人们发现，即便哥白尼亲朋好友相继去世，哥白尼的发现也不会被遗忘。当时人们所不能理解的是，他们长期坚持的思想竟然是不可靠的，地球确实在神不知鬼不觉地旋转着。虽然哥白尼的学说未能被承认，但他编制的天文图表和所做的计算已经被采用。不过有人仅是把哥白尼发现的真理看做是一种可能，仅仅是理论研究所需要的假设。在瓦尔米亚知识界，除哥白尼最亲密的朋友，大概只有丹蒂谢克主教充分评价了哥白尼这一发现的意义。但是由于他忙于和宗教改革运动作斗争，没有积极尽力宣扬自己天才下属的学说，况且，他和哥白尼还发生过争吵。丹蒂谢克的继承人斯坦尼斯瓦夫·霍兹尤什是反宗教改革运动的重要领导人，他对哥白尼的学说断然采取了不赞成态度。在他任职期间，哥白尼这个人及其事业几乎已经被人遗忘了。随着马尔青·克罗默就任瓦尔米亚主教，围绕纪念哥白尼问题才出现了一种利于传播哥白尼理论的气氛。克罗默主教于1581年出资在弗龙堡大教堂为哥白尼建造了纪念碑。哥白尼学说的首批信仰者不时到弗龙堡参观和凭吊，这引起了弗龙堡神甫会成员对这位早已去世神甫的怀念和崇敬。于是，便开始收集和保护哥白尼遗留下来的一些值得纪念的文物。
哥白尼最早的崇拜者之一是丹麦学者第谷·布拉赫。他在1584年把自己的学生派到弗龙堡，以便能够在那里考察验证哥白尼所做的一些计算，并收集有关哥白尼的文物。他曾经写诗赞颂哥白尼，并在自己的观测站里悬挂了哥白尼的画像。实际上他对哥白尼的理论并不是全部赞成，但他促进了哥白尼学说的推广。充分理解哥白尼学说意义的是德国学者约翰尼斯·开普勒。他也是了解奥塞安德尔篡改活动的第一位学者。他成功地得到了一本未经篡改的原著《运行》以及奥塞安德尔写给哥白尼和雷蒂克的信件。开普勒不仅理解了哥白尼的理论，而且又把它向前推进了一步，他发现并解释了地球的第三种运动。一种流行的说法认为开普勒在1618年5月15日曾经说过：他掌握了“宇宙的奥秘”，因为他发现了行星距离同它们运行周期之间的联系。这一点哥白尼直观地感觉到了，但并没有加以归纳和总结。
同一时期，意大利的伽利略也在从事天文研究，他为哥白尼的理论找到了无可辩驳的论据。1597年，伽利略给开普勒写了一封信，信中说：“我接受哥白尼的理论已经许多年了，并提出书面论据批驳反对哥白尼理论的人。但我没敢把它们公开发表，我被哥白尼的遭遇吓住了。哥白尼虽然赢得了几位不朽思想家的赞同，但在人们眼中，他却成为被嘲笑的对象。如果大多数人都能像你这样的话，那我也就有勇气发表我的看法了。”
伽利略开始公开宣传哥白尼的学说和自己的发现以后，尽管有几位耶稣会数学家和后来的教皇岛尔本八世承认他有道理，但他最终还是遭到了宗教法庭的审判，指责他宣传异端邪说，并迫使他放弃自己的观点。不管怎样，伽利略发表的著作使哥白尼的学说在大辩论中获取胜利。年轻的学者布鲁诺因为信仰哥白尼的学说被活活烧死，但他临危不惧，面对死亡也没有放弃对科学真理的信仰。
在波兰首都克拉科夫，人们一直没有忘记哥白尼。
