第一，高宗朝重修之塔即后世所称的“唐四层木塔”。根据现有各种资料，唐朝至宋金时期的法门寺塔共经历了五次较大规模的重建，第一次发生在前述太宗贞观年间；第二次即高宗显庆年间；第三次在肃宗上元年间；第四次则在懿宗咸通年间；第五次系五代初年秦王李茂贞割据关中时重修。其中，贞观年间第一次以重建宝塔为主；第三次据大历张或撰《大唐圣朝无忧王寺大圣真身宝塔碑铭》，“顷寺之门楼及钟、经等阁及东西行廊，星霜殆改，罔克厥构”，故以维修殿堂为主；第四次以恢复“武宗毁佛”时损毁建筑为主；第五次重修，据《大唐秦王重修法门寺塔庙记》：“天复元年(901)，施相轮、塔心樘柱方一条；天复二十年庚辰（920)至壬午岁修塔上层绿琉璃硝瓦，穷华极丽”。所以，即使在唐高宗朝之后，武则天、中宗、玄宗、肃宗、德宗、宪宗、懿宗、僖宗诸朝基本遵循“三十年一开塔”的传统，屡屡迎奉佛指舍利并充修塔寺，但高宗朝重修之真身宝塔并没有发生实质上的改变。据此，我们可以推定高宗朝重修之法门寺塔当为宋邵博《邵氏闻见后录》、金代法门寺诗刻以及清《扶风县志》所称的“唐四层木塔”。
第二，“二圣亲造九重宝函”与法门寺地宫石室的建设。如前节所述，早在北魏时，中国佛教界已普遍采用石函、盏顶石函和舍利瓶安奉舍利，隋代则开始采用鎏金铜盏宝函、铜质函盒以及精致的石函安奉舍利，并随葬大量供养器物。而金银质地的舍利宝函或棺椁的出现，据上世纪50年代以来中国境内经科学发掘的近四十处舍利塔基考古资料，最早从唐初开始，如1975江苏句容县行香朱隍村唐代东霞寺舍利塔地宫出土铁函、铜椁、银椁、鎏金小铜棺。盛唐时期则出现了颇具皇家尊贵气息的多重舍利宝函棺椁，如1964年甘肃省泾川县发现的唐武后延载元年（694)大云寺舍利塔地宫出土舍利石函、鎏金铜函、银椁、金棺、琉璃瓶；1985年陕西临潼县发现唐开元二十九年（741)庆山寺舍利塔地宫出土石雕舍利宝帐、银椁、金棺、琉璃瓶等。
法门寺佛指舍利的安奉，以其历史背景特殊，直到唐显庆四年十月开塔剖出供奉时，据道宣律师所见，竟极其罕有地安奉“在石臼中”。但当显庆五年（660)春高宗下诏将舍利迎入东都后，“皇后舍所寝衣帐直绢一千匹为舍利造金棺银椁，数有九重，雕镂穷奇”；“二圣亲造九重宝函”。于是，凭借李唐王朝的国家力量，法门寺安奉舍利的方式一举升格为中国佛舍利安奉制度的至尊等级。不仅在“九重”的数量等级上，超越了泾川大云寺和临潼庆山寺的“五重”最高记录，处于至尊等级；而且在时间上也早于泾川大云寺和临潼庆山寺，开创了中国佛教用多重金银宝函棺椁安奉佛舍利的先河。
高宗朝“二圣亲造九重宝函”，同时又催生了法门寺塔地宫石室的修筑。高宗以举国之力开塔供奉舍利，除了“二圣亲造九重宝函”，皇室显贵与朝廷重臣贡献大量物品作为供养更是必不可少。为安置舍利宝函和大量供养物，高宗朝在重建真身宝塔的同时必须新建地宫石室。地宫石室的建成，据道宣律师所记，就在龙朔二年恭送舍利归塔之前。“以龙朔二年送还本塔。至二月十五日奉令僧智琼、弘静京师诸僧与塔寺僧及官人等无数千人共藏舍利子石室掩之”。而且，基于唐王朝对法门寺佛舍利塔“三十年一开”的制度设计，并参照1987法门寺考古发掘所揭示的唐咸通十五年（874)地宫遗址遗物之分布，我们认为，高宗朝兴建的地宫石室，其规模应不亚于现存法门寺考古发掘的唐咸通十五年（874)地宫遗址。
