顶大帽子。”说完了拿起皮包出门要走，张太雷仍然笑嘻嘻地请他坐下来谈，陈独秀不理，很气愤地走了。
9月25日，陈独秀给鲁迅写信，告知已从广州回到上海，仍住渔阳里二号，希望周氏兄弟来稿。鲁迅收到载有《故乡》的《新青年》九卷一号，想到书坊再买一本，没有买到。他怀疑书坊怕侦探将《新青年》没收了去，不敢将书拿出来。陈独秀在这期“编辑室杂记”上写道：“本社社员某人因患肋膜炎不能执笔，我们希望他早日痊愈，本志次期就能登出他的著作。”“某人”，指在香山碧云寺调养肺病的周作人。上月底，鲁迅收到刘半农从巴黎寄来两篇文章，他抱怨看不到《新青年》，说陈独秀不给他写信。
接到陈独秀信的第二天，鲁迅将二弟、三弟及自己的译稿各一篇寄给了陈独秀。山东人宫竹心月初来信要借《新青年》，鲁迅回信说：“这种杂志大抵看后随手散失，所以无从奉借，很抱歉。”
12月4日起，鲁迅在《晨报》连载《阿Q正传》。他在“序”里，提到《新青年》：“先前，我也曾问过赵太爷的儿子茂才先生，谁料博雅如此公，竟也茫然，但据结论说，是因为陈独秀办了《新青年》提倡洋，所以国粹沦亡，无可查考了。”“茂才”即秀才。