丹蒂谢克是哥白尼的上司，凡知道丹蒂谢克曾是一位杰出的人文主义者的人，都认为他是哥白尼著作的保护人，并且希望他能担起出版这部天文学著作的义务。事实上，外人并不了解这位主教与哥白尼之间发生的冲突，也不了解这位不久前还不承认教条的人文主义者已经转到机会主义和保守主义立场上去了，正在仇视无拘无束的自由思想。
在瓦尔米亚和普鲁士呆了两年多之后，雷蒂克在1541年初秋返回威丁堡。启程前，为了感谢阿尔布雷希特大公在普鲁士给他的热情接待以及在德国名人面前对他的举荐，雷蒂克把自己在弗龙堡逗留期间绘制的普鲁士及其几个邻国的地图，以及手写的关于地图绘制术论文寄给了阿尔布雷希特大公。在寄给阿尔布雷希特大公的信中，雷蒂克还向他推荐了哥白尼的著作。雷蒂克写道：“同样，借助可尊敬的伟大学者尼古拉·哥白尼博士先生令人赞叹的著作，我们将能准确计算时间和一年的长度，还可以了解太阳、月亮和所有星球是怎样运行的……”
毫无疑问，这张地图反映了哥白尼所掌握的绘制地图知识。这张地图是雷蒂克在哥白尼监督和帮助下绘制的。哥白尼在这方面很有经验，他已经几次给普鲁士绘制地图了。为了对获得这张地图、制图仪器和地图绘制术论文表示感谢，阿尔布雷希特向雷蒂克回赠了礼品。在欢送宴会上，一位大公针对哥白尼和雷蒂克说了这样一句玩笑话：“当心，葡萄酒会从酒罐中撒出来！”这明显暗示雷蒂克在宴会上所宣传的哥白尼有关地球旋转的学说。由于雷蒂克的机敏，哥白尼从前的敌人——阿尔布雷希特大公竟然成为哥白尼学说的庇护人。
雷蒂克满怀希望地回到威丁堡，相信他老师的学说不久就会传遍全世界，所有人都会把他最近揭示和传播的理论看成是永恒的真理。然而，出乎意料，他遇到的却是令人痛心的失望。他发现人们对他在《初讲》中所阐述的思想并未表现出热情，有时甚至持敌视的态度。德国信仰新教的地区对哥白尼的学说及其宣传者采取敌视态度，是受路德教领导人马丁·路德和菲利普·梅兰希顿的影响。在1541年10月16日，梅兰希顿这样写道：“某些人以为，像那个萨尔马特人天文学家那样，制定一个推动地球和遏止太阳的荒谬理论是很有意思和合适的。确实，聪明的统治者应该容忍无才者的轻率……我们的眼睛告诉我们，天在旋转……然而，这里有人，或者出于好奇，或者想拿自己的天才进行投机，正在捉摸地球的运动……”为了证明自己是有道理的，梅兰希顿引用了圣经上的话。“在第一章就宣告：‘大地常在，太阳升起，太阳落下’，我们深信，上帝的话引导我们通向真理，我们绝不允许那些以为把混乱引入科学就会使自己的天才受到赞扬的人来蒙骗我们……”
马丁·路德也说了类似的话，雷蒂克不能在威丁堡大学宣传自己老师——哥白尼的观点，甚至在他担任了人文学系主任的时候也不能。路德教严厉的检查制度使他感到无法容忍，于是便不顾梅兰希顿的劝阻，毅然决定离开威丁堡到其他地方去。雷蒂克宣传的哥白尼学说得到威丁堡大学数学教授伊拉兹姆·莱因霍尔德一定程度的理解。
几乎在同一时期，哥白尼的工作赢得了克拉科夫学院学术界的好感。1542年9月27日，布科沃的艾伯特·卡普里努斯在致塞缪尔·马切约夫斯基主教的信中这样写道：“相信您的英明会恩准我支持和关心克拉科夫最引以为自豪的那些学科。因为该城以出了一些天才人物而驰名，这些天才把这些学问传播出去，并使之放射光彩……许多知名的人物正在德国教授他们从克拉科夫学院学到的数学知识，在有名望的人中我荣幸地列举瓦尔米亚的神甫尼古拉·哥白尼，他曾经在克拉科夫学院学习，他写的数学著作令人赞赏，甚至已经在准备出版。他的知识首先是从我们这所大学学到的，这所大学是他最早的知识源泉。这一点连他自己也承认，说一切都要感谢我们学院……”毫无疑问，这是一个明显证据，证明哥白尼直到死都承认，克拉科夫学院在他受的教育和他科学观点的形成中起了决定性作用。