现存于法门寺的唐咸通十五年（874)地宫遗址，是中国目前所见唯一的仿帝王陵寝制度建造的大型舍利塔地宫，也是迄今为止世界上发现的最大的佛塔地宫。地宫位于唐代塔基的中心部位，总长21.125米，宽2-2.3图四法门寺唐塔地宫结构图米，总面积32.48平方米。地宫平面略呈长“甲”字形，由踏步漫道、平台、隧道、前室、中室、后室和秘龛等七部分组成（图四，法门寺唐塔地宫结构图）。
地宫出土《监送真身使随真身供养道具及恩赐金银衣物账碑》记载：“应从重真寺（法门寺）随真身供养道具及恩赐金银器物宝函等并新恩赐到金银宝器衣物等如后：重真寺将到物七件，武后绣裙一腰……”是为考古发掘获得唐高宗之皇后武则天供养法门寺佛舍利的又一记录。武则天一生两次参与“三十年一开”迎佛骨盛典。一次在高宗朝以皇后身份，曾“舍所寝衣帐直绢一千匹为舍利造金棺银椁，数有九重”，一次在自己做皇帝的长安四年（704)主持盛事，两次开塔供奉都把佛舍利迎入东都洛阳供奉。这件“武后绣裙”应该是武则天两次供养佛舍利时施舍的众多宝器衣物中的一件，可能因为极其珍贵而经过历朝择优选用一直保留在法门寺地宫，懿宗十四年(873)作为“重真寺将到物”伴随佛指舍利一起被迎入长安宫中供养，十五年（874)又作为稀世宝物入账并被送回法门寺地宫供养。
因此，“武后绣裙”可以说是唐高宗朝之后法门寺塔地宫建制沿革的历史见证。
然而，最能印证高宗朝新建地宫规模的则是位于地宫中室安奉第二枚佛指舍利的汉白玉双檐彩绘舍利灵帐。据《法门寺考古发掘报告》（以下简称《发掘报告》或《报告》），汉白玉双檐彩绘舍利灵帐，由盏顶、帐檐、帐身、须弥座、禅床五部分组成。盏顶顶面图五法门寺地宫中室白石灵帐中心有直径10厘米的圆孔，当为安插帐刹之用，因空间高度不足，故帐刹不存。灵帐帐檐内侧刻铭：“大唐景龙二年戊申二月己卯朔十五日沙门法藏等造白石灵帐一铺，以其舍利人塔，故书记之。”“景龙”为唐中宗年号，景龙二年即公元708年。法藏即唐代着名高僧，法相宗的创始人，武则天时代被尊为贤首国师，曾经发起并主持武后长安四年（704)迎佛骨盛典。灵帐通高158.4厘米，宽71.2-120厘米。根据整个地宫的结构，由于灵帐体积最大、最重且不易迁移，只有相对宽阔的地宫中室（高1.62-1.72厘米，宽1.42-1.62厘米）可以勉强容纳，当时放置时，考虑到帐体过高，灵帐底下没有铺设地板石，顶部盏顶取掉帐刹(图五）。于是，我们有理由认定：（1)自唐中宗景龙二年（708)二月至唐懿宗咸通十五年（874)正月，贤首国师法藏等人供养的白石灵帐一直位于地宫中室的位置；（2)唐中宗景龙二年安置白石灵帐时法门寺地宫的规模当不亚于与现存唐咸通十五年地宫遗址的规模。
唐中宗景龙二年（708)较高宗龙朔二年（662)晚46年。46年，完全属于高宗朝重建四层木塔的少壮时期。46年间，法门寺也没有重建塔和地宫的记录。因此，唐中宗景龙二年（708)安置白石灵帐时法门寺地宫的规模、状况可视同为高宗朝新建地宫的规模、状况。
三、武宗“会昌法难”与地宫秘龛的设置
唐武宗会昌四年（844)，距宪宗元和十三年（818)迎佛骨还不到30年，笃信道教的唐武宗皇帝一反“30年一开塔”的传统，明令禁止对法门寺佛指舍利的供养，并派人到法门寺“碎珍”佛指，法门寺塔地宫遭到严重破坏。30年后，咸通十四年(873)，唐懿宗恢复“三十年一开塔”的传统，再度举行供养法门寺真身舍利盛典，恢复重建舍利塔地宫。为确保佛指舍利的安全，懿宗朝重建地宫时新增秘龛。
