光绪十年（1884年），由于中法战争的爆发，清政府需要添置武器，但迫于财政窘困，朝廷下令王公大臣出资赞助，荣禄随即向朝廷报效了一笔钱，才蒙加恩开复处分。光绪十三年（1887年），荣禄再度被起用，清廷任命他为都统。一年后，充领侍卫内大臣、专操大臣等职务。或许是因慈禧对荣禄仍心怀芥蒂，或许是政敌的裁抑，虽历经数年，荣禄始终没能恢复以前的级别和地位。不仅如此，光绪十七年（1891年），荣禄还被遣离了清廷的权力中心北京，被远远打发到了西安，出任西安将军。任内，他组建了一支由500人组成的来复枪营。荣禄自然不会甘心，他时刻梦想卷土重来。在陕西，荣禄结识了后来的北洋军之一——甘军领导人董福祥，当时董福祥正在甘肃提督任上，他曾跟随左宗棠收复阿古柏侵占的领地，挫败沙俄南下的阴谋，是晚清社会著名的军事将领。两人一见如故，并且结为兄弟。董福祥出身贫寒，为一介武夫，没有读过什么书，一切均唯荣禄马首是瞻。
光绪二十年（1894年），正值慈禧六十大寿，荣禄抓住这千载难逢的时机，带着成箱的财宝，借为慈禧祝寿的机会，再次入京。凭着他与慈禧的“老关系”，再加之他的善于逢迎，他又一次赢得了慈禧的欢心。近20年的官场升沉的经历，磨去了荣禄的锋芒棱角，也使他懂得了一个再浅显不过的道理：在光绪朝，要想保住已得的权位并获得更高的权位，那就必须紧紧地依靠慈禧。为了获得慈禧的眷顾，他在慈禧宠监李莲英跟前花了大量的银子，终于渐渐地改变了慈禧对他的印象，荣禄逐渐成为慈禧的亲信大臣。
从西安将军的任上回到了北京这个权力中心，任步军统领，再次升任兵部尚书职。这里面的权力斗争又给荣禄上了生动的、难忘的一课。
荣禄与翁同龢二人本是拜把子的兄弟。光绪十七年（1891年），沈桂芬乞假归家。沈桂芬当时在朝中颇负盛名，为荣禄所忌。正好山西巡抚出缺，荣禄乘机入见慈禧，力保沈桂芬授山西巡抚，其实是想将其排挤出中枢。命下之时，举朝震惊。当时翁同龢就此事询问荣禄，荣禄在“弟兄”面前也未加提防，说：“吾言诸太后，遂有是命。”翁同龢很不高兴，就去把此事告诉了另一军机大臣李鸿章，李鸿章也十分气愤，二人谋划着报复。说来也巧，数日后，西安将军出缺，李鸿章以眼还眼，“力保荣禄”，就这样荣禄被任命为西安将军。荣禄哑巴吃黄连——有苦说不出，自此对翁同龢怀恨在心。这为后来在戊戌维新的过程中翁同龢被革职埋下了伏笔。
不管怎么说，荣禄是回来了。他这次卷土重来很快就确立了在太后党集团中的核心地位，成为慈禧的左右臂，在其后的甲午中日战争、戊戌维新、庚子事变等历次重大的历史变动中扮演着极其重要的角色。
荣禄回京之时，当时中央由翁同龢因帝师而手握重权。而在地方李鸿章因为创办洋务而权倾朝野，是最大的地方实力派。荣禄新来乍到，还没有实力向他们的权威发起挑战。但他认准了慈禧这棵大树，死心塌地地为其效劳，他在等待着时机，只要时机一到，他就会取而代之。
而甲午中日战争爆发为他提供了这种机遇。当强敌入侵之时，而腐朽透顶的清政府乱成一锅粥，上下人各一心，各打各的算盘。清廷内部很早就有“南北派”之分。南派包括翁同龢、潘祖荫、沈桂芬、王文韶等；北派有李鸿章、文祥、徐桐等。翁同龢、潘祖荫为南派之领袖；李鸿章、徐桐为北派之领袖。“盖太后袒北派，而皇帝袒南派也。当时之人，皆称李党翁党，其后则竟名为后党帝党。”帝党成员骨干是清流派的一些人物，多为词馆清显、台谏要角。他们自视清高，却无权无势，不是后党的对手。后党的成员则大都是京中的王公贵戚文武百官和京外的督抚藩臬，阵营整齐，实力强大。
