捧真身菩萨造像及其内涵的研究，马世长最早提出菩萨与像座构成一个完整的曼荼罗，后来李克域在《法门寺与曼荼罗——略论地宫真身菩萨和单檐精舍》一文中作了具体论证，认定捧真身菩萨造像为大吉祥天女或大供养天女，莲座上的八个梵文字母为八大菩萨名号，V忿怒造像为菩萨的化身八大明王，上部造像为八大菩萨和伎乐八音。并认为“法门寺捧真身菩萨曼荼罗是两种曼荼罗的结合体，上部为胎藏界，通过中部束腰之四天王，与下部的金刚界相接”。同时认为捧真身菩萨是以吉祥天女为主尊的曼荼罗，又可称为“九会曼荼罗”和“理趣曼荼罗”。其后，梁贵林发表《捧真身菩萨曼荼罗考释》，在李克域文观点的基础上作了进一步论证，进认为捧真身菩萨为金刚界五方佛种子曼荼罗与胎藏界中台八叶种子和胎藏界八大明王，并认为此造像为佛眼曼荼罗。后来吴立民、韩金科在其《法门寺地宫唐密曼荼罗之研究》一书中对此又作了论证，其中主要观点及其论据也同样没有标明出处，显然来自于李克域论文以及梁贵林论文等，其所发挥之处则仍套用日本真言宗后期的不二论。
捧真身菩萨造像的莲座上多处錾刻悉罢梵字和诸多图像，内容丰富，其内涵也值得探讨，但首先要正确辨识其梵字和图像，才有基础来谈论其宗教内涵。就目前的研究来说，捧真身菩萨莲座上的梵字和造像的辨识仍存疑问，如莲座覆钵顶面五个梵字，一般认定为金刚界五佛种子字，但也与大曰与四波罗蜜菩萨种子字一致。又如覆钵上部的八个梵字，或认为八大菩萨名号，或认为胎藏界中台八叶种子曼荼罗，但其梵字与现有文献所载种子字并不能完全吻合。再如莲座顶面的三品悉地真言，或称三身真言、大日三身真言，吴立民、韩金科书中完全混淆。还如莲座上部腹壁上錾刻的十六尊造像，或认为八菩萨与伎乐天八音，或认为金刚界曼荼罗中十六大菩萨，并认为有尊像者为定门十六尊曼荼罗，无尊像者为慧门十六尊。吴立民、韩金科论着中，此诸本无造像而偏以为有像，八个梵字非得说成九个，捧真身菩萨冠上化佛非得说成大日如来，其解释之随意，真可谓“无中生有”。又捧真身菩萨，其铭文明确称为“捧真身菩萨”，非强加他名作“吉祥天女”，全不顾尊像本来就有的名称和菩萨与天女两种不同神只的区别！种种疑点，尚需严肃对待，认真研究。
捧真身菩萨像座的内涵，从提出莲座为曼荼罗到莲座为金胎合体，再到佛眼曼荼罗，最后敷衍至于一个莲座竟为金刚界五佛种子曼荼罗、大日如来三身陀罗尼曼荼罗、定门十六尊曼荼罗、慧门十六尊曼荼罗、胎藏界中台八叶种子曼荼罗、八大明王曼荼罗等多重曼荼罗，及至捧真身菩萨也为金胎合曼之造像。吴立民、韩金科《法门寺地宫唐密曼荼罗之研究》诠释其内涵说：“捧真身菩萨，则是金胎合曼之合体，为中国唐密所特有的金胎合曼的造像”。“捧真身菩萨的莲台座为一金胎两部融入的大曼荼罗，莲座呈钵形，钵乃本师释迦牟尼佛之三昧耶形。密教两部大法曼荼罗融合于显教本师之佛三昧耶钵形之内，不但具有金胎不二之密义，而且显示显密圆融之深旨”。由此还衍生出金善互授、两部一具或两部不二、金胎合曼的唐密曼荼罗三个发展阶段的密宗教法史。什么是金胎合曼？说：“所谓二而不二，不二而二，即是金胎合曼，即将金胎两曼合二为一曼，一曼而具备两部大法。其最生动的体现，则表现在法门寺地宫捧真身菩萨之造像上”。可见对捧真身菩萨像座乃至捧真身菩萨造像内涵的探讨，也基于日本真言宗12世纪及其以后发展的不二论，但即便如此，日本真言宗也仅止于金胎不二、两部不二之论，尚无金胎合曼之说，历史上也从来没有出现过胎藏与金刚界两种不同结构的曼荼罗合成一个曼荼罗的例证！
