在距波兰首都华沙西北约213公里的地方，坐落着一座美丽的城市——托伦，这就是伟大天文学家尼古拉·哥白尼的故乡。
托伦是一座富裕的城市，商业和手工业相当发达。哥白尼出生在位于托伦古城圣安娜街的一座房子里。这是一幢狭窄的三层楼，每一层的正面开有三个窗户。这座房子离维斯瓦河的码头很近，小哥白尼从自家窗口便能看到维斯瓦河里来往穿梭的船只。这些船有的满载粮食、蜂蜜、柏油、石蜡、铜和裘皮驶向格但斯克海港；有的则从格但斯克返回，返航的船舶装载的多是鲱鱼、海盐、衣料；还有来自阿拉伯国家的货物。这条繁忙的河道里还时常有放木工人流放的木排。托伦不仅是波兰和当时的友好国家匈牙利的货物转运港，也是德国、斯堪的纳维亚国家、英国和意大利的货物转运港。托伦商人的足迹几乎遍布整个欧洲。波兰第一条大河——维斯瓦河紧贴着托伦城边流过，把它同首都华沙、古都克拉科夫，以及北方的波罗的海连成一线。发达的航运业使托伦迅速富裕起来。
伴随经济的发展，托伦的政治地位也得到了不断提高。在哥白尼出生之前，托伦曾长期处于十字骑士团的统治之下。后来，托伦人不堪忍受压迫，和其他城市的居民一起掀起了反抗骑士团的斗争。他们向波兰国王卡齐米日·雅盖隆奇克提出请求，请求他解放被骑士团占领的地区。于是波兰历史上长达13年之久的战争爆发了。最后战争以1466年签订《托伦和约》而宣告结束，格但斯克沿海地区又回到了波兰的怀抱，同时瓦尔米亚也并入了波兰版图。鉴于托伦人民作出的特殊贡献和托伦所处的经济地位，几代波兰国王先后授予托伦一些特殊权利。托伦不仅和克拉科夫、茨瓦夫、格但斯克等国内各大城市保持着密切的经济联系，而且和几乎遍布整个欧洲的许多外国城市保持着频繁的贸易往来。
在哥白尼生活的时期，托伦的人口大约有15000人，其中约有三分之一居住在城外。在城内的中心市场周围居住着有钱有势的显赫人家，贫民则主要聚居在城外。居住在城外的这些贫民常常遭受强盗、匪徒的袭击和掠夺。15世纪的托伦由古城与在其旁边形成的新城两部分组成。两个城区以十字骑士团城堡作为分界线，这座城堡于1454年被反抗十字骑士团的起义者摧毁。
像克拉科夫、格但斯克和埃尔布隆格一样，加入了北欧诸城市建立的汉萨同盟，该同盟的宗旨主要是维护自身的贸易特权。15世纪上半叶，托伦达到鼎盛时期，是一座强大和富裕的城市。少年时期的哥白尼经常看到来自天涯海角的外国人，他们为托伦带来了远方世界的消息。哥白尼时常聆听从克拉科夫或国外什么地方返回的托伦人讲述他们的旅行见闻。这一切都使哥白尼大开眼界，也增长了不少见识。
在1473年2月19日，尼古拉·哥白尼出生于一个殷实的商人家庭。父亲的名字也叫尼古拉，他不仅是一位能干的商人，还是古城议会的议员。母亲巴尔巴拉·瓦兹洛德是名门闺秀。哥白尼在位于圣安娜街的家里度过了自己的童年，哥白尼的童年是幸福而无忧无虑的。1480年，7岁的哥白尼同父母一起搬入紧靠古城市场的一座更为讲究的房子。哥白尼的父母闲暇时，经常带着孩子们到离城里有一小时路程的卡什乔莱克村去，在那里位于维斯瓦河畔的葡萄园中，有父亲建造的一座消夏别墅。
哥白尼诞生的时候，已经是托伦摆脱十字骑士团统治的第19个年头，雄居波兰王位的是波兰历史上最杰出的国王之一——卡齐米日·雅盖隆奇克。他像自己的父王——瓦迪斯瓦夫·雅盖沃一样，同十字骑士团进行了顽强的战斗，并赢得了胜利。哥白尼的先辈参加过同骑士团的斗争。哥白尼童年时，经常听到一些有关十字骑士团欺压沿海地区和普鲁士居民的故事；听父亲讲述过他站在波兰国王一边反对十字骑士团的故事以及他周游世界各地的见闻；也听过许多关于克拉科夫的描述，因为父亲和爷爷都曾在那里居住过。
