当哥白尼来到舅舅身边时，正是这位雄心勃勃的地区管理人不顺利的时候。瓦尔米亚像一座半岛一样，三面被十字骑士团国家所包围。而来自十字骑士团的威胁明显加剧了，骑士团的大首领弗里德里希·萨斯基破坏《托伦和约》的规定，拒绝再向波兰统治者宣誓效忠，并要求把王属普鲁士并入骑士团领地。在这期间，罗马—德意志国王，即后来的皇帝马克西米连一世也企图把格但斯克和埃尔布隆格的司法权和税收权交给德意志帝国掌管。
普鲁士的内部形势动荡不安，公共秩序很乱，行政管理杂乱无章，政权软弱无力，出现了普遍的社会危机。波兰货币和普鲁士货币之间的比价没有正式确定，这影响了经济发展，导致市场紊乱。更有甚者，十字骑士团大首领仿效其他统治者，开始制造假货币，将含金量不足的货币投放市场，排挤了格但斯克和托伦制造的正规货币。国王扬·奥尔布拉希特原想在普鲁士实行改革，但他在1501年时早逝，结束了短暂的统治，未能来得及实施自己的想法。他的兄弟——王位继承人亚历山大·雅盖隆奇克也有类似愿望。普鲁士各界因担心派驻当地的钦差大臣的权限会进一步扩大，也期望改革。正是在这种情况下，普鲁士各界和瓦兹洛德主教拒绝向新登基的国王宣誓效忠，他们要求新国王亲自到普鲁士去改革内部关系。与国王的谈判一直延续到1504年。
从1503年起，哥白尼亲自经历和目睹了这一切。
最后几年，瓦兹洛德主教的态度和他所处的形势不断发生变化。1489年，与国王卡齐米日·雅盖隆奇克的愿望相反，瓦兹洛德在主教区首府弗龙堡就任瓦尔米亚主教，后来他把官邸设在利兹巴克。国王一直在寻找机会除掉他所不喜欢的这位主教，然而瓦兹洛德是一位很精明的政治家，他从不给国王以任何可乘之机。他推行的政策也是符合波兰和波兰统治者利益的。他继承了自己家族反抗十字骑士团的传统，这使十字骑士团对他十分痛恨。为了向他报复，十字骑士团在罗马教廷对他进行诬陷，从此切断了他向更高一级神职晋升的道路。
瓦兹洛德主教和波兰国王之间的不和一直持续到国王去世才得以结束。主教的朋友扬·奥尔布拉希特的短暂统治以及他想把十字骑士团转移到波多朵耶去的主张的破灭，导致瓦兹洛德改变了政策。扬·奥尔布拉希特在世时，当摩尔达维亚远征失败之后，瓦兹洛德就偷偷地同十字骑士团开始谈判。他甚至假装支持大首领弗里德里希·萨斯基大公的这种愿望，即通过外交途径摆脱作为波兰领地的地位并恢复对王属普鲁士的统治。他想借助十字骑士团，在十字骑士团的庇护下，在自己教区进行改革；而十字骑士团则必须支持他争取晋升红衣主教的努力。与此同时，他还不想同波兰脱离关系，所以还得继续唱反对十字骑士团的调子。但十字骑士团一直把瓦兹洛德主教看成是他们的仇敌。瓦兹洛德主教同卡利马赫一道提出的把十字骑士团引诱到波多利耶的想法，是骑士团不肯原谅他的主要原因。