当时慈禧作为事实上的最高统治者，正忙着准备自己的六十大寿，无暇顾及迫在眉睫的战事。她怕战争影响自己的庆祝活动，因此一味避战求和，致使朝中上下一片求和之声，严重影响了抵抗派的士气。而作为战争实际指挥者的李鸿章知道他苦心经营30年的洋务事业是不值一战的。他把希望寄托在列强的调停上，企图通过英、俄等国的干预而避免战争，因此也一味消极备战。直到开战前夕才如梦方醒，仓促应战，致使处处被动。甲午一战，中国丧师失地，为近代之最伤心之国难痛史。
甲午战争的失败，完全是“人祸”造成的，而慈禧应负主要责任。慈禧为大修楼台殿宇所挪用的海军经费可以再增加两支原来规模的北洋舰队。而当甲午战争的战火已经燃起的时候，慈禧还在大肆铺张，忙着做她的六十大寿，有人上奏要求她寿诞从简，节约宫中的开支补充前线的军费，她竟然恶狠狠地说：“谁要是令我一时不快乐，我就要他一生都不快乐。”她令大小官员都要交纳报效银，已收到报效银120余万两。光绪帝忧心忡忡，在忍无可忍的情况下，他终于第一次对慈禧太后犯颜直谏：“请停颐和园工程以充军费。”于是引起慈禧太后的不满。这样一个腐朽的王朝怎能不亡呢？
甲午战争失败后，李鸿章成了最大的替罪羊，举国皆曰可杀，从此他渐渐淡出了权力的核心层。李鸿章的失势，为荣禄登上权力的巅峰扫清了最大的障碍。而随后翁同龢也渐渐失去了光绪的信任。早在甲午战争之前，掌握国家财政大权的翁同龢为了同李鸿章争权，就在经费的拨付上阻碍了北洋海军的建设，战争期间又大造舆论，使负有战争指挥之责的李鸿章动辄受咎，其后又利用中国的败局无端地指责李鸿章，自己赢得“主战爱国”的美名。他为了一己私名，为了排挤李鸿章，竟视国家大事为儿戏。李鸿章失宠之后，翁同龢一手遮天，达到了他不可告人的目的。翁同龢的虚伪蒙蔽了包括光绪帝在内的许多人。戊戌变法前夕恭亲王奕病重，慈禧太后偕光绪帝前去视疾，光绪皇帝在恭亲王病榻前，询以“朝中人物，谁可大用”。恭亲王说：在此国势维艰的时代，有两个人皇上可以考虑，一个是李鸿章，另一个是张之洞，有此二人，大清的国势，或者可能不至于江河日下。光绪皇帝听了这话，不禁大惊，说：“恭王以为翁同龢如何呢？”恭亲王忽然老泪纵横，勉力撑起老病之身，一字一顿地说：“是所谓聚九州铁不能铸此错者！”他给了翁同龢八个字的评价：“居心叵测，怙势弄权。”恭亲王的抱疾论翁，极大地震撼了光绪皇帝的心，他对翁同龢有了另外一种看法。戊戌维新之时，翁同龢首先被逐，这不仅仅是由于慈禧的逼迫。
翁、李二人的失势，最大受益者是荣禄。李鸿章失势之后，荣禄继任为直隶总督兼北洋大臣，还特别被赋予了统率北洋三军之权。成为清王朝最有实权的大臣。
在甲午战争中，荣禄是积极主张抗战的。当日军在朝鲜摧毁了清军后，兵分两路发起了对中国辽东半岛的进攻。清军军无斗志，一溃千里，辽东重镇相继失陷，情况十分危急。当时慈禧一味避战求和，而荣禄上书极力主张抗战。山海关“内外防军失利，京师震动”，荣禄疏陈“急固根本之策”，他说“驭夷不外和战二策，然必先以守战为本，而后能以和蒇事……用兵不外战守二事，然必先以守为根本，而后能以战施功”，建议“特设巡防局，领以亲王，专决军务，简大臣督理五城团防，以安辇毂；选强将，统重兵驻京畿以备缓急”。他提出的几项措施，被清廷一一付诸实施。荣禄再授京师步军统领，受命拱卫京师。朝廷先是令其会同商办军务，不久又命在总理各国事务大臣上行走。
