1801年，贝多芬在写给韦格勒的信中告诉他：在音乐体裁中，除了歌剧及宗教音乐之外，自己都得到了成功。他想试作歌剧，在1804年，他终于得到了这样的一次机会。
其实，贝多芬对于歌剧的知识了解的是很少的。他在尚勒利那里学习了声学写作，从恰罗比尼、米罕尔那儿学习了关于舞台方面的知识，他自己在维也纳歌剧院中也学习到不少东西。
当时，歌剧很受欢迎。恰罗比尼在巴黎极受欢迎和尊重，那不勒斯的柏西罗和德累斯顿的比尔等人也如此；在维也纳，尚勒利、伏格勒、西弗拉特等演出了许多歌剧，也获得了极佳的评论。
贝多芬希望自己也能创作受人喜欢的歌剧。维也纳的歌剧班管事记得，贝多芬为芭蕾舞《普罗米修斯》谱曲后演出获得成功，他们认为贝多芬的名气已引起了人们的注意。
自从歌剧成为维也纳仅有的一种音乐剧之后，它可以赚很多的钱。恰罗比尼在维也纳被称为极有才能的歌剧剧作家。到1803年，恰罗比尼已替巴黎和意大利写了二十年歌剧了。葡萄剧院的舒卡尼达和班格剧院的勃朗男爵同时惊奇地发现，有一个非常好的机会就握在自己手中。
舒卡尼达告诉贝多芬，他曾想写一出歌剧，但是可以让他来写。贝多芬十分高兴地就接了下来，并搬到歌剧院里去住；他们给他一间住所供他使用。不久，勃朗男爵将此剧院买了下来，舒卡尼达也被辞退了。但随后，舒卡尼达又被召回来管理这个剧院。贝多芬也重新搬回了他的住所创作这部歌剧。他要运用丰富的思想和乐器上的特性来完成歌剧。他已完成了歌剧草稿，舞台的情况也已熟悉；可是为了歌剧中演唱的成功，只能将他所器重的管弦乐队降到陪奏的地位，并且还要采取18世纪的歌唱方式，并要求有逼真的动作和戏剧化的气氛。这需要知识丰富的人进行创作，至少要像莫扎特一样。贝多芬有时也能创造出奇迹来，但是这种特长却是在音乐上。莫扎特经常去歌剧院，一个小故事到他手上以后，可以很快地就变成一首不朽的音乐。
贝多芬所创作的第一个剧本是很特别的。它以法国革命为背景，讲述了一个反对暴君、争取自由的故事。这类题材很容易使贝多芬将他的感情完全融入进去。故事说的是弗洛斯坦被他的政敌关入牢狱之后，他的妻子丽奥诺拉冒着生命的危险，假扮了一个犯人，去营救她的丈夫出狱。这个题材的图书十分畅销，共有三个版本。比尔用意大利文的剧本在其本国演出，1804年又在德累斯顿上演。贝多芬邀请松立斯纳替自己翻译了此剧本，并将题目更换为《菲岱里奥》（又名《夫妇之爱》），以免与比尔的歌剧相冲突，并为两首不同时期所作的序曲题名为《丽奥诺拉序曲》。
贝多芬所要做的并不是营造原文中的浪漫气氛。他不喜欢那种气氛，而是集中精力表现恶势力对这对忠实夫妇的残酷压迫：可怜的弗洛斯坦在牢狱中虚度了他的岁月，没有一丝曙光，他的面容苍白而疲倦。贝多芬也曾一度有过相似的遭遇，因而对男主角表现出了极度的同情。丽奥诺拉的最可贵之处是诚挚冷静。
贝多芬按着步骤创作着这部歌剧，保持了他自己的思想，将它不断地写下去，许多草稿上都记着只有他才明白的音符。
1805年，贝多芬回到海真道夫去，完成了这部歌剧最后一幕的创作，然后重返维也纳葡萄剧院里的寓所。他将剧本交给了萨伯斯金·米尔。不久以后，公演就开始了。
但是在《菲岱里奥》一剧公演时，却出现了一些小情况。当首次的公演日期宣布之后，却有一个可怕的事件发生了：法国的军队正跨过了莱茵山谷和德国南部，拿破仑将攻击维也纳。乌尔姆在10月20日陷落了，十天以后传来了法军已越过边境的新闻，萨尔斯堡被占领了，法军继续向多瑙河下游推进。
