本草纲目序例内容繁杂，我们着重摘编了服药禁忌、饮食相克、妊娠忌食、五味宜忌，如何加工食物，以及用药凡例等。
服药忌食
白术、苍术忌食桃、李及雀肉、菘菜、青鱼。
巴豆忌食芦笋、酱、豆豉、冷水及野猪肉。
黄莲、胡黄连忌食猪肉和冷水。
半夏、菖莆忌食饴糖、羊肉和羊血。
空青、丹砂和轻粉忌食各种血。
天门冬、紫苏、丹砂和龙骨忌食鲤鱼。
土茯苓和威灵仙忌食面汤和茶。
牡丹忌食原荽和蒜。
鳖甲忌食苋菜。
常山忌食生葱和生菜。
商陆忌食狗肉。
藜芦和细辛忌食狸肉和生菜。
地黄和何首乌忌食葱、蒜、萝卜、各种血。
甘草忌食菘菜、猪肉和海菜。
饮食相克
食物相克在古代备受关注，虽然都是食用之物，但是有些也不可混杂，本草纲目中所记载的食物相克，多是我们日常生活中时常所见的，现摘录如下，仅供读者参阅。
猪肉忌生姜、荞麦、葵菜、胡荽、梅籽、炒豆、牛肉、羊肝、龟鳖、鹌鹑等。
猪肝忌腌鱼、鹌鹑、鲤鱼肠籽等。
猪心肺忌饴糖、白花菜、吴茱萸等。
羊肉忌梅籽、小豆、豆酱、养麦、鱼干、猪肉、醋、酪和酸物。
羊心肝忌梅、小豆、生椒、苦笋等。
犬肉忌菱角、蒜、牛肠、鲤鱼、鳝鱼等。
白狗血忌羊、鸡等。
牛肉忌黍米、韭薤、生姜、猪肉、狗肉、栗籽等。
牛肝忌鲇鱼。
牛奶忌生鱼和一切酸物。
兔肉忌生姜、橘皮、芥末、鸡肉、鹿肉、獭肉等。
獐肉忌梅、李、生菜、虾等。
鸡肉忌胡蒜、芥末、生葱、糯米、李籽、鱼汁、狗肉、鲤鱼、兔肉、鳖肉、野鸡等。
鸡蛋忌鸡。
野鸭忌胡桃、木耳。
鸭蛋忌李籽和鳖肉。
雀肉忌李籽、酱和所有动物的肝。
鹌鹑忌菌籽和木耳。
鲤鱼忌猪肝、葵菜、狗肉、鸡肉等。
鲫鱼忌芥菜、蒜、糖、猪肝、鸡和野鸡等。
青鱼忌豆藿。
鱼干忌豆藿、麦酱、蒜、葵和绿豆等。
黄鱼忌荞麦。
鲈鱼忌乳酪。
鲟鱼忌干笋。
鳅、鳝忌狗肉和桑柴火煮。
鳖肉忌苋菜、薄荷、芥菜、桃籽、鸡蛋、鸭肉、猪肉、兔肉等。
螃蟹忌荆芥、柿籽、橘籽、酸枣等。
虾籽忌猪肉、鸡肉。
李籽忌蜜、浆水、鸭、雀肉、鸡、獐等。
枣籽忌葱、鱼。
桃籽忌鳖肉。
橙橘忌槟榔、獭肉。
枇杷忌热面。
杨梅忌生葱。
银杏忌鳗鲡。
各种瓜忌油饼。
沙糖忌鲫鱼、笋、葵菜。
荞麦忌猪肉、羊肉、野鸡肉、黄鱼。
黍米忌葵菜、蜜、牛肉。
绿豆忌榧籽、鲤鱼。
炒豆忌猪肉。
胡荽忌猪肉。
韭薤忌蜜和牛肉。
苋菜忌蕨和鳖。
白花菜忌猪心肺。
胡蒜忌腌鱼、鲫鱼、狗肉、鸡。
梅籽忌猪肉、羊肉、獐肉。
生葱忌蜜、鸡、枣、狗肉、杨梅等。
生姜忌猪肉、牛肉、兔肉、马肉。
芥末忌鲤鱼、兔肉、鸡肉、鳖等。
干笋忌沙糖、鲟鱼、羊心肝。
木耳忌野鸡肉、野鸭、鹌鹑。
核桃忌野鸭、酒、野鸡。
栗籽忌牛肉。
妊娠禁忌
吃姜孩籽宜多指、生眼病。豆酱合藿吃了容易堕胎。
吃桑椹、鸭蛋，孩籽宜倒生，且宜生心寒。
吃山羊肉，孩籽宜多病，肝万万吃不得。
吃鲤鱼脍及鸡蛋孩籽宜成疳、多疮。
吃狗肉，孩籽宜无声。
吃兔肉，孩籽宜缺唇。
吃骡、驴、马肉，宜延月难产。
鸡肉合糯米吃了，孩籽宜长寸白虫。
鸡蛋合干姜吃了，孩籽宜多长疮。