对唐代密宗的教法之所以出现这种后冠前戴的错误观点，主要是对密宗教法在中日两国的特点及其发生演变的历史存在模糊认识。事实上密宗教法在中日两国流传的内容、规模及其性质有所差别，各有其特点，而其发展、演变的程度、状态也有所不同。从性质上说，中国的唐代密宗基本上是个传译的密教，翻译、解释并传持修证是其基本特征。而新罗和日本的密教是再传的密教，也就是说不是从佛教的发源地印度直接传过去的，而是经过中国辗转相传的，它实际上是中国密教的续传。日本密宗是接着唐代密宗发展的，在惠果之后，几乎与唐代密宗同时发展起来的。但两地发展的结果却不一样，就历史影响来讲，日本密教的发展远远超出唐代密宗。就唐代密宗存在的这段时间来说，唐代密宗在仪轨行持方面很发达，日本密教则在教义理论方面得到发展。用密教自身的说法，事相的发展在中土，教相的发展在日本。日本密宗的发展超出唐代密宗的地方，主要表现在教相方面。中国密教是传译的密教，因而注重师传，遵守师传，忠实于原典和传承，这是中国密宗的特点。尽管一行时代的密宗向理论化方向发展，但至不空时代，大量翻译瑜伽密教的经轨，行持金刚界密法风盛，改变了一行时代的学风，偏向事相修持的方向发展。不空翻译密典，传付密法，多所创设，但行事持法很严格，一印一明的行持都很规范。不空的弟子们继承了这个教风，严格遵守师传，以行持严格闻名。如史称惠果“坛仪印契，汉梵无差”。到了密宗晚期，密宗徒众既多，派系繁衍，流布亦广，教风传持不免粗滥，加之新译新传教法的影响，以及持明、陀罗尼诸法的行持俱时兴起，虽呈繁盛，却已非不空、惠果时代之纯粹、严谨了，日本密教就受了这种风气的影响。
日本密宗一开始便呈现繁盛势头，这是接着唐朝密宗发展的，但其发展方向与同时发展的中晚唐密宗又有所不同。日本密宗在密教的理论建设方面显得很突出，这是日本国内的佛教形势和那时的历史背景所决定的。尽管密教传入日本的时间早在空海、最澄之前，但没有发生什么影响，所以，空海、最澄传入密教这一最新的佛教思潮，并要建宗立派，首先遇到的问题是如何取得社会的承认，如何立足于诸宗诸派中。解决这个问题，最关键是要有一套本宗的理论体系，能够说明本宗的优胜之处，并以之足以抗衡奈良六派，以取得皇室的信仰，进而得到社会和信众的承认。空海和最澄回国后就做了这方面的工作，尤其空海为了建立完全的密宗派别，首先着述立说，创立了一套真言宗的学说和理论体系。他立即身成佛之说，以显示密教之优胜；立十住心之说，判释显密诸宗；更立六大、四曼、三密之说，从本体论到世界观，再到方法论，全面创立密宗的理论体系。空海正是建立这样一套密宗的理论体系，才达到了立宗立教的目的。空海的学说，作为一个理论体系，是唐朝密宗所没有的。其中的本体论思想六大体性说、判释教相理论十住心判教论，也是唐朝密宗所没有的。空海的学说有很强的针对性，密教优胜论是其明显的特点。最澄、圆仁、圆珍创立天台宗的密教学说，与真言宗有着同样的历史背景和思想彳顷向，加之其显教的理论基础，更加重视理论建设，其理论也以判释教相为核心。但天台宗的密教学说又与真言宗有很大的不同，他们重视《大日经》，尤以一行《疏》为据，对唐密的理论有很强的继承性。除表现在判教论上之外，也突出表现在其本体论上，立阿字本不生之说，与东密形成鲜明的对照。中晚唐以后，唐密不复存在，日本密教的理论则继续发展，义学迭兴，名匠辈出，讨论范围也越来越广。