维也纳在一百多年来都没有受到过外来势力的侵入，因此维也纳士兵在入侵者面前很快溃败。贵族们将自己的珍宝装在马车上，慌忙逃难，拥向勃鲁姆或贝莱斯堡。
11月13日，公演前的一个星期，法国军队侵入了维也纳。拿破仑自我介绍说，他的到来，乃奥地利人众望所归，他能保护他们不受俄国野蛮主义的侵害；维也纳人将受到他的礼遇。维也纳人不知道该如何去对待拿破仑。法军进入维也纳的情形可以这样描述：市民们看着他们，法国入侵者也保持着沉默；骑兵们为自己的盔甲而炫耀。但是，他们所骑的马却显得很疲倦；步兵身上一片脏乱，胡须也没有刮去，许多人手上拿着面包，枪刺上挑着一块肉，不顾一切地吃起来。队伍长长的，似乎没有尽头，夜以继日地向匈牙利前进。有的部队在城外驻扎了下来，长官们占领了城中的皇家宫殿。不远处的炮声隆隆作响。据报告，法国军队正在和俄军进行激烈的交战，从奥地利向南去的法军则被意大利人消灭了……但是，这些都没有被证实，因为新闻也受到了严格的审查；所不能遮掩的事实则是法军的伤兵大量地从前线撤了下来，但他们也不能提供准确的消息。村庄被毁坏了，人们住在破房子里，忍饥挨饿……
市民们被要求不管战事如何，都要忘记他们所遇到的困难，像往常一样生活。宫廷剧院被命令重新开演，在占领前的一个晚上还演出了《奥赛罗》，但是没有人观看。
《菲岱里奥》的演出没有获得人们的注意，是不惊奇的。因为贝多芬的朋友几乎都离开了此地，演出的节目是不固定的。战争给维也纳带来了不幸，贝多芬可以从巴斯瓜拉蒂的房屋窗口看到海真道夫和舒伯伦公园。在炎热的夏季里，贝多芬在这里构思了《菲岱里奥》；而现在，舒伯伦是被重兵守卫着，因为拿破仑在那里接见各地的代表。拿破仑不知道这出歌剧的诞生地正是在那皇宫的窗下，那里站着哨兵。他绝对不会知道：一个充满伟大梦想的作曲家曾经在一首交响曲上题有“波拿巴”的字样，并对他充满着希望；而贝多芬此刻却静静地望着惨遭蹂躏的皇宫，深深地思索着。
拿破仑对贝多芬并不感兴趣，在拿破仑的心中，音乐只不过是暂时让人放松的东西，只有恰罗比尼比较合他的口味。他之所以对恰罗比尼产生好感，不仅只是恰罗比尼外表好看些，而且也是因为在他的四周需要一些文化艺术的点缀。
1805年11月20日，《菲岱里奥》首次在法国军官面前演出。这是因为剧院受命重新开演，而此时又没有其他剧目可供演出。但是法国士兵们只想听一些愉快的音乐，而不愿意看到这种情绪低沉的歌剧，使他们心里不舒服。
第二天晚上，从爱丁堡来了一位医生亨利·里弗。他描述了观看《菲岱里奥》时的情形：“贝多芬管理着钢琴。他是一个矮小黝黑的青年，戴了一副眼镜。”在里弗的感觉中，该剧的剧情是沉闷和浪漫的混合物，音乐是值得称赞的。但是许多人都认为贝多芬写了一部十分愚蠢的歌剧，却没看到这部歌剧的伟大之处。
到了年底，勃朗男爵决心让此歌剧重新上演一次，并估计最初花去的费用可能赚回；但他觉得第一幕太松散，需要删去。他在里区诺斯基的家中安排了一个集会，表演完这幕之后，众人就与贝多芬讨论。说来颇有意思，贝多芬从来不允许别人对他的作品发问；对于舞台上的种种问题，他是从来不请教别人的。但是这次，他接受了别人的意见。
剧院里的屈拉斯加和米尔也来到了里区诺斯基的家中，克莱蒙蒂为小提琴的首席，柯里兰奥的作者范·柯林、编剧兰加为文学指导，还有男中音洛格尔——一个只有二十岁的青年人，卡尔·凡·贝多芬和剧院的指挥西法拉特也是贝多芬的朋友，都到场了。
