拿破仑远征埃及的最终目的是极为保密的，连拿破仑手下的高级官员也只有少数人知道。督政府对于这次军事行动的目的更是讳莫如深，他们一直对外宣称这支远征部队是法国英吉利方面军的左翼，他们要经过直布罗陀海峡，绕过西班牙攻打英国。英国错误地认为法军要在爱尔兰登陆。因此，英国的舰队在直布罗陀海峡严阵以待时，拿破仑已经率领着舰队奔向马耳他了。
马耳他岛位于地中海中部，是大西洋通往地中海东部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。1798年6月10日，法国舰队抵达该岛，拿破仑以“舰队有权进入中立海港获取淡水”的理由要求上岛，但是这个请求遭到了马耳他守军的拒绝。拿破仑立刻以正当理由遭到拒绝为由发起进攻。驻守该岛的耶路撒冷圣约翰骑士团只做了些象征性的抵抗便投降了。拿破仑宣布此岛为法兰西共和国领土，并废除了圣约翰骑士团，没收了他们的土地，建立了新政府。6月19日，法国舰队离开该岛，同时留下4000名法军据守马耳他，以确保地中海法军的航运能够畅通无阻。
6月30日，法国舰队顺利到达亚历山大港附近的埃及海岸。拿破仑派出一艘巡洋舰前往亚历山大港侦察。不久，这艘巡洋舰就从亚历山大港返回，并带来了法国领事马嘉隆。从这位领事口中得知：在法军到达亚历山大港前48小时，纳尔逊率领英国舰队就已到了这里，并到处打听拿破仑的动向。得知这一消息之后，拿破仑极为不安。
拿破仑害怕纳尔逊会随时回来，决定立即登陆。此时海面波涛汹涌，狂风大作，天气极其恶劣。海军司令为了安全起见，主张再等几个小时登陆，他断言几天之内纳尔逊是不会回转的。但是遭到拿破仑的严词拒绝，他说：“时间紧迫，命运只给我3天时间，如果我不充分利用，我们就失败了。”海军司令不得不发出全体登陆的信号。
7月2日凌晨1时，法军踏上了埃及土地。3时许，拿破仑亲自率领3个师向亚历山大港出发。几个小时后，亚历山大港便落入拿破仑手中。
6天之后，拿破仑命克莱贝尔为当地和全省司令官，率约9000名卫戍部队留守亚历山大，自己则率其余军队向开罗进发。
这是一年中最炎热的季节。全军要在几乎是无水的沙漠里作长达60公里的行军，浩瀚的沙漠烤灼在直射的骄阳下，水成了最珍贵的东西。离家躲避战乱的居民，临走时往井里下了毒或将泉水掩盖起来。法军没有准备热带服装，甚至连水壶也没带，部队渴得要命，可除了令人恶心的咸水塘外，找不到任何解渴的东西。黄沙的灼光减弱了大多数人的视力，许多人因此而失明，路途中不见人踪兽迹和草木，只有阿拉伯骑兵神出鬼没，不时地袭击掉队的法军。官员们第一次真正认识到这场战争的艰苦性。士兵们怨声载道，无法忍受这恶劣的环境，就连缪拉和拉纳这样英勇无畏、久经考验的将领也忍不住发起牢骚，他们愤怒地把帽徽踩入沙中。唯有拿破仑一人超然于这一切灾难之上，他是下了决心要把这场战争进行到底。
尽管整个部队疲惫不堪，但部队每到一个城镇都不得有一分钟的休息，拿破仑的目标是继续行军，立即挺进开罗。法军入侵的消息传到开罗，开罗张灯结彩，贝伊们和他们的将军们发出一阵阵欢呼声，他们把法军视为“待切的西瓜”，并保证每个马穆鲁克将带回成百颗人心。于是，穆拉德贝伊率领2000名马穆鲁克、2000名土耳其步兵和60艘船的小舰队从开罗出发。
