对哥白尼有重要影响的卡利马赫是来自意大利首都罗马的侨民，他担任过波兰国王卡齐米日·雅盖隆奇克几个儿子——扬·奥尔布拉希特、亚历山大、弗里德里克和齐格蒙特的拉丁文教师。在1471年他进入王宫任教时，为王子们带去了新的人文主义思想。王子们的另一位老师——扬·德乌戈什是波兰伟大的历史学家，他虽然摆脱了一些思想偏见，但仍代表着中世纪的世界观，这和卡利马赫代表的新世界观刚好是针锋相对和格格不入的。虽然两位教师互相敬重，但也发生过尖锐的观点对峙，正是这样两个对立的人物造就了王子们的观点。哥白尼在克拉科夫学院学习期间，正是卡利马赫十分得势的时候，因为他的学生掌管国家政权使他的成就和影响达到顶峰。卡利马赫是当时波兰最著名的人文主义者之一，他除爱好科学和艺术外，也对政治感兴趣。国王发现这一点后，把他调到国王办公厅，让他当了自己的顾问。
对哥白尼影响最大的莫过于克拉科夫大学的数学和天文学教授——布鲁泽沃的沃伊切赫。这位沃伊切赫堪称杰出的学者和人文主义者，他唤起了哥白尼对天文学终生的兴趣。正是这种兴趣导致哥白尼发现了地球围绕太阳旋转这一伟大真理。沃伊切赫不仅是学者和人文主义者的典范，也是富有公民道德、爱国主义和其他各种美德的楷模。这位优秀人物影响了哥白尼的整个人生，是他最早在年轻哥白尼的心灵深处播下了“怀疑”的种子，使哥白尼敢于怀疑当时普遍公认的准则。而正是这种怀疑进一步激励哥白尼实现具有划时代意义的发现。
当时的时代非常需要天文学家。教会需要天文学家准确地计算所有不固定节日在具体年份的准确日期，需要编制日历和从事异常繁杂的时间统计工作。王宫大公和各权贵的官邸几乎都需要一位占星学家，而这种角色通常是由天文学家来充当的。
与占星学和数学密切相关的天文学专业在克拉科夫大学有着悠久的历史，许多外国学生怀着浓厚的兴趣在这里学习天文学。克拉科夫大学天文学专业之父马尔钦·克鲁尔，在1459年私人出资创办了专门的占星学系。他同天文学家耶日·普尔巴赫过往甚密。当时，国外开设类似专业的大学为数很少。克拉科夫大学培养的天文学者在国外也颇受欢迎。15世纪下半叶，意大利博洛尼亚大学的天文系就有五位来自波兰的教员，其中有一位兼任匈牙利王宫的占星学家。
在克拉科夫大学占星学系任教的布鲁泽沃的沃伊切赫是当时欧洲最著名的天文学家之一，他也是克拉科夫大学培养出来的。他于1468年进入大学学习，六年后在人文学系毕业，毕业不久就开始了他的教学活动。他的名声吸引了很多渴求知识的波兰青年和外国青年。他擅长把学生的数学爱好同天文学以及人文主义结合起来。他的兴趣并不限于所教授的专业，他还是一位视野开阔、知识渊博的学者。他富有特殊的教学天才，讲课十分精辟、明了、易懂。哥白尼是他最得意的学生，他的话给了哥白尼极大的启发，使哥白尼对当时人们普遍信奉的理论和准则产生了怀疑。月亮的轨道并不像以前人们说的那样圆，它实际是椭圆形的——这项异常重要的发现就是这位沃伊切赫的功劳。他向学生讲授说地球的卫星总是用一个面对着地球，这是他对月亮进行多次观察得出的结论。哥白尼离开克拉科夫以后，仍然同沃伊切赫保持着通信往来。沃伊切赫的信使哥白尼备受鼓舞，哥白尼提出来的新想法也得到老师的肯定。沃伊切赫老师无疑早就发现了这位在专业学习上博采众长、具有特殊洞察力的学生。
哥白尼如饥似渴地听了沃伊切赫老师讲授的全部课程，积极参加各种学术讨论会，并发表过令人瞠目的不同见解，对已知天文现象作了别出心裁的解释。1493年，他同自己的老师一起观测了两次月食和一次日食。从那时起，哥白尼就踏上了创建自己理论的征程。
哥白尼的天文学知识不仅仅是通过听老师讲课和阅读课外辅导材料获得的。阅读古典作家的作品，也丰富了他的天文学知识。在克拉科夫学院学习期间，哥白尼广泛阅读古典文学作品。爱好文学在15世纪初就已成为克拉科夫学院的一种优良传统，哥白尼就读时期，语言学成为热门。大学生可在课堂上了解一些古典作家，而更多的古典作家则是在大学之外，从人文主义者那里得知的。大学生宿舍里流传着一些最优秀文学作品的手抄本。连讲授精密科学的教授也对人文主义产生了浓厚兴趣。
不止一位古典作家以文学形式隐晦地提出：太阳是行星体系的中心，其他所有行星，包括地球，都围绕着太阳旋转。亚里士多德在自己的书信中也提到其他一些不同的天文学观点。哥白尼深入学习了托勒密的一篇论文，这篇论文综合地阐述了有关天体运动的知识。尽管他对托勒密的著作十分尊重，但还是发现许多矛盾，尤其是地球中心说更是漏洞百出。这个学说认为，地球处于宇宙的中心，其他所有行星和太阳都在围绕地球旋转。这种理论不能使哥白尼信服，大学老师的启迪，使他加深了这种疑虑。他阅读过的古典作品中曾提出，对行星的运动还有不同于托勒密学说的其他解释。为了解开萦绕在心头的这个谜团，哥白尼明白必须深入学习，而首先需要认真观察、测量和积累经验。哥白尼生活的时代，刚好存在一种对问题进行怀疑和探索，以便修正或推翻现行学说的气氛。
1495年上半年，哥白尼离开克拉科夫，回到住在瓦尔米亚的舅舅身边。当时在人文学系初级阶段的学习已经结束了，由于种种原因他没有继续学习。哥白尼带着丰富的知识和对国家大事的深入了解，回到了瓦尔米亚。这时他不只年龄增加了四岁，而且也成了一位成熟的人文主义者，已经能够为舅舅出谋划策了。也许舅舅已经把他当作了自己主教事业的继承人。不管怎样，舅舅希望哥白尼兄弟俩能够继续深造，他愿为此提供物质保证。在筹措学习经费方面，舅舅作为一名主教，有很大的活动余地，他可以先让两位外甥担任瓦尔米亚主教区的神甫，然后经神甫会同意就可以得到神职人员的固定收入。在两兄弟中，安杰伊首先当上了神甫，两年后他也到意大利上大学，而那时哥白尼已经在意大利学到了不少有关宇宙的知识。当初，哥白尼争取当神甫的努力遭到挫折。本来有一名神甫去世了，神甫会有一个空缺，舅舅为争取这个席位做出了很大努力，却未能成功，因为刚好就在这个月教皇派人占据了这个席位，直到1497年查诺夫神甫去世后，才为哥白尼空出一个神甫席位。
正是主教舅舅的恩惠才使哥白尼获得了神甫职位，但这件事并未损害哥白尼自身的声望，因为任人唯亲、搞裙带关系已成为当时普遍盛行的现象。不仅神甫，就是教会的最高机构里也有许多人是靠亲戚关系才得以谋得职位的。这种现象在意大利尤为盛行，枢机主教们不止一次地把主教和红衣主教的头衔授予自己的私生子。后来，这种现象逐渐在教会中引起不满和愤慨，并成为宗教改革派手中的重要把柄。