1520年春，补充了火炮和雇佣军的波兰军队，发起了夺取帕斯文克和克维宗要塞的攻势，进攻一直打到骑士团普鲁士首都克鲁莱维茨附近才停止下来。这种形势迫使阿尔布雷希特提出谈判请求。国王齐格蒙特·斯塔雷同意停火。战争行动中止，从5月31日起停火协议开始生效。双方决定6月18日在托伦进行谈判，届时将由国王和大首领直接谈判，瓦尔米亚主教法比安·卢兹扬斯基也将参加。得知主教要去托伦参加谈判的消息后，6月14日，神甫们给主教写了一封信，这封信是由哥白尼负责撰写的。信件告诫主教不要相信十字骑士团提出的保证，哪怕是书面保证，应该要求骑士团赔偿他们对主教区和瓦尔米亚神甫会所造成的损失。神甫会的这种立场说明，神甫们对骑士团已经不再抱任何幻想。不仅不再相信它，而且把它看做是自己的主要敌人。后来的托伦谈判证明，弗龙堡神甫们的预见完全有道理。
按预定的日期，以波兰国王为首的波兰人和由40名骑士团骑士陪同的大首领来到托伦。前来参加谈判的还有教皇、匈牙利国王及玛佐夫舍大公的代表，他们在签订和约方面想竭力充当中介人。按波兰方面的设想，阿尔布雷希特应按附属国的应尽义务向波兰国王进贡，并提出条件确保以后遵守和履行1466年的《托伦和约》。但大首领却使用拖延战术，并提出了不适当的要求。当他得知丹麦和德国方面的援助已经来到的消息后，就请求国王发给他返回克鲁莱维茨的安全通行证，接着便中断了和谈。7月，骑士团又开始向波兰军队发动进攻。阿尔布雷希特的背信弃义做法表明，只有用武力才能迫使他履行《托伦和约》的义务。
战争的烈火再一次燃烧起来，而且比以前更加激烈。这次大首领占据了主动权。波兰人用很大兵力徒劳地包围着布拉涅沃，但并没有阻止住十字骑士团对瓦尔米亚其他城市的入侵。大首领也撕下了对瓦尔米亚主教的友好假面具，第一次直接进攻主教在利兹巴克的官邸。十字骑士团的大炮接连几周对主教区首府进行轰击。波兰军队在城市居民的大力协助下，英勇保卫城市。市民们奋勇扑灭炮击引起的火灾，军队组织了几次夜袭，使包围城市的十字骑士们遭到惨重损失。11月底，敌人放弃了对利兹巴克的包围，向远处开去。这次围城使大首领部队中有大约1600名士兵被击毙。
但在其他一些战场上十字骑士们却在大肆炫耀他们的战绩。11月15日，骑士团占领了良城；11月24日，经过六天激战又占领了奥尔内塔城。奥尔内塔城的居民本想继续坚守下去，但波兰指挥官在征得市长同意后决定向十字骑士团投降，因为他害怕如果城市被攻破后会像良城那样惨遭恐怖镇压。这样一来，就使距此仅有25公里的奥尔什丁面临了直接威胁。神甫们发出了一封封告急信件，要求加强防御，要求增加援助。告急信寄给波兰国王，也寄给波兰首相扬·科纳尔斯基和库雅维主教。神甫们认为，他们的命运取决于利兹巴克能否击退十字骑士团的进攻。他们提出，奥尔什丁的防御工作还不够牢固，这里只有帕维尔·多卢斯基指挥的100名波兰雇佣军士兵。要想击退强大敌人的进攻，奥尔什丁城堡确实还没有做好准备。根据神甫们的建议，帕维尔·多卢斯基向利兹巴克司令官雅库布·森齐格涅夫斯基求援，但利兹巴克正处于被包围之中，森齐格涅夫斯基无力提供援助。埃尔布隆格的居民和所有神甫也都对奥尔什丁的命运感到忧虑，因为瓦尔米亚神甫会的金银财宝和各种稀世珍品都寄存在这里。驻普鲁士波军总司令雅努什·希维尔乔夫斯基也对奥尔什丁的命运表示担忧，因此他派雅诺维茨的佩雷克率领100名步兵前去增援。这期间国王也从彼得库夫向瓦尔米亚派来了大量的援军，这支部队由久经考验的老将兹比格涅夫·斯乌佩茨基率领。正是这支部队在沿海地区战胜并赶走了来增援阿尔布雷希特的德国军队。