吃雀肉又饮酒，孩籽宜心性淫乱。豆酱合雀肉同吃，孩籽脸上宜生黑斑。
吃了茨菰，胎气宜消。
吃了麋脂及梅李，孩籽宜得青光跟。
鳝同白鸡吃了，孩籽宜喑哑。
吃了鳖，孩籽颈籽宜短，并且宜损胎。
吃了蟹，孩籽宜横生。
吃浆水粥，孩籽宜骨瘦而无法长成人。
五味宜忌
五欲肝欲酸、心欲苦，脾欲甘，肺欲辛，肾欲成，此五味合五脏之气也。
五宜青色宜酸，肝病宜食麻、犬、李、韭。赤色宜苦，心病宜食麦、羊、可、薤。黄色宜甘，脾病宜食粳、牛、枣、葵。白色宜辛，肺病宜食黄黍、鸩、桃、葱。黑色宜咸，肾病宜食大豆、黄豆、猪、栗、藿。
五禁肝病忌辛宜食甘：粳、牛、枣、葵。心病忌咸，宜食酸：麻、犬、李、韭。脾病忌酸，宜食成：大豆、豕、栗、藿。肺病忌苦，宜食苦：麦、羊、杏、薤。肾病忌甘，宜食辛：黄黍、鸡、桃、葱。
五走酸走筋，筋病不可不可多食酸，多食令人癃。酸气涩收，胞因酸而缩卷，故水道不通也。苦走骨，骨病不可多食苦，多食人宜呕。苦人下院，三焦皆闭，故变呕也。甘走肉，肉病不可多食甘，多食人宜免心。甘气柔润，胃柔则缓，缓则虫动，故免心也。辛走气，气病多食辛，多食人宜洞心。辛走上焦，与气俱行，久留心下，故洞心也。咸走血，血病不可多食咸，多食使人渴。血与咸相得则凝，凝则胃汁注之，故咽路焦而舌本干。九针论作成走骨，骨病多食咸。苦走血，血病不可多食苦。
五伤酸伤筋，辛胜酸。苦伤气，咸胜苦。甘伤肉，酸胜甘。辛伤皮毛，苦胜辛。咸伤血，甘胜咸。
五过味过于酸，肝气以津，脾气乃绝，肉胝刍而唇揭。味过于苦，脾气不满，胃气乃厚，皮槁而毛拔。味过于甘，心气喘满，色黑，肾气不平，骨痛而发落。味过于辛，筋脉沮绝，精神乃失，筋急而爪枯。味过于咸，大骨气劳，短肌，心气抑，脉凝涩而变色。
五味偏胜
岐伯日：五味入胃，各归所喜。酸先入肝，苦先入心，甘先入脾，辛先入肺，成先入肾。久而增气，物化之常；气增而久，夭之由也。
相反诸药
甘草反大戟、芫花、甘遂、海藻。
大戟反芫花、海藻。
乌头反贝母、栝楼、半夏、白敛、白及。
藜芦反人参、沙参、丹参、玄参、苦参、细辛、芍药、狸肉。
河豚反煤台、荆芥、防风、菊花、桔梗、甘草、乌头、附籽。
密反生葱。
柿反蟹。
李东垣随证用药凡例
风中六腑手足不遂，先发其表，羌活、防风为君，随证加药。然后行经养血，当归、秦艽、独活之类，随经用之。
胃脘寒痛须加草豆蔻、吴茱萸。
茎中刺痛生甘草梢。
诸咳嗽病五味为君，痰用半夏，喘加阿胶佐之。不拘有热无热，少加黄芩。春加川芎、芍药，夏加栀籽、知母，秋加防风，冬加麻黄、桂枝之类。
虚热有汗须用黄芪、地骨皮、知母。
虚热无汗用牡丹皮、地骨皮。
一切血痛活血补血，当归、阿胶、川芎、甘草。凉血、生地黄。破血，桃仁、红花、苏木、茜根、玄胡索、郁李仁。止血，发灰、棕灰。
下部痔漏苍术、防风为君，甘草、芍药佐之，随证加减。
产后诸病忌柴胡、黄连、芍药。渴去半夏加白茯苓，喘嗽去人参，腹胀加甘草，血痛加当归、桃仁。
心热摇头咬牙额黄，黄连、甘草、导赤散。
肝热目眩，柴胡、防风、甘草、泻青丸。
