1931年冬，梅贻琦42岁被任命为清华大学校长，自此连任清华大学校长达17年之久，其中包括在西南联合大学的8年。他上任后住在当时的法定校住宅，按旧例，连卫生纸都是公家供给，有公务人员按时送到。他却主动放弃可以享受的一些“特权”，自己付家里工人的工资，自己付电话费，不要学校每月免费供应的两吨煤，从不让他的家人乘坐小轿车用来办私事，他的夫人也只是在和他一起进城时才可以顺便搭他的小轿车。
他在生活上的要求很简单，从不讲究穿衣吃饭，处处精打细算。梅贻琦经常用废纸头起草的一些报告提纲、公函等，现在仍保存在清华大学的档案馆里，见证着他的廉洁、持身以俭的工作作风。在那个民族灾难深重的年代，国统区的经济日益凋敝，民众生活极其贫困，作为公教阶层的教授的生活更是困苦不堪。他们中的许多人放弃了出国生活的舒适而甘于清贫，从教不辍。梅贻琦和西南联合大学的许许多多教师一样，也抱定了“科教救国”的信念。他的弟弟梅贻宝后来回忆说：“抗日战争期间，身为大学校长和国民党中央执行委员的梅贻琦，经常吃白饭拌辣椒，有时吃上一顿菠菜豆腐汤，全家人就很满意了。”
在西南联合大学还流传着一段梅夫人自制米糕的佳话。西南联大教授们的月薪在1938至1939年间还能维持一家人三个星期的生活，后来物价飙升就不能撑到下半个月了。于是，教授夫人们就八仙过海——各显神通：有的绣围巾，有的做帽子，也有的做食品。梅夫人视力不好，就与他人合作，以七成大米、三成糯米，加上白糖做成米糕，取名为“定胜糕”，隐含“一定胜利”之意。梅夫人每天挎着篮子步行45分钟到“冠生园”寄卖，碍于梅贻琦校长的面子，卖糕时梅夫人遮遮掩掩，但还是被人知道了。于是，梅夫人挎篮卖“定胜糕”的事流传得很远。1948年12月，北京解放之前，梅贻琦由南京国民政府派来的“教授专机”辗转“抢救”到了香港，继而在纽约中华文化基金会服务，继续保管清华基金。他在海外生活的清苦困顿自不必说，远离故土的凄凉与寂寞更是难以言表。1951年春，梅贻琦组织了清华大学在美文化事业委员会，开始用清华基金的利息资助在美学者从事研究工作，他秉承着“不限清华门户，一视同仁”的原则处理每一件申请，凡是课题确有研究价值，且境遇窘迫的中国学者，都能从他那里得到真诚的帮助。但他自己却处处撙节，丝毫不摆架子，耍威风。他给自己规定了最低限度的生活费，除去一间住房及办公必不可少的开销之外，已所剩无几。他凡事都是自己亲自动手，有时连最低的生活水平也不能维持，在最困难时，甚至还要靠女儿打字挣来的微薄薪金贴补家用。
1954年，梅贻琦参加完国民大会后把全部津贴都为清华驻美办事处购买了图书，赵庚扬说他“是俭，不是吝，为公家办事是要钱花的经济、有效、持久，不是舍不得花。因此，是积极的俭”。他一生两袖清风没有积蓄，病后住院费和死后殡葬费都是校友们捐助的。据韩咏华回忆：在病桌旁边有一只他从不离身的手提包，他去世后众人打开一看，竟是清华基金的历年账目，一笔一笔清清楚楚，在场人无不为之动容。梅贻琦在祖国大陆和台湾各界都享有极高的声誉，受到普遍的敬重，能够不因其自身的政治信仰和政治观点而赢得人们的普遍尊重和较高的历史评价，实属不易，这应该归功于其廉洁奉公、宁静谦逊的品格为社会所认可吧。
他虽几次出任当时教育部高层领导职务，又长期独司数十万美元的清华基金，却能一生谨守原则，出淤泥而不染，逝世后没有留下任何遗产。正像林公侠所说：“他在母校十几年，虽然清华基金雄厚，竟不苟取分文，在贪污成风的社会竟能高洁、清廉到这样的地步，真是圣人的行为。只这一点，已是可以为万世师表。”