唐代诸帝对待法门寺佛舍利“三十年一开塔”的传统，武宗可能是唯-的叛逆者。唐武宗会昌四年（844)年，距宪宗元和十三年（818)迎佛骨还不到30年，笃信道教的唐武宗皇帝一反“三十年一开塔”的传统，明令禁止对法门寺佛指舍利的供养，进而把毁佛运动的矛头直接指向法门寺佛指骨。
据日僧圆仁《入唐求法巡礼行记》：“会昌四年岁次甲子，三月，敕不许供佛牙。又敕下云：代州五台山、及泗州普光王寺，终南山五台、凤翔府法门寺，寺中有佛指节也。并不许置供及巡礼等，如有人送一钱者，脊杖二十。如有僧尼等，在前件处受一钱者，脊杖二十。诸道州县应有送供人者，当处投获，脊杖二十。因此，四处灵境，绝人往来，无人送供。”不仅明令禁止供养法门寺佛指节，武宗还派专人到法门寺毁灭佛指，企图永绝法门寺佛舍利的影响。1987年地宫考古发掘出土的《大唐咸通启送岐阳真身志文》载：“洎武皇帝荡灭真教，坑焚贝多，衔天宪者碎殄影骨，上以塞君命，盖君子从权之道也。”所谓“影骨”，即根据佛指骨影射、仿制之佛指骨。由于寺僧制作“影骨”顶替真身，“以塞君命”，法门寺佛指舍利安然度过危机。
从1987年法门寺考古发掘的遗址遗物可以看出，武宗“会昌法难”，针对法门寺佛指舍利所采取的行动，对地宫也造成了相当严重的破坏。
据《发掘报告》，唐代地宫遗址中，地宫前室地板石中使用有前代残碑。如，FD3：石66，是将一刻有缠枝卷叶的碑边用来铺地；FD3：石61，原为半截残碑，碑上刻持剑天王像，碑顶刻铭：“时渐、火口、顺、秘、贝、谦”，左侧残留可识的文字为：“孟儡、魏复、杨”等；FD3：石67，为石榴忍冬纹缠枝蔓草，时代约在唐开元年间；FD3：石62，为造像残碑，仅余夫妇供养像，减地线雕，男戴软脚幞头，着袍衫，系革带，手捧手炉。女高髻，拱手，长衫，执莲，像前有“右弟子张妹一心供养”、“道通一心供养”的字样；FD3：石60，为大德供养造像残碑，减地阴刻，残留大德造像两行共9尊，造像背右上角有竖行结衔题名，残留题名三行共14名，从右上起为：“口……供养、口玄会一心供养、寺静贤师、口……供养、胜光寺僧惠感供养、慈悲寺僧承叶供养、会昌寺智深供养、智寺口观法师、口……僧供养、慈善寺僧智藏供养、僧惠中供养、原州福基寺僧神彦供养、沙州一心供养、口……禅师。”这些残碑应该是会昌法难中被毁，懿宗咸通中恢复重修时被重新利用。
又据《发掘报告》，地宫中室石门二扇门扉风格存在明显差异，东扇门扉FD4：石3为涂黑天王，而西扇门扉FD：4石5则为彩绘天王。周绍良先生注意到清理塔基时曾在地宫周围砌石中发现一块雕有门神（天王）石像的残门扉，认为地宫门扉的差异在于，一扇属于会昌灭佛前尚未完全破坏的门扉，另一扇则由于遭到破坏，无法利用，只好另制一扇拼凑使用，而将遭到破坏的残损门扉当作石料砌入地宫。
另外，武宗毁佛对法门寺地宫的破坏，从景龙二年唐中宗下发入塔盏顶石函的遭遇也可以得到证明。唐中宗下发入塔盏顶石函与地宫中室安放的白石灵帐系同一日制成，同一日安置于法门寺地宫，但唐中宗下发入塔盏顶石函竟遭毁弃，函、盖分离，函体荡然无存，石函盖于1978年在法门寺真身宝塔西南方约8米的地面被发现。石函盖铭：“大唐景龙二年岁次戊申二月乙丑朔十五日己卯，应天神龙皇帝顺天翊圣皇后各下发入塔供养舍利。温王、长宁、安乐二公主，廊国、崇国二夫人各下发供养内寺主妙威、都维那仙嘉、都维那无上”。