威丁堡知识界对雷蒂克宣传的哥白尼学说采取的不支持态度并没使雷蒂克气馁。当他明白在威丁堡无法出版老师的主要著作的时候，便毅然离开威丁堡到了纽伦堡，在纽伦堡他有许多朋友。然而，在那里他同样是失望，因为绍内尔也对哥白尼采取了不支持的态度，甚至怀疑哥白尼抄袭了他出版的列告蒙坦的《三角学》中的内容。因为恰好在同一时期雷蒂克在威丁堡出版了哥白尼有关三角的论文，绍内尔并不了解，哥白尼在自己的教学研究中得出了一些与列告蒙坦一致的结论，哥白尼事先根本就不知道列告蒙坦的那本著作。在这种情况下，雷蒂克不再指望绍内尔帮他联系出版事宜。从这时开始，这两位学者之间的友谊宣告结束。
最后，雷蒂克把哥白尼的手稿交给了纽伦堡的出版商扬·佩特赖乌斯，他开始筹备印刷。雷蒂克在纽伦堡只是短暂停留，解决好同出版老师著作有关的问题之后就到莱比锡去了，在莱比锡当时很有名气的大学担任教授职务。离开纽伦堡后，他对哥白尼著作的筹备出版工作自然也就无法施加影响了；可等他再回去时，发现出了问题，但要改正已经为时过晚。雷蒂克在莱比锡讲授数学的时候，出版哥白尼的著作问题由安德烈·奥塞安德尔直接负责，他以前曾经建议哥白尼按他的主张出版，把书中阐述的理论仅仅作为一种假设。正如我们所知，哥白尼当时就拒绝了奥塞安德尔的建议。而这次，奥塞安德尔利用雷蒂克不在场的情况，不顾哥白尼的反对立场，强行按自己的意愿篡改了哥白尼的原著。首先，他把书名《运行》改为《天体运行论》，同时用自己名为《谈谈本书的假设》的序言取代了哥白尼致教皇保罗三世的一封信。奥塞安德尔随心所欲地伪造和篡改哥白尼的思想。他将哥白尼的论断说成是虚无的假设，与事实毫无共同之处，并对其任意加以批判。奥塞安德尔在序言中写道：没必要让这些假设都是事实或者接近事实，只要它们如实地反映了观测结果就行了。只有对几何学和光学缺乏了解的人才会认为金星本轮是可信的……这部学说中还有其他一些同样荒谬的东西。因为十分明显的是，这部学说完全或者根本就不知道运动表面平衡的原因……为此我们可以说，旧学说中的这些新假设，丝毫也不比旧的更可信；相反，它们是令人惊奇的和粗浅的。不仅奥塞安德尔，甚至连印刷匠也毫无顾忌地加以篡改，而这一切都是得到佩特赖乌斯所允许的。他们在出版哥白尼著作时不想得罪梅兰希顿和路德，于是便按照梅兰希顿的天文学观点篡改哥白尼的文章。当时哥白尼离这里很远，并且已经被重病撂倒，而雷蒂克正在其他城市寻找幸福。哥白尼的著作出版后，雷蒂克便离开德国到世界各地周游，最后在克拉科夫定居，并成为那里的一位著名人物。
这期间，饱经风霜、备受折磨、将近70岁的哥白尼在1542年深秋得了一种致命的疾病。处于瘫痪和绝望状态的哥白尼在雷蒂克赠给他的一本书上写了这样几句话：“生命的短暂、思想的迟钝、麻木的粗心和徒劳的忙碌使我们无法获取更多的知识。而我们所知道的东西，随着时间的流逝也在逐渐忘却了……多么可憎和可怖的忘性啊！”
哥白尼作为一位医生，知道自己的病好不了，便决定把自己的神甫职位交给自己的外甥扬·洛伊特施，让他提前当了修士。