对于甲午战争的惨败，荣禄也受到了极大的刺激。面对甲午战后中国愈益贫弱、民族危机日益严重的局面，他主张练兵自强、雪耻复仇。由于战争的失败，中国被迫割地赔款，签订了丧权辱国的《马关条约》。中日战争的结局，也给资本主义列强以强烈刺激，列强加快了侵略中国的步伐，战后迅速掀起了瓜分中国的狂潮。中国到了危机存亡的紧急关头，不愿做奴隶的中国人民发出了救亡图存的吼声。而在清统治集团内部，还有那么一些人仍做着“天朝上国”的迷梦，醉生梦死，不思振作。荣禄对于当时中国所面临的险恶局面是有着清醒认识的。他在给清廷的上疏中指出：“国家自从去年败于日本之后，示弱天下，各国都知道我们的实情，不遵守条约，乘机肆意要求，拒之不能，争之不听。”时事艰难，已经到了最严峻的时刻。他极力主张改革图强以御外辱。
诚然，在清朝统治集团中，对当时国家所面临的严重威胁有清醒认识的不乏其人。然而对于如何解决战后危机却有许多不同的争议。像李鸿章这些人主张“结强援，立密约”，还幻想着通过与沙俄结盟来抵制其他列强的侵略。这种意见在朝中很有市场。清政府要亲俄，俄国自是求之不得，大肆扩张其在华势力。甲午战争后，沙俄乘李鸿章赴俄祝贺俄皇加冕典礼之机，同他订立了《中俄密约》。《中俄密约》表面是中俄两国共同针对日本的盟约，实际不过是俄国以此为幌子来实行控制我国东北的阴谋。当李鸿章等人还沉浸在“此约可保中国二十年无事”的梦幻中时，沙俄又把它的军舰开进了旅顺口，接着又逼迫清政府签订条约，以租借的名义强占了旅顺、大连。沙俄的步步进逼，并没有使亲俄派清醒，他们仍然以不断满足沙俄的侵略要求来维持中俄间的所谓同盟关系。荣禄对于亲俄派执意联络俄国的政策十分不满，他上疏指斥沙俄的种种欺骗行径：“曩者，日本议款于辽东九城，要我割让。俄人约德法二国仗义执言，有迫日还辽之举。议者遂谓俄人昵我，多欲引为奥援，国家降心相从，许其筑路于东三省，行船于松花江，报俄者不可谓不厚。原欲假其势力，藉弭各邦之侵侮。乃德事方兴，始称调拨兵船，相助镇摄，继则援助之义，寂然无闻。西报多谓德法二主，今岁咸赴俄都联盟合从以图我。”“九月，彼得堡俄报，亦谓三国当坚持己见，以相索请。未几即有青岛之役，是三国协以谋我之情形已可概见。”荣禄认为，将国家的安危系于中俄同盟，是荒谬而不现实的。他的结论是：“目前之策，莫如求自强，自强之策，莫如多练兵。”“治国之道，惟在兵强，无不可复之仇，无不可雪之耻。”荣禄这种将复仇雪耻的愿望建立在自身自强基点上的主张，无疑是正确的。
荣禄作为晚清重臣，在甲午战争以后主张在保留封建统治的前提下，对传统的制度作一些改革。荣禄对自己在戊戌变法中的政治立场有着很清楚的表述。在慈禧召集一些大臣讨论新法和旧法的利弊时，荣禄曾说：富强之道，不过开矿、通商、练兵、制械，其他大经大法，自有祖宗遗制，岂容轻改？荣禄在与康有为辩论时也声言：“祖宗之法不能变！”荣禄的这一立场，决定了他在帝党和后党的激烈斗争中，必然要坚定不移地站在慈禧一边，抛弃前嫌，与顽固派携手合作，共同反对康梁和帝党推行的维新改革，维护已经病入膏肓的封建专制制度。即便如此，荣禄在戊戌变法期间所言所行，与顽固派还是有区别的。多年来我们对荣禄绞杀新政的事实耳熟能详，而对于他主张改革的一面所知不多，这不利于我们全面地认识荣禄其人。
光绪二十一年（1895年），荣禄获迁兵部尚书。战后，他曾疏荐袁世凯用西法练习新军，即“新建陆军”。担任兵部尚书、协办大学士后，又疏请设增练新兵，调甘肃提督董福祥入卫京师。至此，荣禄总算如愿以偿，既恢复了原来的地位，又回到了清廷权力中心，也回到了慈禧的身边。