那么中日两国密教在金、胎两部密法间发生了什么样的关系呢？其演变的真实情况又如何呢？胎、金两界分别是真言密教和瑜伽密教的主要密法，真言密教和瑜伽密教是印度密教发展到中期产生的两个派别，两派的密法都是从持明密教的密法演变而来，胎藏密法主要在中北印流行的晚期持明密法的基础上形成，金刚界密法在南印度流行的晚期持明密法的基础上形成。但两者密法间也发生过一定关系，如两派都尊奉大日如来为最高的佛和教主，都以三密为修持的基本方法，不过这种影响只限于一种时代背景和同一思潮，由此很难说有什么具体而直接的相承关系。至于不二论所说的两者有理智、因果、色心的关系，只是当时日本真言宗的一种理论思考而巳，并非历史事实。否则，除非有一人以之整齐划一地统一设计才行。那么，两者一经形成各自的密法体系之后是否发生了具体的关系呢？从善无畏、金刚智和不空的传译来看，是否定的。有关不空的传记中虽有不空自普贤阿阇梨并受大悲胎藏法的说法，但在其传译的教法中得不到证实，说明这是中土以两部兼传为尚的时代背景下产生的说法。胎金两部传入中国后是否发生了关系呢两派密教传人中国后，确也发生了关系，但这里所发生的关系主要是两派的传付合为一宗，也就是两派教法并行于一宗。善无畏兼传真言、持明两派密法，得其传者两部同受，如是三部密法并行于一宗。
两部或三部并行于一宗，“金善互授”说者即从唐密的第一代算起。金善互授说，最早出自海云的《两部大法相承师资付法记》，但海云的这个说法大有问题，在有关善无畏、金刚智的传记资料中得不到证实。善无畏与金刚智如确曾互授教法，亦属教法大事，密宗佳话，一人、二人之载不提可说是遗漏，而三人、四人之载不提就说不过去了。日本学者为了证实金善互授之说，举出金刚智因撰有《大日经念诵法》的事例。但所谓《大日经念诵法》，即《大毘卢遮那佛说要略念诵经》，乃中晚唐时菩提仙所译，非金刚智撰就。海云又说：“三藏金刚智复将大毘卢遮那大教王付大兴善寺三藏不空智阿阇梨。”但同样在不空的传记及其传持的教法中得不到证实，这都说明海云的说法不可靠。海云与善无畏、金刚智所处时代相去一个世纪，他将金刚智说的话记得那么具体生动，反倒说明它的不真实。如果确像他所说，善无畏、金刚智的弟子都应有金胎两部法的传授，何必到惠果的时候才有两部同传一人！
海云的密教传记中为何出现这种矛盾的说法呢？大概海云时代已经有了法系之争，海云说善金互授、不空得两部传授，其用意可能就是想调和两派两系矛盾，意在表明两部并传是本宗向来的传统。实际上，善金两系密法同传并行为一宗，由一人兼受，都是从一行开端的。一行分别禀受善、金密法，助译三派根本经轨，将印度两系三派的密教合于一个宗派，实有开创之功。两系三派密法并行合流，一人兼传，相互发生一定影响，都由一行开始，才形成传统。
