已经习惯了在战场上厮杀的拿破仑在巴黎过了一段时间之后便厌倦了接二连三的宴会生活，他要摆脱这种生活，他要开始新的征程。拿破仑远征的视线渐渐地注视到了英伦三岛，他日夜计划着远征英国的事情。
为了避免纸上谈兵，拿破仑离开了巴黎，前往法国北部考察海港、兵站和兵营，他需要根据这些情况判断突袭英国的可行性。通过走访水手、领航员、走私贩子和渔民，最后他得出结论：从英吉利海峡进攻英国，无异于拿美丽的法兰西命运去冒险。于是拿破仑打消了远征英国的念头。但是，他仍然要选择一个能够供他展示军事天才表演的舞台，他将目光瞄向了埃及。
埃及一直是他魂牵梦绕的地方。在意大利作战的时候，他的脑海里就常常出现埃及，他认为欧洲最小了，他真正的伟大的事业应该是在东方进行的。马其顿的亚历山大是拿破仑心目中的英雄。后来，当他在埃及的沙漠上巡游时，他半开玩笑半认真地对同行者表示遗憾：自己生得太晚了，无论如何不能像曾经征服过埃及的亚历山大那样，在那里宣布自己是上帝或上帝之子。
埃及位于非洲大陆的北端，它连接小亚细亚、印度以及东方，陆地极为广大。因此占领埃及不仅可以骚扰英国对印度的贸易通道和整个大英帝国，而且还可变埃及为法国殖民地，从而补偿法国在西印度所丧失的殖民地，还可以为进一步征服英国财富的主要源泉——印度，建立有效基地。
当时的埃及是法国老盟友土耳其苏丹的领地，因此督政府认为进攻埃及实在是不义之举，但是督政府希望靠战争吸引住拿破仑旺盛的精力和智慧，避免他在巴黎同自己作对，便同意了拿破仑的建议。
1798年3月5日，督政府任命拿破仑为埃及远征军司令，远征埃及。
拿破仑精心地重建了东方军团，贝尔蒂埃依旧是他的参谋长，他的弟弟路易、继子欧仁、上校马尔蒙、谬拉和朱诺及中校迪罗志、上尉拉瓦莱特组成了他的参谋班子。
对于选拔士兵，拿破仑也是亲历亲为。拿破仑几乎是一个个地选拔远征埃及的士兵。为了使他的军队能在烈火般的阳光下作战，能走过炎热的、一望无边的、荒芜的干旱沙漠，他必须挑选能吃苦耐劳、身体健壮的士兵。
出于对科学和文史的广泛兴趣，这次远征还带走了许多科学研究人员和工程技术人员。此外，还带有丰富的图书。古希腊诗人荷马和古罗马诗人维吉尔的诗集、卢梭的《新爱洛绮丝》、歌德的《少年维特之烦恼》《圣经》《古兰经》《吠陀经》、阿里昂的《亚历山大大帝》、雷纳尔的《欧洲人在东西印度开辟商业的政治和哲学史》以及伏尔泰、孟德斯鸠的著作统统都被收集在内。
对于这支学者队伍，拿破仑极其爱护，他曾在远征期间下达过这样的命令：“让驴子和学者走在队伍中间。”这句话后来成了拿破仑爱护学者的一句名言。
在法国地中海的海港进行部队的集结和频繁的调动时，拿破仑明白，他必须尽快出发，因为在这样一个平静的海港出现如此大规模的活动，是很难逃过警觉的英国人和奸细的眼睛的。但是此时各地赶过来的东方军要越过重重障碍，还难以在近期内到达这个港口。同时，拿破仑还面临政府拖欠海军几个月的军饷等一堆难题。不发军饷使得一部分海军拒绝打仗，另外水手和士兵都没有足够的食物，军官只能打开封存在运输船上准备在埃及使用的给养。拿破仑和他的同伴们克服了准备工作中的种种困难和障碍，海军舰队终于在1798年的5月19日在土伦扬帆出港，开始了他们征服埃及的航程。当最后一名士兵上船以后，太阳升起来了，太阳是那样的光彩夺目，以致后来被士兵们高兴地称之为“拿破仑的太阳”。灿烂的阳光照耀在排成半圆形的船舰上空，甚是壮观雄伟。官兵中的绝大部分是已经跟随拿破仑很久的，他们认为只要有他在，胜利就有保证。官兵们的心中对未来充满必胜信心和美好希望。