虽然哥白尼没有手持武器伫立在城头上，但他却是奥尔什丁真正的防御司令，这座城市的命运在很大程度上取决于他。他在和波兰军队密切合作的同时，竭力使城堡和整个城市做好防御准备。他对十字骑士团不抱任何幻想，所以他并没有和骑士团进行任何谈判，一直坚定地站在反骑士团的立场上。正是神甫会财产管理人的这种坚决态度拯救了奥尔什丁和瓦尔米亚的很大一部分地区，使其免遭十字骑士团的鲸吞。骑士团方面了解哥白尼的态度和奥尔什丁的防御情况，知道想用小的代价夺取城堡和整个城市是办不到的。
在经受十字骑士团进攻的初步考验之后，哥白尼预料敌人还会发动新的进攻。然而哥白尼却不知道，十字骑士团的部队内部正经历着严重的危机。军队损失惨重，并没取得比较大的胜利，这在骑士团士兵和雇佣军中引起严重不满，并出现骚动，这种骚动随时可能演变为士兵暴动。十字骑士团的士兵漫骂大首领，雇佣兵要求发放拖欠的军饷，甚至把事先发饷作为开始包围或发起进攻的条件。结果，大首领阿尔布雷希特中途就返回克鲁莱维茨，因为他觉得在那里要比留在自己军队中更加安全。1521年3月26日，骑士团停止了战争行动，4月5日达成了所谓托伦妥协，实现了四年停火。
战争给瓦尔米亚造成了巨大的损失和破坏，大部分农庄已被践踏和洗劫一空，这也使主教和神甫会的收入大为减少。战争开始之前，奥尔什丁佃户区只有百分之十的农田荒芜，而战后荒废的土地增加了两倍。刚刚停火一个月，哥白尼就重新开始进行安置佃户的工作。为了鼓励农民尽快接管被遗弃和被破坏的土地，哥白尼提出不少减租和免租措施，这对附近的玛佐夫舍地区产生了很大吸引力，许多被称为玛祖尔人的波兰移民纷纷前来定居。
1521年6月，根据神甫会的意见，哥白尼把自己的行政管理人职务交给了蒂德曼·吉斯神甫，因为他已被推选为瓦尔米亚专员，专署设在奥尔什丁，瓦尔米亚神甫会的官邸也设在那里。瓦尔米亚专署是在1521年临时设立的，主要是为了恢复因战争遭到破坏的经济和社会秩序。担任专员是哥白尼在行政职务方面的一次晋升，也是对他在战前和战争期间所从事的行政组织活动表示赞赏的证明。人们将哥白尼看成是面对十字骑士团毫不妥协的人，甚至在最艰难时期，也毫不退缩。他既没被十字骑士团所吓倒，也不为其所利诱，所以人们相信他能够代表神甫会的经济和政治利益。
1521年6月，哥白尼移居到弗龙堡，在这里从事天文观测的条件要比在奥尔什丁好得多，因为这里有一些不能带到奥尔什丁城堡去的观测仪器。但哥白尼用于观测天体的时间仍然不多，因为有许多行政事务占据了他的精力和时间。此后的几个月里，哥白尼又担任了神甫会财产视察员，这个职务要求他经常为神甫会财产问题外出视察。接下来的几年中，哥白尼多次到奥尔什丁城堡视察工作，也曾担任过神甫会驻奥尔什丁代表。在战争刚刚结束的几年里，瓦尔米亚神甫会的处境非常艰难。形势要求神甫们表现出更大的政治积极性，和普鲁士各界以及波兰中央政权保持更加密切的关系。为此，哥白尼作为神甫会的代表时常参加普鲁士各界的代表大会，与代表们一道商讨如何制止十字骑士们在瓦尔米亚土地上进行新的颠覆和破坏活动，并想办法迫使他们遵守停火协议。
1522年初，神甫会推选哥白尼和蒂德曼·吉斯作代表，前往托伦参加普鲁士各界代表大会。波兰国王的代表也要出席，但国王更改了召开这次代表大会的时间和地点。代表大会改在格鲁琼兹举行，瓦尔米亚神甫会的代表不顾恶劣的天气条件和泛滥的洪水，又来到格鲁琼兹，以便能在国王代表在场的情况下对骑士团提出控告。哥白尼和蒂德曼·吉斯于1522年3月17日至21日参加了这次代表大会，在波兰国王代表面前对十字骑士团的压迫和无法无天行为提出新的指控。应普鲁士各界的请求，哥白尼在那里宣读了三年前他撰写的一篇关于货币问题的论文。哥白尼的意见深受同年10月21日在特切夫召开的普鲁士各界代表大会代表们的赞赏，与会的王属普鲁士代表最后通过了一个决议，决议中采纳了哥白尼的意见。
1522年1月30日，瓦尔米亚主教法比安·卢兹扬斯基去世。按照当时教区的传统习惯，在新主教产生之前，要由一名神甫代表接管教区和神甫会的领导权。这名代表被称为瓦尔米亚主教区行政总管。这是政权交替时期负有最高责任的职位，要借助它渡过这段“无主时期”。神甫会推举尼古拉·哥白尼在9个月时间内担任了这一最高职务。甚至在选出新主教以后，哥白尼仍将行使这一职责，直到新主教的选举得到教皇的批准。上任以后，哥白尼立即采取有力的措施加强各城堡的防御能力，防备十字骑士团的进犯。哥白尼仍担心十字骑士团有侵略瓦尔米亚的企图。因为十字骑士团竭力想利用瓦尔米亚主教法比安的死来攫取瓦尔米亚，如果不能用暴力攫取的话，就通过在罗马教廷的外交手段达到此目的。法比安主教在世时，大首领已经派人并通过其他人在罗马做过许多努力，以达到把瓦尔米亚吞并到骑士团国家的目的。十字骑士团知道格但斯克人对他们怀有敌意，所以他们懂得，如果接替法比安担任主教的是一位格但斯克人，那将对骑士团非常不利。因此大首领在获悉主教去世后，立刻催促在罗马的代理人采取更有力和更有效的行动，争取得到瓦尔米亚和王属普鲁士的其他土地。他们想使哈德利亚六世教皇相信，瓦尔米亚和骑士团国家合并对教廷是有利的。但教皇看到阿尔布雷希特已陷入严重的财政困难中，不会有什么重要回报，便做了模棱两可的回答，既不支持大首领，也不支持波兰国王。但瓦尔米亚一直从属于波兰国王。
主教之死使驻扎在瓦尔米亚的波兰部队进入戒备状态，波兰王宫密切注视着该地区所受的十字骑士团的威胁。国王立刻把马尔堡的州长耶日·巴任斯基和普鲁士地区副司库、格但斯克总督扬·巴林斯基派到弗龙堡去处理补选主教问题。他们于1523年2月26日抵达弗龙堡，并把委任书呈交给神甫会和主教区的负责人，即副主教扬·斯库尔泰蒂和瓦尔米亚主教区行政总管尼古拉·哥白尼。两位负责人对特使说：神甫会已经决定，将按照和国王签订的第二个彼得库夫条约的规定选举新主教，不与国王协商不会采取任何行动。他们还向国王特使保证说，神甫会中尚未宣过誓的年轻成员已经做好了向国王宣誓效忠的准备。