克拉科夫大学的教授扬·布罗热克沿着哥白尼的足迹经托伦到了瓦尔米亚。他收集到哥白尼遗留下的各种纪念物，有原本的，也有虚假的，其中有哥白尼写的几本书和他的部分信件。布罗热克在弗龙堡还发现一部献给哥白尼的诗作，名为《七颗星》，后来布罗热克把它公开发表了。由于他对哥白尼的多才多艺非常钦佩，便散布了一个传说，该传说一直流传至今。传说哥白尼建设了一条运河和自来水设施。根据所收集的材料和信息，是布罗热克写了第一篇内容翔实的哥白尼传记。可惜，布罗热克从瓦尔米亚收集到的有关哥白尼的材料，在他去世后又被遗失了。与瑞典人的战争打破了瓦尔米亚的宁静。公元1626至1630年，瑞典人洗劫了这一地区，并把哥白尼遗留的许多文物，主要是书籍和信件运到了瑞典，这些文物至今仍保存在斯德哥尔摩和乌鲁萨拉。当有人指责哥白尼的学说是不忠诚的邪说时，布罗热克积极热情地捍卫了哥白尼学说。他在克拉科夫热情地宣传了哥白尼——这位天才的学者、克拉科夫大学的骄傲。
对哥白尼发生兴趣的不仅仅是信仰他学说的人。
随着反宗教改革运动的发展，开始严厉地清算了每一个发表过违背教会学说言论的人。欧洲到处都燃起了火刑柱，唯有波兰成了当时欧洲最自由的国家，尽管反宗教改革运动在这里也很盛行。哥白尼在世时，就有人指责哥白尼不忠于正统的教会学说。宗教改革运动的领导人路德和梅兰希顿对哥白尼学说也采取了否定的立场。处处都弥漫着一种敌视哥白尼的气氛。
16世纪下半叶，当布鲁诺开始宣扬哥白尼理论的时候，这种敌视气氛更加浓厚了。因为布鲁诺做宣传使用的不是数学家的语言，而是广泛的社会阶层很容易理解的哲学家的语言。因此，教会将布鲁诺的宣传当做巨大危险，并对他采取了迫害行动。起初的迫害对象只是哥白尼理论的信仰者，一段时间之后，哥白尼的著作也成为迫害的对象，被划入禁书之列。神学家们对哥白尼的学说作了这样裁决：“……所列举的这些看法是愚蠢的，从哲学角度看是荒谬的，形式上是异端的，许多地方明显违背圣经的说法……”
公元1616年3月5日，负责禁书事务的圣主教会议对哥白尼的著作作了下述结论：“主教会议获悉，尼古拉·哥白尼在《天体运行论》中提出的关于地球运动和太阳休息的、违背圣经的、毕达哥拉斯信徒式的伪劣学说已经传播开来，并且已经被许多人所接受，主教会议认为，为了不使这种学说进一步蔓延，危害天主教真理，有必要对其加以禁止……直到它得到修正为止。”
在此基础上，教皇保罗五世发出指示，把哥白尼的著作列入禁书目录。这虽然不是指全部著作，但却有那些包含了基本论点的书。负责禁书事务的圣主教会议认为，知名占星学家尼古拉·哥白尼有关天体运行的著作应该受到完全的谴责，因为它阐述的地球位置和运动原则是与圣经背道而驰的。他的真正天主教徒式的解释并不是假设式的（这对一个基督教徒来说起码是不能容忍的），他甚至胆敢把这些理论说成是最真实的。然而，因为哥白尼著作中包含了许多对公众有益的东西，所以会议一致决定：“迄今所印制的哥白尼的著作是可以允许的……如果能够按所附的样板加以修订的话……今后无论何时，如果需要再印刷时，不允许有其他形式，必须事先把指出的地方加以修正，并且把这个意见排印在哥白尼的序言之前。”
