克拉科夫给19岁的哥白尼留下了深刻印象。虽然哥白尼的故乡托伦也是全国最好的城市之一，但和波兰首都克拉科夫相比，还是略逊一筹。当时克拉科夫不仅是全国的政治、经济中心，也是全国文化、科学和社交活动中心。走在大街上，可以听到五花八门的语言，也时常能碰到从托伦来做生意的熟人。克拉科夫学院以其崇高的声望招徕各地青年，大学生又为城市本身增添了不少光彩。这所高等学府在哥白尼就学时正处于兴旺时期，哥白尼在这里度过了四年大学生活。在克拉科夫，他接触到许多深受国内外敬重的学者，无数外国人来到这里，带来外部世界的信息。
克拉科夫学院后来改名为雅盖隆大学，在哥白尼时期已经闻名遐迩。它是在国王卡齐米日·维尔基的努力下于1364年创办的。为了能继布拉格大学之后在克拉科夫创办中欧的第二所大学，波兰国王通过很长时间的努力，首先征得教皇乌尔本五世的同意。波兰国王为能冲破前几任教皇的反对而征得教皇同意，就意味该大学的毕业文凭会被所有基督教国家承认，而该校毕业生就有权利到任何地方任教。有了自己的大学，不仅给国家统治者的脸上增添了光彩，也为城市增加了收入，更为国家培养了人才。当时波兰正需要知识和人才，尤其需要能在外国不友好势力面前维护国家利益的法学家，同时也特别需要受过教育的行政管理人员。这所大学不只是为本国服务，也对所有外国开放。在这里读书的外国学生，主要来自尚未开办大学的国家，最多的是匈牙利人和西里西亚人，也有很多德国人和捷克人。
哥白尼进入克拉科夫学院人文学系读书的时候，正值人文主义者对这所大学影响最盛时期的尾声。从1491至1494年，哥白尼亲身经历了人文主义者和其政敌之间，以及近代世界观、科学观、社会秩序观的代表和中世纪卫道士之间的尖锐思想斗争。反对激进人文主义的是以红衣主教弗里德里克·雅盖隆奇克为首的主教团。这位红衣主教原是国王卡齐米日·雅盖隆奇克的儿子，曾经是哥白尼舅舅争取瓦尔米亚主教教职的竞争对手。红衣主教本人努力学习了人文主义，他作为克拉科夫主教对克拉科夫学院的科学发展等问题有着很大发言权，但他对此却漠不关心，他期望人文主义能够为教会服务。
哥白尼进入克拉科夫学院时期，大学生都住校，在教授的严格监督下，在学生宿舍里过着像修道院似的生活。贵族的子弟可以在城里单独租房居住，但必须有某位教授或学士负责加以监督。在哥白尼学习时期，由于学生越来越多，监督制度已经不那么严格了，也没有足够的教授和学士去看管那么多的学生了，所以只是偶尔进行一次检查。哥白尼虽然有条件租赁私人住宅，但他却住在“耶路撒冷”学生宿舍里。大学档案馆里保存下来的哥白尼的天文学手稿，有一部分就是在“耶路撒冷”学生宿舍里写成的。这栋学生宿舍位于学院大楼附近，大楼里安装有天文仪器，在去意大利求学之前，哥白尼已经学会了使用这些仪器。
哥白尼是来自波兰各地和其他欧洲国家约两千名大学生中的一员。仅这些大学生就使约有两万人口的克拉科夫城几乎到处都能听到五花八门的语言和语调，这使城市显得更加热闹和混乱。新入学的学生一般都需要高年级学生和学习辅导员的支持、指导和帮助。为此，大学建议新入学的学生在办理注册登记之后，要马上找一位优秀学生负责帮助自己，特别是辅导自己的学习。同高年级同学建立关系，进入他们的天地，那可不是一件容易的事。新同学入学后首先遇到的是高年级学生私底下针对他们的“洗礼”活动。这种所谓“大学洗礼”或称“造就大学生”活动，对新生来说要大吃苦头，而对高年级学生和旁观者来说，则是一种乐趣。新生被戏谑地称为乳臭小儿或黄口雏鸟，被认为是无知、尚未调教过的人，必须学习良好的大学礼仪。这种为新生“清除乳臭”的活动，就是所谓的“洗礼”，它往往是在新生入学的路上进行的。站在路上迎接新生的是一些穿着奇装异服的大学生，他们首先向来者发起进攻，不止一次地痛打他，然后再将他拉到一家饭馆让他请客。这种仪式有时也在学生宿舍进行，尽管学校当局曾严令禁止。
“洗礼”活动远不止是大学生的全部恶作剧。许多有钱有势的学生还常常到市里寻衅闹事，甚至在校内不同民族或不同专业的同学之间也常发生纠纷，校长不得不进行越来越多的干预。玩纸牌等赌博游戏和酗酒也常常导致闹事，由吵架到动刀动枪地厮打，直至酿成流血事件。这样一来，医学系学生正好有了用武之地。德国学生和捷克学生之间不时发生争吵，匈牙利学生也好滋事，甚至来自不同地区的波兰学生之间也常发生争执。这类事情往往要由校长亲自加以处理和裁决。哥白尼是富有感情、易于冲动的人，但他的激情最多地倾注在学习和学术辩论上。当时在学校里闹事的不仅仅是学生，讲师之间的争吵有时也远远超出学术辩论的范围，当缺乏有力证据时，也会动起手来。教师之间一旦出现此类事件，喜欢打斗的学生就如鱼得水，总是高兴地卷进去。校长曾不止一次发布指示，禁止大学生携带武器，特别是佩带刀剑，刚开始禁止在学校携带，后来甚至禁止上街时携带。而当时佩带刀剑已经成风，学生为了把自己打扮成骑士模样，甚至把仅有的书籍卖掉去买佩剑。
克拉科夫学院的学生主要是世俗青年，他们完全可以在法律允许的范围内尽情享受人生乐趣。此外，学生中还有一些神职人员和信奉禁欲主义的修士。学生的年龄差别非常大，既有十几岁的小青年，也有几十岁的壮年男子。神职人员除受学校本身的纪律约束外，还受严格的教会法规约束。但因他们生活在欢乐的年轻人中间，便觉得自己年轻了，于是也就忘记了教规，过起世俗生活来，当然这一切只能背着教会当局偷偷进行。辉煌的文艺复兴时代有助于人们更好地享受生活乐趣。严格的中世纪苦行主义生活方式仅仅局限在修道院里，即使修道院里也射进了文艺复兴的光芒。尽情欢乐的不仅仅是大学生，甚至一些高级神职人员也接受了世俗的生活方式。
克拉科夫作为科学和艺术之城，不仅吸引了许多大学生，也吸引了不少外国学者和其他各行各业的著名人物。有不少欧洲闻名的伟大人文主义者，其中最杰出的有布鲁泽沃的沃伊切赫和被称为卡利马赫的意大利人菲利波·博纳科尔西，以及康拉德·采尔泰斯。他们对年轻的哥白尼都有很大影响，对哥白尼的个性、政治观点和兴趣爱好的形成起了重要作用。当时克拉科夫不仅是本国和邻国青年满足求知欲的地方，也是一些国家遭受迫害的人文主义者的避难圣地。