脾热鼻上红，泻黄散。
肺热右腮红，泻白散。
肾热额上红，知母、黄檗、甘草。
陈藏器诸虚用药凡例
虚而多气兼微咳加五味籽、大母。
肺气不足加天门冬、麦门冬、五味籽。
心气不足加上党参、茯神、菖蒲。
肝气不足加天麻、川芎。
脾气不足加白术、白芍药、益智。
胆气不足加细辛、酸枣仁、地榆。
如何加工食物
用面洗猪肚，用砂糖洗猪脏怪气味就会消除。以薄荷煮笋，并放入少许盐就不会有硬莶。洗鱼滴入一二滴生油就没有涎。煮鱼加木香去腥味。煮鹅加数片樱桃叶容易熟透。陈年腊肉煮到将熟时，将烧红的生炭投入锅中可以去油莶气。煮所有的肉将锅口封住，加入一二粒楮实籽同煮，易烂且香。六、七月的肉，只用醋煮，可保留十天。只要煮肉用桑柴火为最佳，烧肉却不适宜用。酒酸了，用赤小豆一升炒焦，用袋籽盛装好，再放酒坛中，味马上就会变得香美。
各种有毒，食用害人的果
桃有两个核仁的及果中没有长核的都有毒，食用害人。五月吃核未长成的果，人宜发疮疖及寒热。秋冬时节落地的果被恶虫喙蚀的，吃了使人患久漏。
各种有毒，食用害人的鱼
眼睛上长有睫毛的鱼、眼睛可以开合的鱼、脑中连珠的鱼、无腮的鱼、双目不同的鱼、腹下有红字的鱼、双目为白色的鳖、颌下有骨的鳖、煮不弯的虾、长有白须的虾、腹下有毛的蟹、双目相向的蟹。
各种有毒，食用害人的鸟
双目为白色的鸭、爪后面突出像脚趾的部分有四个的鸡、白鸟黑头、黑鸟白头、鸟脚弯曲、腹有八字纹、爪后面突出像脚趾的部分有四个或六个的鸟。
各种有毒，食用害人的兽
尾分叉、鹿长豹的花纹、羊独角及多角、羊心有孔、白羊黑头、黑羊白头、白马黑头、曝晒的肉不干燥、肉不沾土、马蹄夜目、犬悬蹄肉、米瓮中肉、肝有黑色、肉中多有黑星。
孙真人逐月调养事宜
正月，肾气受病，肺气微弱。宜少食咸酸，多食辛辣，助肾补肺，安养胃气。
二月，肾气微弱，肝气旺盛。宜戒酸而多食辛味，以助肾补肝。宜清膈，去痰，出微汗，以散冬季蕴伏之气。
三月，肾气已息，心气渐临，木气正旺。宜少食甘味而多食辛味，补精益气，懒散形骸，意趣安泰，以顺应天时。四月，肝气已病，心火渐壮。宜多食酸味而少食苦味，以补肾助肝，调养胃气。
五月，肝气休，心火旺。宜少食酸味而多食苦味，益肝补肾，以固精气。
六月，肝气微弱而脾气旺盛。宜减少饮食远女色。此时阴气内伏，暑毒外蒸，注意当风食冷，便多有暴泄疾患。须饮食温软，不要太饱，时常饮粟米温汤、豆熟水，最妙。
七月，肝心二脏少气，肺金初旺。宜性情安静，多咸味而少辛味，以助气补筋，养脾胃。
八月，心藏气微，肺金正旺。宜减少苦味食物而增加辛味食物，以助筋补血，养心肝脾胃。不要触犯邪风，便不会有疮疡疫痢。
九月，阳气衰，阴气盛。暴风时起，忌孔隙贼风伤人，不宜恣欲饱醉。宜减食苦物而增加甘物，以补肝益肾，助脾胃，养元气。
十月，心肺气弱，肾气强盛。宜减食辛物而增食苦物，以养肾气，助筋力。
十一月，肾气正旺，心肺衰微。宜增食苦物而杜绝咸物，静养以迎初阳。
十二月，土气旺相，水气不行。宜减少甜食而增加苦食，调理肾脏。