7月13日夜间，拿破仑率军沿尼罗河左岸向南进发，同时由卑雷指挥的一支法国舰队也沿河上驶。拂晓时分，法军抵达肖布腊克希，在这里遇上了穆拉德贝伊率领的马穆鲁克骑兵团。拿破仑立即将他的每个师都组成方阵。方阵里刺刀林立，寒光逼人。方阵的四角都设有火炮。为了能与河上的舰队保持接触，其中一个师的方阵紧靠尼罗河。
面对法军方阵厚密的刺刀，马穆鲁克骑兵毫无惧色，他们喊叫着，发起了勇猛的冲击，但很快就遭到法军枪弹和炮弹的还击，不得不败下阵来。马穆鲁克骑兵再次冲锋，但毫无战果，法军的方阵犹如铜墙铁壁一般，纹丝不动。在法军强大火力的逼迫下，马穆鲁克骑兵不得不向开罗撤退。
与此同时，尼罗河上的法国舰队因遭到马穆鲁克舰队的拦截而处境危险。法国舰队的一艘军舰被炸沉，埃及士兵登上了两艘法军帆船，法国士兵经过激烈的拼杀才将其击退。正当法国的败局已定时，法国的一枚炮弹正巧击中了马穆鲁克舰上的弹药库，整个军舰顿时灰飞烟灭，敌军大乱，法国的舰队终于转危为安。
战斗结束后，拿破仑立即发动追击。尽管天气酷热，法军还是兼程挺进。7月20日黄昏，他们到达了尼罗河的分叉点，这里距开罗仅15公里，排列整齐、雄伟壮观的金字塔就在眼前。正当大家面对金字塔赞叹不已时，拿破仑登上了一个山坡，他发现马穆鲁克兵早已在尼罗河两岸严阵以待，左岸上是穆拉德贝伊军，右岸上是易卜拉欣贝伊军。
7月21日凌晨2时，金字塔群附近的开阔地带旌旗蔽日，杀气腾腾，穆拉德军与法军都摆开阵势，准备决一雌雄。一场著名的金字塔大战开始了。
马穆鲁克一方的中央是精锐的骑兵军团，由12000名骑士组成。骑士们个个身穿白袍，头插羽毛，手中的刀剑、长矛闪闪发光。骑兵军团的右翼是2万名土耳其人和阿拉伯人组成的步兵军团。他们的阵地上构筑着一道道土垒，土垒后面设置着40门旧式大炮。骑兵军团的左翼是几千名阿拉伯游牧部落士兵，他们有的徒步，有的骑马，有的骑骆驼，服饰和武器杂乱无章。
拿破仑仔细观察敌阵和周围地形，很快发现了马穆鲁克军的几个弱点：骑兵军团的队列十分松散，步兵军团更是混乱不堪；土垒非常简易，不足以阻挡步兵的攻击；铁炮安置在无法移动的海军式炮架上。拿破仑观察完毕，便对各师团下达具体作战方案，5个师摆成5个作战方阵，面向敌军一字排开。拿破仑24000人的军队形成了一道不可逾越的刺刀的城墙。
上午11点左右，一阵阵战鼓声和军号声响了起来。法军狄舍师团首先向前缓缓移动。几分钟后，其他几个师团也迈步前进。
看到法军方阵逐渐逼近，穆拉德贝伊的脸上露出轻蔑的冷笑。他拔出战刀，在空中划了一个弧形，大声叫道：“勇士们，真主保佑我们消灭这些可恶的异教徒。冲啊！”刹那间，沙土飞扬，马蹄声大作，马穆鲁克兵发出狂野的呼喊，以排山倒海之势扑向法军方阵。
这时，法军立即停止了前进。法军指挥官命令各方阵第一排士兵卧倒在地，第二排士兵蹲下，第三排士兵直立着。这三排士兵举枪瞄准，后面的士兵则迅速地向前传递装满弹药的步枪。在各方阵前排出现的几个豁口上，乌黑的炮口伸了出来，这是法军的小型机动野战炮。当马穆鲁克骑兵冲到离法军仅500米时，法军指挥官高举战刀的手猛地往下一劈，法军各方阵同时喷射出密集的子弹。
