公元1506年秋，瓦尔米亚的神甫、法学博士尼古拉·哥白尼回到了弗龙堡神甫会。差不多在同一时期，哥白尼的哥哥安杰伊也带着博士学位从罗马回到波兰。兄弟俩把自己在国外的学习情况向神甫会作了详细汇报，并出示证据说明作为享受助学金者自己履行学习义务的情况。不久，他们又到利兹巴克拜访了担任瓦尔米亚主教的舅舅，对舅舅多年的关心和帮助表示了衷心感谢。现在他们已经是能够完全自立的人了，他们的物质生活条件不错。担任神职的收入，不仅可以满足各种生活需要和正当的娱乐需求，还能有些积蓄。为了向慷慨的舅舅表示感谢之情，他们知道应该还债了。瓦兹洛德舅舅需要的并不是钱，而是信得过、忠诚和富有才智的顾问。舅舅的选择目光从一开始就落到了哥白尼身上。舅舅对哥白尼的评价比较高，很信任他。
乌卡什·瓦兹洛德主教向弗龙堡神甫会提出自己的希望，希望解除他在主教区首府坐班办公的义务，并要求任命尼古拉·哥白尼担任他的随从神甫和医生。1507年1月，神甫会通过了有关哥白尼薪俸的决定，因负责主教的健康，他每年可领取15个格利夫那。哥白尼不仅是舅舅的保健医生，同时也是舅舅的秘书、顾问和心腹。舅舅时常把最复杂和最棘手的问题交给他去处理。为瓦尔米亚主教这样高贵的人物担任保健医生，使哥白尼成了王属普鲁士地区最有名气的医生之一。他乐意为所有患者治病，不管其贫富和门第如何。他关心穷人的疾苦，免费为他们看病，有时甚至主动送药给他们。与此同时，也有许多知名人物慕名到哥白尼这里求医。哥白尼作为一名医生的声望已经超出瓦尔米亚地区，甚至也超出了王属普鲁士的疆界。他多次被请到格但斯克和奥尔什丁去给人看病。各式各样的名人、权贵不止一次地向神甫会提出请求，愿意聘用这位医术高超的医生。十字骑士团的前大首领也请哥白尼治过病。哥白尼临终前不久，普鲁士大公阿尔布雷希特一直接受哥白尼的治疗。
在行医期间，哥白尼不断充实自己的医学知识，从他购买的医学书籍中可以看到这一点。17世纪20年代瑞典和波兰战争期间，根据瑞典国王古斯塔夫·阿道尔夫的命令，瑞典人从弗龙堡劫走了哥白尼的大部分医学藏书。哥白尼虽然对医学理论有很大兴趣，但他自己却从来没有撰写过医学论文。留下来的仅仅是他亲手批注和记有一些药方的医学书籍。作为一名医生，哥白尼没有超越他所处时代的限制，他吸收的不仅是当时医学的发展成果，也接受了一些古老的迷信说法。
舅舅乌卡什·瓦兹洛德需要哥白尼做他的医生，但首先是做他的顾问和同事。乌卡什主教是一位有学问的人，同时还是一位成熟的和富有热情的政治家。哥白尼留学回来时，普鲁士的政治局势十分复杂，在这种情况下，瓦尔米亚主教区管理人的处境就更加艰难，他管理的地区对波兰来说无论从经济角度看，还是从战略角度看都是很重要的。
哥白尼回来的时候，瓦尔米亚正处于困难时期。一直觊觎瓦尔米亚的十字骑士团正在寻找机会，企图把它据为己有。当时在瓦尔米亚内部，问题也很复杂。在这种情况下，哥白尼没有太多时间安静地从事科学研究工作，他必须为舅舅出谋划策，帮助舅舅解决各种棘手的政治问题、法律问题和经济问题。