正当瓦尔米亚和奥尔什丁的命运处在最困难和最危险的时刻，即1520年11月8日，扬·克拉皮茨把自己担任的神甫会财产管理人的职务交给了尼古拉·哥白尼。神甫会之所以作出这一易人决定，是因为哥白尼迄今在行政管理工作中取得了丰富的经验，并且在和十字骑士团的斗争中表现出的勇敢精神和坚定的立场。哥白尼不仅成了经济管理人，也成为坚守瓦尔米亚南部这个最重要据点的军事指挥者。哥白尼不仅仅是一位理论家，他还愿意把自己所学的理论知识应用于实践。他积极组织奥尔什丁全城和城堡加强防御。他请求波兰指挥官提供军事和物质援助，因为他知道，如果没有波兰军队参加，奥尔什丁城堡经不起十字骑士团的长期围困和进攻。1520年11月16日，哥白尼给波兰国王齐格蒙特·斯塔雷写了一封求援信。
但信使传送的这封信，并没有送到国王的手里，信使在途中被十字骑士团的部队俘获。这封信使十字骑士团看到，哥白尼是忠诚的波兰公民，而且始终是骑士团的敌人，同“十三年战争”期间他祖父的立场完全相同。
多数神甫因担心奥尔什丁要塞一旦被十字骑士团攻破，会遭到残酷镇压，所以都提前离开了奥尔什丁。岗位上只剩下了哥白尼和亨里希·施内伦贝格神甫两人，施内伦贝格神甫也是托伦人。守住城市和城堡并把敌人驱逐出瓦尔米亚的共同愿望把两人联系在一起。
哥白尼在防御工作中表现出了很大的主动精神，他并不是消极地等待国王增援，也不是仅仅指望职业军人。他一直为解决奥尔什丁需要的防御器材问题和待在埃尔布隆格的扬·斯库尔泰蒂副主教保持着书信联系。12月底，哥白尼给副主教发了一封信，这封信经过几周时间才到达收信人手中。在这封信里哥白尼请斯库尔泰蒂送一些铸造子弹所需要的铅以及盐和纸来。这期间奥尔什丁已面临着十字骑士团的直接威胁。
大首领阿尔布雷希特在11月28日放弃了对利兹巴克的包围，回到克鲁莱维茨搬兵。1521年的新年刚过，他就率领一支由4000名步兵、600名重骑兵和400名轻骑兵，以及炮兵所组成的部队突然出动。经过布拉涅沃和奥尔内塔，在1月11日到达良城附近，然后就向奥尔什丁方向挺进。沿途经过的地方都遭到骑士团部队肆无忌惮地践踏。在战场上不能取胜，十字骑士团就想通过恐怖和恫吓手段来迫使瓦尔米亚投降。阿尔布雷希特从良城给奥尔什丁守卫长官写了一封信，要求该城立即投降，并威胁说，不投降就要把它彻底化为灰烬。然而，守卫者不但没有被威胁所吓倒，反而加强了防御。来自良城的十字骑士团部队在1521年1月26日突然向奥尔什丁发起进攻，企图用突袭的办法攻占该城。十字骑士团曾一度攻破城墙上的一个角门，但很快又被守卫者击退了。以国王为首的波兰最高司令部，以及主教和为自己财宝安全感到担忧的瓦尔米亚神甫们，都睁大眼睛盯着奥尔什丁。所有人都在为奥尔什丁的守卫者们鼓劲。
对骑士团和波兰的实力十分了解的斯库尔泰蒂，对哪一方能取得胜利是坚信无疑的，所以他没有和十字骑士团暗中勾结。哥白尼没有过分相信副主教的乐观估计，他为奥尔什丁调进了大批武器弹药和食品，并催促斯库尔泰蒂继续为守卫者收集和提供这些物资。因远离弗龙堡的神甫们而感到孤独的哥白尼，只能指望波兰士兵和波兰军队在战场上取得胜利。