主教会议就这样对哥白尼的著作作了比当时安·奥塞安德尔大得多的歪曲和篡改。教会通过这种方法遏止了哥白尼学说的传播，但并没有推翻它。此后，哥白尼学说逐渐赢得了人们的信任，人们在天文观测和研究工作中所取得的进展，迫使教会不得不在300年后最终把《天体运行论》一书排除在禁书之列。1822年9月26日，教皇庇护七世批准颁布了一个教令，其中说道：“那些讨论地球运转和太阳静止不动的著作，根据目前天文学家们的一致意见，准予印行。”
此前，尽管有教会的禁令，人们仍然在秘密地传阅伟大天文学家哥白尼的著作。在他的祖国，人们从来没有把他遗忘。18世纪末波兰丧失独立后，哥白尼成为知识界爱国学者的象征，人们把他作为伟大的波兰人加以纪念。扬·希尼亚德茨基为推广哥白尼学说做了大量工作，1781年他发表了颂扬哥白尼的演讲。几年之后又发表了一篇宣传哥白尼的学术论文。这篇论文后被许多国家翻译出版。
公元1802年8月12日，华沙科学之友协会的两名成员——塔德乌什·查茨基和马尔青·莫尔斯基从克鲁莱维茨给希尼亚德茨基写了一封信，信中说：“在我们收集衰亡祖国纪念文物的路上，也寻找到有关哥白尼的文物。我们的发现虽然不大，但我们还是把它收集起来了，一方面是我们有这个愿望，另一方面也是为防止它落入破坏哥白尼作品的那些人手中……”
这是自布罗热克之后，到瓦尔米亚搜集哥白尼文物的第二次科学考察。法国皇帝拿破仑的行动进一步提高了哥白尼的威望。拿破仑在托伦逗留期间曾向哥白尼表示敬意，参观了哥白尼故居，并要求审议会修复保存下来的哥白尼的文物。由于斯坦尼斯瓦夫·斯塔希茨的努力，华沙王国议会决定在托伦建造一座哥白尼纪念碑。议会很快募集到资金，并且举行了奠基仪式，而纪念碑却未能建造起来，因为在维也纳会议之后托伦城已沦为普鲁士管辖。然而，斯坦尼斯瓦夫·斯塔希茨并没有放弃自己的主张，1830年终于在华沙竖起了哥白尼纪念碑，它使波兰人在艰难的被奴役时期想起了自己伟大的同胞。在希特勒占领时期，占领者在哥白尼纪念碑上挂了一个牌子，上面写道：“哥白尼是最伟大的德国天文学家”。虽然有希特勒岗哨在监视着，但这块牌子还是让“灰色队伍”的士兵给摘掉了。
1854年．在哥白尼诞辰400周年的时候，波兰首次在华沙出版哥白尼的著作。这是历史上的第四次出版。第二次是1566年在瑞士巴塞尔出版的；第三次是1617年在阿姆斯特丹出版的。这次出版的波兰文版是由扬·巴拉诺夫斯基翻译的。这个波兰文版本还附有原拉丁文书名、雷蒂克的《初讲》、哥白尼关于货币的论文及其他一些短小的文章。正是巴拉诺夫斯基把奥塞安德尔的歪曲和篡改从哥白尼的著作中剔除出去了，从此世人才真正看到哥白尼当初交到出版商手里的原著。哥白尼的手稿也几经波折，起初为雷蒂克所有，雷蒂克死后又几次易手，最后于17世纪末落到布拉格的一家图书馆。1953年，这份手稿被归还波兰，目前收藏在雅盖隆图书馆里。
即使在哥白尼学说处境最困难的时期，哥白尼那不平凡的智慧也受到充分肯定。哥白尼一直被看做是杰出的数学家和天文学家，但是因为他的学说和圣经的几个段落相矛盾，所以没有被承认。当然，从后来的研究结果看，哥白尼的观点并不全部是正确的，他的后继者们对他的学说做了许多补充和修改。但是，哥白尼理论中最重要的部分，经过反复多次研究和观测，仍然证明是完全正确的。