哥白尼的父亲——尼古拉，出生于克拉科夫，1448年已经是一位很有名望的商人了，在克拉科夫和格但斯克之间做大宗铜生意。1458年，尼古拉从克拉科夫迁居到托伦。在沿海城市反抗十字骑士团的统治争取解放斗争的初期，作为中间人参加了红衣主教兹比格涅·奥莱希尼茨基和普鲁士各界代表之间的经济谈判，讨论如何偿还波兰和十字骑士团交战期间的军事债务问题。大约在40岁的时候，尼古拉与巴尔巴拉·瓦兹洛德结为夫妻。他们的儿子哥白尼在爱国主义、关心国家大事和热爱公益事业思想的熏陶下成长起来。当时人们关心的主要是本地区的利益。哥白尼故乡（普鲁士）居民对关系到他们所在地区的事情特别的敏感，在波兰王国里，他们享有很大的独立性。鉴于他们面临的外部危险，特别是来自十字骑士团的威胁，波兰统治者对他们关怀备至。他们在和波兰保持紧密联系的同时，特别强调自己的特殊性和自治性。这样一种地区性的爱国主义精神哺育了哥白尼，他始终感到自己和故乡是紧密联系在一起的。1483年，哥白尼的父亲去世，身后留下了四个子女：哥白尼、安杰伊、巴尔巴拉和卡塔日娜。巴尔巴拉出家进了修道院，后来在海乌姆诺的一所修道院当了院长。卡塔日娜后来嫁给托伦市议员巴特沃米伊·格特纳为妻。而安杰伊和哥白尼继续上学，以便以后从事神职工作。哥白尼同自己的哥哥安杰伊始终保持着最紧密的联系，他们一道接受了初级教育，然后又一道在克拉科夫和罗马上大学。
哥白尼是在弗沃茨瓦韦克接受初等教育的，教他学习的是一位优秀教员，名叫阿布斯特米斯·乌特卡。在这位老师的熏陶下，哥白尼对天文学产生了兴趣。
在哥白尼出生那年，托伦学校的校长是哥白尼的舅舅乌卡什·瓦兹洛德。舅舅是在意大利大学毕业以后返回波兰任教的。在哥白尼童年时期，托伦学校的校长是来自格鲁琼兹的一位叫杨的人，他是克拉科夫学院法律系毕业生。正是在这所拥有优质师资力量的学校里，哥白尼首次接触到了天文学。在当时很多人认为做生意的商人不识字简直是不可思议的，农民会写字在当时也不算什么稀奇事。哥白尼生活时期，神职人员已经失去了对知识的垄断，国王卡齐米日·维尔基在这方面起了推动作用，虽然国王本人似乎一直是文盲，但他却很重视科学。国王创建了波兰第一所大学——克拉科夫大学，这所大学是中欧创建最早的大学之一。对学习知识最感兴趣的是市民阶层，贵族在这一时期也抛弃了所谓知识会削弱战斗力的偏见，以丝毫不亚于对弯弓射箭的兴趣同笔墨打起交道来。
托伦的教育事业几乎是和城市一起发展起来的。
在发展教育方面，波兰当时走在了欧洲国家的前列，平均每千人就有一所世俗学校或教会学校。中世纪的最后200年是波兰教育事业的大发展时期。在卡齐米日·雅盖隆奇克国王统治的后期，全国有五分之四的农村办起了学校，城乡学校的总数多达3500所左右。正是在如此发达的教育网的基础上，形成了社会共有的世俗文化，对实现民族概念上的国家统一产生了一定影响，并且为普及文艺复兴时期的文化奠定了基础。也正是这些学校为克拉科夫大学输送了大批学生。