善、金两系的密教传至中国后，并行同传于一宗，相互间发生一些影响是必然的事。但究竟发生了什么样的影响？两系密法间的影响程度如何呢近世日本密教学者有金胎合法之说，吴立民等有金胎合曼之说。金胎之合说，其说宽泛，有相互影响的程度问题在其中，尚可讨论。而所谓金胎合曼，中土密宗中不曾见载，日本东、台密教中亦未曾见载，凡诸密教经轨着述均不见其说。
金胎之合法，其合在于“法”，其“法”即择地法、建坛法、结界法、护摩法、供养法等等，指金胎两部印明、行法、尊位乃至曼荼罗合行于一法，或金胎两法进行不同程度的融合。两部合法确见于密宗教史，称合行法，但并非如近世所说那样。大村西崖《密教发达志》多处说金胎合法、金胎合部、金胎两部会融，似乎善无畏、金刚智一开始便有意融会两部。但大村西崖的合法之说基本上建立在伪经的基础上，没有多少可信度。这类伪造经轨之有金胎不分、诸部混杂现象，正是因为伪造者不谙密宗教法，擅自作伪行持之故。密宗传付行法要求严格，强调行法须有尊师指导，不得自依经轨，更不得依据没有钦定入录之文。不同密法各有系统，不得相混相犯，故善无畏、金刚智、不空时代，金胎合法、诸部混用之事不可能发生，尤其两界曼荼罗融会合体之事绝无可能。大村西崖为金胎合法举证的经轨大都为不空以瑜伽法改变的持明、真言经轨和大乘经法，其中杂有少许胎藏、持明诸法（印明），乃是以瑜伽法（金刚顶经法）改变之故，而非有意合法。又金胎及诸部不少密法内容尤其印明等，本来就有相同和通用的情况，在印度时就有同源关系和相互影响，并非善无畏、金刚智、不空诸译家有意所为。护摩诸法，三部密法往往通用，相互补充，此乃诸部并行同传后出现的现象，正是唐密发生演变之处。
从印度密教传入中国后发生演变的实际情况看，善无畏、金刚智、不空传译的密法系统并没有改变，胎藏法依旧是胎藏法，金刚界依旧是金刚界，其主尊、眷属及其位置、印明都没有什么变化，更没有出现两界间混同互置的现象。即使密宗中人撰述的《金刚顶瑜伽略述三十七尊心要》、《金刚顶瑜伽三十七尊出生义》等，也没有出现密法混杂的情况。至于伪造经轨者不明密法，将不同密法系统杂糅在一起，那是另一回事。此所谓没有变化者，就密法系统间的关系而言，孤立地说某一密法系统，则传入中国后其自身有一些变化。如《大日经》及其《疏》所说的胎藏曼荼罗就有些差异，金刚智传译的和不空传译的金刚界曼荼罗也有稍许不同。
善无畏、金刚智法系的密教传人中国后发生变化的，首先是两部或三部密法系统间可以通用的部分，相互间可以起到补充作用的部分。而这个变化是在两系密法的传译及其解释过程中，由一行会通成为惯例的。可以通用和相互补充的部分，主要是建立曼荼罗法、择地法、结界法、护摩法、劝请法、供养法、自身庄严法等。善无畏传持的真言法和成就法之间，此诸法尤为通用。《大日经》、《苏悉地经》同《金刚顶经》之间的密法关系较远，但亦有可通用者。不空编译的经轨中诸部间有一定程度的渗透，亦即在一定范围内相互间参用。不空主要以瑜伽法改编或编译独部法、大乘经法，因之独部法中参用一些该部尊在其他密法系统中的有关印明法等。中晚唐时般若等新译密法，虽仍为瑜伽法，但与金刚智、不空所传的有一些差别。反映在经轨中，如般若译的《摄诸佛境界经》等，就与《摄真实经》的一些印名不同。密宗发展至中晚唐，派系繁衍，门徒众多，因而各传系之间，各人之间所传所持印明、行法等出现一些差异乃至差别，后来日本密宗中引起的不少事相上的争论，都源自入唐八大家所承传系不同、所采经本相差。