我们不知道哥白尼怎样看待主教对十字骑士团态度的变化，但从哥白尼后来的言行可以看出，他没有称赞舅舅的这一行动。哥白尼和舅舅一道参加了反十字骑士团的活动，这使得十字骑士团从哥白尼出现在利兹巴克的头几年就开始注意他。冯·艾森贝格尔在一篇嘲讽瓦尔米亚主教的文章中丝毫也没放过嘲讽主教的这位外甥。普鲁士和瓦尔米亚主教面临如此艰难、复杂和危险的形势，只有波兰国王亚历山大·雅盖隆奇克有能力加以解决。国王加冕已经三年了，普鲁士各界一直期望着他的到来，以便在普鲁士向他宣誓效忠，这样可顺便让他解决一下各种急迫问题。普鲁士各界希望把这次会见搞得尽可能隆重，使国王满意，以便从国王那里争取到尽可能多的东西。而拖延宣誓效忠的仪式，对当事人自己可能是危险的。瓦兹洛德主教在这里起了首要作用。正是在这个时期，哥白尼开始了自己的公务活动，他在舅舅身边了解到有关这些问题的一些秘密。他熟悉了自己开展活动的地区，知晓了这个地区存在的问题，也懂得了怎样运用自己在大学所学到的知识。波兰贵族议会制的发展，要求更多地了解法律、行政原则和管理机关的职权范围，以及处理问题的方法。哥白尼在大学学的虽然是教会法，但不仅适用于宗教活动，也有助于处理世俗事务。
1504年的新年，哥白尼是伴随舅舅和神甫扬·斯库尔泰蒂在一起度过的，他们参加了在马尔堡市政厅举行的普鲁士各界代表会议。随后的两个月，哥白尼参加了紧张的迎接国王的筹备工作。当时整个普鲁士，甚至整个波兰都注视着哥白尼的故乡——托伦，因为国王来访的主要仪式都在那里举行。1504年3月21日，瓦兹洛德主教从利兹巴克来到托伦，哥白尼为督办筹备工作提前到达托伦。国王亚历山大·雅盖隆奇克偕夫人——海菜娜王后于4月2日来到托伦。
随后，国王用两个月时间巡视了王属普鲁士，并接受居民的贡礼。哥白尼参与了国王的全部巡视活动。5月12日，国王和王后的巡视开始。巡视路线经马尔堡到埃尔布隆格。国王和王后出游六天后抵达埃尔布隆格。这支前呼后拥的大队伍行动缓慢，受到沿途居民的热烈欢迎。在埃尔布隆格举行了盛大的欢迎仪式，市议会和全体居民一道迎接国王。哥白尼来到埃尔布隆格后不得不处理一些其他事务。5月20日，哥白尼和瓦尔米亚主教办事处主任帕维尔·多伊泰瓦尔德一起参与审理了埃尔布隆格市民菲利普·霍尔凯内尔和妻子卡塔日娜的案件，这次审判在古城圣尼古拉教堂举行。哥白尼作为教会法律专家，是这次审判活动中的权威人物，扮演了法官和顾问的角色。第二天他同舅舅一起去格但斯克，目睹了6月2日市民向国王进贡的情景。这一期间，哥白尼同主教一起去了马尔堡城堡，并参加了6月11日至7月2日在那里举行的会议。国王向普鲁士议会提出了向普鲁士派遣一名王国常驻代表的问题。会谈结果决定派谢拉兹省长安布罗斯·帕姆波夫斯基担任这一职务，同时也兼任马尔堡执政官。这个常驻代表不是由王国直接派来的，而是由其他地区的人出任，这可能是激烈地讨价还价的结果。
伴随国王和一些杰出的政治家巡视王属普鲁士，使哥白尼有机会直接接触该地区的最重大问题，并了解它们的解决办法。这三个月，哥白尼了解到王属普鲁士的重要法律和制度情况，也明确了全国的利益所在。这使他认识到同波兰保持和加强不可动摇的联系是重要的，而且是必要的。从普鲁士最大城市居民的进贡活动中，哥白尼看到了波兰国王的威望。1504年底，哥白尼参加了普鲁士各界代表大会和其他各种会议，这些会议讨论了国王的访问结果，并且制订了今后的政策和行动方针。从此之后，哥白尼多次参加此类会议，成了普鲁士各地区和各城镇代表之间讨论和争吵的见证人。