哥白尼是在新旧时代更替时期上学读书的。那时的学校还是中世纪的学校，但学校里已经出现了一些文艺复兴的迹象。当时初等教会学校的学生必须学习所谓三门人文课程，即必须学会用拉丁文读书和写字，以及掌握基础数学。当时几乎没有什么教科书，因为印刷术还未普及，印刷费用十分昂贵。学生必须把老师讲的东西全部记在脑子里。督促学生们学习的工具，就是教师手中的教鞭。开始，学校只教学生祈祷和用拉丁文唱赞美诗所需要的知识，为做弥撒和准确计算宗教节日服务。但实际生活需要远远超出了这最低限定的范围，于是便出现了一些非宗教活动，即世俗事业所需要的新科目。学生除了学习中世纪的作品外，开始逐渐接触古典作品，后来又扩大到当代作品。哥白尼在这种学校里学习到四种人文课程。在这里他接触了天文学，天文学是准确使用复杂的教会日历所必需的。
母亲的去世打乱了哥白尼无忧无虑的童年生活。母亲去世后他是由姨妈照料的，舅舅乌卡什·瓦兹洛德从罗马回来后就承担起了照料的义务。舅舅把两个外甥——安杰伊和哥白尼一起带到利兹巴克的主教城堡里，从此舅舅乌卡什便成了哥白尼的热心养育者和有力的庇护人。哥白尼是在母亲去世后才到海乌姆诺的学校读书的，海乌姆诺的学校是当时全普鲁士最好的。
海乌姆诺的学校是来自荷兰兹沃勒的一对兄弟开办的。兄弟俩的职业就是开办学校和出版书籍，他们渴望向青少年灌输改良宗教和道德生活的思想。他们开办的这所学校被认为是当时最先进的，哥白尼在这所学校里获得了很好的基础教育，这为以后上大学做好了准备。生活在舅舅身边，使哥白尼得到很多指导，从而使他在学校学到的知识更加充实，同时也了解到不少有关当时欧洲科学文化中心意大利以及波兰克拉科夫学院的情况。
舅舅乌卡什·瓦兹洛德是一位学识渊博的人，他先后在克拉科夫和意大利的一些大学里学习过，还曾作为瓦尔米亚神甫会的特使在罗马教皇的宫廷里住了几年。他是波兰人文主义者之一，正是这些人文主义者把意大利全新的文艺复兴思想传入波兰。乌卡什·瓦兹洛德十分热爱科学，他和波兰国内外不少杰出的人文主义者有着密切往来。他是瓦尔米亚和沿海区文艺复兴的先驱，也和克拉科夫学院许多杰出学者有交往，甚至连国王卡齐米日·雅盖隆奇克也很熟悉他。瓦尔米亚和利兹巴克神甫会特意把他从意大利召回来，以便在1489年选他担任瓦尔米亚主教。
瓦兹洛德主教热心政治，喜欢玩弄权术，是文艺复兴时期典型的达官贵人。他过的是世俗生活，作为一名神职人员，他并没有笃信教义的献身精神。他像当时的许多教会权贵一样，热衷于当时的荣华富贵。他给人的印象却俨然是一位正人君子，没有人因为布拉涅夫市长是他的私生子而告发他。他的性情似乎是忧郁的，脸上很少能露出笑容。他自负、清高，令人难以接近。他同时也是一位普鲁士爱国者，是十字骑士团不共戴天的仇敌。瓦兹洛德是个固执己见的人，容不得反对意见。当神甫会不愿服从他的某些指示的时候，他曾威胁说要把所有人，包括两个不听话的外甥全部赶走，虽然他最疼爱两个外甥。哥白尼的许多政治观点都是从舅舅那里接受过来的，舅舅的观点使哥白尼增加了对十字骑士团的反感。
1491年，舅舅把19岁的哥白尼送到克拉科夫学院读书，从此哥白尼开始了他持续15年之久的大学时代。大学生活的开始，成为哥白尼一生中的转折点。哥白尼去克拉科夫时正值秋天，哥哥安杰伊与他同行，因为安杰伊也去上大学。兄弟俩虽是初次到克拉科夫，但是对那里丝毫也不感到陌生，因为克拉科夫是他们父亲生活过的地方，当时仍有不少亲朋住在那里。在克拉科夫，哥白尼有机会接触到一些以来自意大利的著名学者和卡利马赫为代表的最杰出的人文主义者。卡利马赫同哥白尼的舅舅过往甚密。
舅舅为两位外甥在克拉科夫提供了舒适的生活条件，这使他们在那里可以安静地、一心一意地致力于学习，无须像贫困的同学那样靠帮别人补课或为有钱同学服务来弥补学习和生活费用的不足。哥白尼兄弟俩的学习生活没有任何后顾之忧。