战场上顿时人喊马嘶，枪炮齐鸣。法军的滑膛枪弹和榴霰弹将马穆鲁克骑兵成片地扫倒。不过几分钟，马穆鲁克的骑兵已被大量杀伤。少数骑兵冲得较快，奋不顾身地突入法军方阵，砍倒了几个法军士兵，但随后也都在刺刀丛中丧了命。还有几股骑兵冲进了两个方阵间的夹道里，结果被猛烈的交叉炮火杀死。马穆鲁克兵伤亡越来越严重，而法军方阵却岿然不动。无情的刺刀和轰鸣的炮火迫使马穆鲁克残存的几千骑兵不得不后撤。拿破仑乘势挥军前进，中央的狄舍师团迅速截断了部分敌骑兵的退路，并将他们消灭。左翼的法军很快突入敌步兵军团阵地，毫无困难地越过土垒，夺取了那几十门笨重的大炮。右翼的法军也击溃了部落兵，缴获了数百头骆驼。战败的敌人走投无路，成群地跳入尼罗河中，溺死者无数。来不及跳河的，均遭法军杀戮，顿时尼罗河水被鲜血染得通红。穆拉德贝伊率3000残兵仓皇逃走。右岸上的易卜拉欣贝伊见大势已去，也率军撤往叙利亚。
经过这两个小时的苦战，马穆鲁克兵吓得魂飞魄散，他们称拿破仑为“炮火之王”“上帝之鞭”，从此，拿破仑的威名传遍东方。法军士兵也在这一仗中使远征埃及所经历的千辛万苦得到了补偿。他们从杀死的和溺死的马穆鲁克兵身上搜到了许多值钱的东西，更有一些士兵往往因一具尸体而大发横财。
极度疲乏的法军在开罗得到了大量食物，终于可以好好休息一下了。可拿破仑并没有闲下来，他以充沛的精力立即投入埃及的组织管理工作。他发出多道命令，号召法军严格遵守军纪，尊重伊斯兰教的信仰和当地的风俗习惯，不得骚扰清真寺和当地妇女。拿破仑亲自参加清真寺的礼拜活动，他甚至向阿訇们表示，自己也信仰伊斯兰教，并请他们给自己讲解《古兰经》。经过多方考察，拿破仑决定在埃及各省成立行政、警务、征税等机构。
正当拿破仑致力于重建埃及的政治制度时，突然传来了法国舰队在海上覆灭的消息，拿破仑震惊了。
原来，纳尔逊发现拿破仑的目标是埃及以后，立即调转船头尾随法国舰队而来。8月1日，纳尔逊舰队的瞭望塔终于发现了停泊在阿布基尔湾的布律埃斯舰队。当时，法国舰队在这开阔浩瀚的阿布基尔水域没有充分的防卫设施。当天下午，纳尔逊舰队的14艘战舰载着1000多门火炮，顺风驶至阿布基尔。法国舰队指挥立即发出紧急集合信号，可这时几乎有一半人员还在岸上搜集饮水和给养。纳尔逊判断在法国舰队的停泊线和浅滩之间，必有足够的地方可容英国舰只插进去，于是，他把舰队一分为二，5艘军舰插入法国舰队和浅滩之间，其余舰只则在朝海的一面，沿着法国军舰停泊线活动，从两方夹攻法舰。法国舰队左右两边受到英舰近距离的炮火轰击，只有招架之功，无还手之力。法国海军的骄傲——“东方”号爆炸，全舰将士阵亡，法国舰队几乎全军覆灭。
素以精力旺盛、镇定自若而著称的拿破仑得知这一悲惨消息后，也经不住这突如其来的打击，他脸色发白，悲痛万分。他一眼就估量出这幕惨剧所带来的致命后果：同法国的一切交通都被切断，返回法国的全部希望也随之断绝，除非屈尊向一个不共戴天的敌人投降。
舰队的丧失使拿破仑必须迅速而有效地把埃及组织起来，必须在埃及站稳脚跟，因为法军还要在此地呆相当长的时间。拿破仑那灵活的、爱思索的脑袋似乎有使不完的劲，他毫不迟疑地发出一道道命令和指示，为的是防止与失败俱来的迫在眉睫的危险。
8月21日，拿破仑以法国科学院为模式建立了埃及科学院，蒙日任院长，拿破仑任副院长。科学院的任务就是促进埃及的进步和传播文化。考古学者、地质学者和历史学家从尼罗河到阿斯旺瀑布，考察古代王国的遗迹。科学家、工程师们则研究防治传染病和设计灌溉工程。在总工程师、建筑学家勒佩尔的领导下，他们正在进行苏伊士地峡的水准测量和联结地中海、红海的运河开凿工程。他们扩大谷物的耕种面积，建造大型烘炉和面包房，以解决粮食供应的困难；他们建造啤酒厂酿造土啤酒，以满足部队需要；他们建立铸造厂和制硝厂，以供应机器、工具和火药。所有这一切就是为了使法军不需要依靠欧洲后方而生存下去。