哥白尼的健康状况一天天恶化，康复的希望也日益渺茫，他的生命已经不长了。
正值哥白尼的著作印制完成时，塞巴斯蒂安·库什来到纽伦堡为德皇卡罗尔五世采购科学书籍。于是他就在结束印刷的1543年3月21日买下了哥白尼这本提出不同观点的著作，并把它寄给了皇帝，同时附上一封信。信中这样写道：“尼古拉·哥白尼是一位数学家，他撰写了六卷关于天体运行的书，这些书最近刚印完……我决定把它们给阁下寄去，因为我知道皇帝阁下是数学爱好者，看看并了解一下这位作者的意见和幻想是蛮有趣的……”
由此可见，这部天才著作出版后的首批读者中就有一位皇帝，人们把这部著作当做一种有趣的科学幻想推荐给他。首批读者中也有哥白尼的朋友们以及许多其他杰出人物。雷蒂克和佩特赖乌斯把这部刚出版的著作寄给那些焦急等待着这部书的人。有几本传到了瓦尔米亚，收到这部书的是蒂德曼·吉斯和耶日·唐纳。唐纳直到最后时刻一直很关心哥白尼，然而他却没有急着把这部书送给已经奄奄一息的作者。哥白尼在生命的最后一天用冰冷的手捧着自己的著作。那一天是1543年5月24日。哥白尼死于脑溢血和右半身瘫痪，几天前他已经失去知觉，丧失了视力和听力。哥白尼死的时候，蒂德曼·吉斯不在身边，他当时正在克拉科夫参加齐格蒙特·奥古斯特的结婚大典。7月26日，吉斯在致雷蒂克的信中写道：“哥白尼到去世的那一天才看到自己的完整著作，随后结束了最后一息。完全可以把这部著作视为他逝世前出版的，因为年份是对的，而印刷者又没填写印完的日期。”
哥白尼被安葬在弗龙堡的大教堂里，但具体地址并不清楚。据多方面推测，他的遗体可能埋在他生前主持过的祭坛下面，可惜不知道哪一个祭坛是他生前主持过的。哥白尼的墓碑是40年后由瓦尔米亚主教马尔青·克罗默主持建造的，当时哥白尼的亲人对他的记忆早就淡漠了，而哥白尼生前的朋友也早已全部去世。
哥白尼生前把自己收藏的大约40本书送给了神甫会图书馆，医学书交给了利兹巴克的主教图书馆，其中的几本送给了费比恩·埃默里奇医生。关于哥白尼的遗嘱我们只知道一点：他把一定数量的钱留给了自己外甥女里贾娜的七个孩子。6月1日，神甫会把哥白尼居住的塔楼以30格利夫那的价钱卖给了阿哈希·特伦克神甫，而哥白尼的住宅则被耶日·唐纳神甫用100格利夫那买去。
甚至在哥白尼去世以后，仍在纠缠安娜·希林的问题。按照丹蒂谢克主教的旨意被驱逐的安娜·希林，听到哥白尼病重的消息后又返回弗龙堡；后来获悉哥白尼病故的噩耗后，再次回来。
此后，安娜·希林——这位在哥白尼生活中占有位置的唯一的一位女性便销声匿迹了。
哥白尼在世时以及他去世后的几十年中，他的学说只赢得了为数不多的拥护者。虽然他的成就和计算结果已经被别人所采用，但他的日心说却没有得到承认。哥白尼去世后，蒂德曼·吉斯曾竭力经管他的著作问题。吉斯不同意出版者那种明目张胆的篡改，出版中大量的错误也使他无法容忍。他在寄给雷蒂克的信中说，他已经要求纽伦堡市议会惩罚有罪之人，并强迫出版者改正错误，恢复原著的本来面目。
佩特赖乌斯把哥白尼的著作当做一笔有利可图的生意，他不愿再冒风险去做什么修改，再说他排印的这种说法是符合菲利普·梅兰希顿的主张的。仅仅在尚未售出的那部分书里添加了一个勘误表，用来更正由于疏忽所造成的印刷错误。这本书的价格十分昂贵，据史料记载，莱比锡大学人文学系花了28杜卡特和6芬尼买了一套《天体运行论》。