瓦尔米亚原是普鲁士的一部分，反对十字骑士团的13年战争结束后，根据托伦和约于1466年并入波兰。这个地区被称为王属普鲁士，因它直接受波兰国王管辖。它同普鲁士的东部地区不同，东部地区先被称作十字骑士团普鲁士，后称为普鲁士公国，并成为波兰的封地。此后在这块封地上又建立起了一个强大的普鲁士王国。王属普鲁士包括从前的格但斯克沿海区，还包括托伦在内的海乌姆诺地区，以及包括马尔堡和埃尔布隆格在内的维斯瓦河东部流域。在1466年并入波兰以后，该地区仿照波兰的区划分为三个省：沿海省、海乌姆诺省和马尔堡省。但瓦尔米亚仍是一个独特的行政单位，它是普鲁士最大的主教区。王属普鲁士地区的总面积约为2.39万平方公里，其中瓦尔米亚约占4250平方公里。
在哥白尼生活时期，这些地区仍保留有十字骑士团统治的明显痕迹。玛佐夫舍的康拉德大公为了在不信基督教的普鲁士人中推行基督教，在1226年把十字骑士团引进海乌姆诺地区。十字骑士团建立了自己的国家，并成为波兰的危险敌人。14世纪，十字骑士团从波兰手中夺走了格但斯克沿海区和库雅维的一部分，并不断对波兰进行武装袭击。通过欺骗和暴力手段建立了一个强大的军事化国家。它把自己征服的地区划分为四个主教区：波梅扎尼亚主教区、瓦尔米亚主教区、桑比亚主教区和海乌姆诺主教区。四位主教中的每位主教只掌管主教区的三分之一地区，而其余地区归骑士团所有，主教的权利也只是宗教性质的。瓦尔米亚主教区的情况正是这样，只有主教区的一部分归主教掌管，而这一部分又作了进一步的划分：主教本人管辖三分之二，其余的三分之一由神甫会管辖。瓦尔米亚神甫会是在1260年成立的，从1279年起就不受世俗裁判和主教裁判权的约束，并且被免除了各种兵役、劳役和其他负担。因为神甫会对其管辖地区的权利和主教对其管辖区的权利一样，因此瓦尔米亚主教和神甫会之间不止一次发生有关职权范围的争执。骑士团的武装魔爪不仅笼罩着宗教事务，也笼罩着普鲁士的各个城镇。
瓦尔米亚的神甫们总是用羡慕的眼光看着波兰，那里的自由正在不断扩大，国王赋予教会很多特权，也关心各城镇的情形。瓦尔米亚的神甫和他们的主教渴望获得教会在波兰所享有的自由。早在十字骑士团统治时期，他们就渴望获得自己选举瓦尔米亚主教和安排神甫会人选的权利，而骑士团则希望取缔瓦尔米亚主教们的特殊地位，使他们完全听命于自己。正是在这种情况下，骑士团的骑士们和瓦尔米亚的主教以及神甫会之间不断发生冲突。因此神甫会对骑士团不满，而随着时间的推移，甚至产生了敌对情绪。在格伦瓦尔德战役期间，瓦尔米亚神甫会自愿把堡垒交给了波兰军队。在56年之后，瓦尔米亚才加入波兰，而这期间十字骑士团加强了对这一地区的统治，而这激起了瓦尔米亚居民和神职人员日益强烈的仇恨。十字骑士团的过分剥削和压榨在利兹巴克、弗龙堡、奥尔什丁和许多其他城市引起动乱，在农村也出现了骚动。这种形势对神甫会产生了影响，迫使它加入了反十字骑士团的普鲁士联盟。在1454年5月28日，瓦尔米亚神甫会向波兰国王卡齐米日·雅盖隆奇克进贡，并宣誓效忠波兰国王。在13年战争期间它和波兰军队联合行动，从十字骑士团的奴役下解放了普鲁士。根据结束13年战争的《托伦和约》，1466年，瓦尔米亚正式同波兰本土合并。