洛格尔记下了当时所见的情形：“米尔替我准备了即将演出的手续，我在第一幕中要出现三次。我到维也纳的时间很短，在这里，我第一次遇到了贝多芬。当全剧演出进行的时候，我们都直接参加了工作。里区诺斯基王子弹着大钢琴，克莱蒙蒂坐在房间的一角，用小提琴伴奏着全剧的主题音乐，偶尔又独自换奏其他的乐器——他的这种特有的才能，其他人都不惊奇，只有我一个人例外。米尔和我担任了演唱，他唱低音，我唱高音，我们尽可能唱得好些。虽然贝多芬的朋友尽力为他做着演出的准备工作，但他们从没听过贝多芬表示感谢的话。里区诺斯基简直是贝多芬的第二个母亲，各位朋友也都十分信任他。”
贝多芬用尽所有的力量来修正这部歌剧的错误，而修改后的效果很好。洛格尔说：“经过不断的努力，从上午7点钟起一直到下午1点钟，结果终于将其中的三段删掉，而我们已经筋疲力尽；然后，大家又进了一顿丰盛的晚餐来恢复精神。贝多芬是那样高兴和快乐。他的愤怒为欢乐所替代，他坐在我的对面，看着我，极诚恳地端给我一个盆子，问我吃些什么？我回答说不知道。他像狮子般地吼了起来：‘他狼吞虎咽，却不知道吃了些什么东西！嗨！嗨！嗨！’”
司蒂芬·冯·勃朗宁将剧中的台词作了必要的缩减，而贝多芬也将舞台上不必要的场面删去了。他将三幕改成了两幕，同时被催促着去重新写作剧前的这首序曲，拟使用的是丽奥诺拉序曲第二首。他忘记了别人的劝告，对他说如果能按规定做，则他的《菲岱里奥》一剧将使他成为成功的歌剧作曲家，那也正是他所期望的。但他不愿意离开他所钟爱的管弦乐队，他在那里发挥出了真正的力量，作了一首协奏式的序曲，而且比旧作更为有力、更有生气。这首新的序曲（第三首）偏离了剧院对此剧的要求，与第二首有相冲突之处，它更加交响乐化了。但之后，贝多芬并没有再做第四首，因为他觉得第三首已经很不错了。
《菲岱里奥》经过重新修整以后，准备作第二次上演。在第一天公演时（3月29日），似乎效果颇好，但后来的变化却让人始料不及。第二次公演，贝多芬就拒绝担任指挥，他说因为乐队在演奏时不注意自己的指挥。经过这次公演之后，这部歌剧的演出活动就停止了。但《菲岱里奥》停演之时，同时也出现了不利于它的说法，说它的序曲是绝对禁忌的。勃朗宁将过失归咎于乐队不听作曲家的指挥。我们很容易就想到，贝多芬当时是多么的愤怒和不快。
到了夏季，《菲岱里奥》又重新上演，尽管观众开始增加，但是贝多芬却开始认为歌剧没有按自己的原意演出。因此，他找到勃朗男爵提出了抗议，虽经男爵再三解释，也不能消除贝多芬的疑心。
“我的剧本，”贝多芬吼道：“立刻将剧本还给我，以后再也不准它演出！”
男爵按了一下铃，命令将剧本立刻归还给他。贝多芬便暂时停止了对歌剧的创作。贝多芬能够很骄傲地告诉自己，他所写的东西已经能得到外界极佳的评价。他已熟知了这条道路，甚至在刚开始创作的时候就知道了。贝多芬告诉男爵他不是为观众而作的，但他还不如说，他的思想还不能完全驾驭歌剧，等到思想比较成熟的时候才能为观众写作。
《菲岱里奥》终于在六年后，才被人们所了解。贝多芬为了使这部戏能圆满地演出，整整用了十年的时间。自1803年末，他写成草稿，一直到1814年完成了第二次修改，从来没有一首乐曲让他耗费这么多的时间。当他一病不起时，将《菲岱里奥》的手稿送给了辛德勒，上面写着：“我所有的朋友，这使我付出了最大的代价，带给了我极度的忧郁；这也是使我最怜爱它的一个原因。”