武宗毁佛历时约两年，会昌六年（846年三月，武宗因为常年服食道士所奉金丹而身亡。宣宗即位，捕杀道士赵归真、刘玄靖等人，下诏恢复佛教，重建佛寺。
据法门寺地宫考古发掘出土的咸通十五年《大唐咸通启送岐阳真身志文碑》，法门寺的恢复、重建始于懿宗咸通十二年（871年。由于武宗毁佛时重点针对佛指舍利和舍利塔地宫下手，所以找回佛指舍利是恢复重建的关键。《大唐咸通启送岐阳真身志文碑》载：“缘谢而隐，感兆斯来，乃有九陇山禅僧师益贡章闻先朝，乞结坛于塔下，果获金骨，潜符圣心。以咸通十二年八月十九日得舍利于旧隧道之西北角。按旧记云：长一寸二分，上齐下折，高下不等，三面俱平，一面稍高，中有隐迹，色白如玉，少青，细密而泽，髓穴方大，上下俱通，二角有文，文并不彻。征诸古典，验以灵姿，贞规既叶于前闻，妙相克谐于瑞彩。”咸通十二年（871年八月十九日，经九陇山禅僧师益等人设坛求证，终于在旧地宫隧道之西北角重获真身舍利，经过鉴定，其尺寸、质地、妙相均符合有关记载和前人之见闻。
佛指舍利的失而复得，立即引起朝野轰动，直接促成懿宗朝恢复、重建地宫以重新安奉佛指舍利，并进一步催生出懿宗朝重拾“三十年一开塔”的传统，举行唐代第九次迎佛骨盛典。地宫出土的咸通十二年闰八月十曰大阿阇梨智慧轮敬造金函、咸通十二年闰八月十五日大阿阇梨智慧轮敬造银函、咸通十二年十月十六日比丘智英造银金涂盏以及咸通十二年十一月十四日皇帝延庆日造捧真身菩萨等珍贵宝器，清楚地表明当朝高僧大德与皇室主导了此次重建，并不惜重金重新安奉佛指舍利。
咸通十二年闰八月十日大阿阇梨智慧轮敬造金函（图六）：钣金成型。呈长方形，盏顶，素面，司前、铰链齐全，髙13.5厘米，长14.5厘米，宽10.5厘米，图六智慧轮造金函重面克。宝函正面蹇铭：“敬造金函盛佛真身，上资皇帝圣祚无疆，国安人泰，雨顺风调，法界有情，同沾利乐。咸通十二年闰八月十日，传大教三藏僧智慧轮记。”
咸通十二年闰八月十五日大阿阖梨智慧轮敬造银函（图七）：钣金成型。盏顶，略呈正方形，有镂空壸门座前有司前，后有铰链，司前上贯有锁钥，高22厘米，长18.9厘米，宽18.5厘米，重2030.5克。函正面錾铭：“上都大兴善寺传最上乘祖佛大教灌顶阿阇梨三藏宓蒭智慧轮敬造银函壹重伍拾两，献上盛佛真身舍利，永为供养。殊胜功德福资皇帝千秋万岁。咸通拾贰年闰八月拾伍日造。勾当僧教原，匠刘再荣、邓行集。”
咸通十二年十月十六日比丘智英造鎏金四十五尊造像银金涂盏(FD5：044-4)：钣金成型。尽顶，纹饰造像模冲鎏金，函体为正方形，函盖与函体间无铰链连接，无司前锁钥。长、宽、髙均为17厘米，重1612克。函体正面左侧边栏内竖刻铭文：“奉为皇帝敬造释迦牟尼佛真身宝函”，外底錾铭：“大唐咸通十二年十月十六日遗法弟子比丘智英敬造真身舍利宝函永为供养”。
咸通十二年十一月十四日皇帝延庆日造捧真身菩萨（FD4：001)：由菩萨、莲台座两部分组成，通高38.5厘米，重1926克。菩萨双腿左屈右跪于莲台上，高髻、涂深蓝色，头戴花蔓珍珠佛冠，通体装饰珍珠璎珞，上身袒露，斜披帛巾，臂饰锎，双手捧荷叶形鎏金银盘，盘上置一金匾，金匾长方形，长11.2厘米，宽8.4厘米，金匾有边栏，边栏一周贴饰十六朵宝相花，边栏两侧以销钉银丝链系接镂空护板，护板，长方形，长6.6厘米，宽3.5厘米。金匾内錾刻发愿文：“奉为睿文英武明德至仁大圣广孝皇帝敬造捧真身菩萨永为供养，伏愿圣寿万春，圣枝万叶，八荒来服，四海无波。咸通十二年辛卯岁十一月十四日皇帝延庆日记。”