1806年1月26日，拿破仑离开维也纳回到巴黎，受到无数狂欢民众的欢迎。几天后，一个令人兴奋的消息传来：拿破仑的死敌、英国首相威廉·皮特去世，格兰维尔继任为英国首相，他任命了同情法国大革命的福克斯为外交大臣。福克斯一贯反对皮特的对外政策，他真诚希望法国和英国能和平相处。于是，福克斯派亚尔默思勋爵去巴黎进行和谈。
拿破仑向亚尔默思勋爵表示：如果英国在他的条件下签订和约，他愿把汉诺威还给英王。消息传到普鲁士，整个宫廷大为震怒。汉诺威是普鲁士用了两个侯国与法国换来的，只是由于英国因此要对普宣战，才让拿破仑的军队继续驻扎该地。如今拿破仑背信弃义要将汉诺威作为与英国和谈的筹码，普鲁士政府感到自己受了极大的欺骗。
这时，拿破仑为了巩固自己对德意志西部和中部部分地区的统治，决定建立莱茵同盟。这件事更是给在气头上的普鲁士人火上浇油。1806年7月12日，德意志各国君主根据拿破仑的命令在巴黎签订了相应的条约，包括巴伐利亚、符登堡、巴登等16个西部和南部的德意志国家的莱茵同盟正式形成。这个同盟选举拿破仑为自己的保护人。为了对皇帝的“保护”表示感谢，同盟有义务在发生战争的情况下为拿破仑提供88400名士兵。莱茵同盟形成后，使许多以前服从奥地利哈布斯堡王朝皇帝们的独立小国，现在都要受到莱茵同盟各国君主的管辖，他们的领土也都划入莱茵同盟各国。整整存在了1000年的“神圣罗马帝国”名存实亡。
为了更完全地控制处于欧洲枢纽位置的德意志各大公国，拿破仑开始在被占领地区给身边的高官重臣、兄弟亲戚封王封爵。缪拉元帅为克累弗和贝格大公爵，贝尔蒂埃为纳夏泰尔大公，路易·波拿巴为荷兰国王，塔列兰为贝涅维特大公，贝尔纳多特为本特·科尔诺大公，康巴塞雷斯为巴马公爵，勒布伦为皮亚琴察公爵，这些人是拿破仑在这些地区的全权代理人。
莱茵同盟的成立及占领区各重要官员的任命使得普鲁士极为不安。普鲁士看到拿破仑的权力已深入到德意志的心脏，直接威胁着普鲁士的领土完整，反法情绪日益高涨。1806年4月8日，普鲁士向法国发出最后通牒，要求法军立刻从德意志土地上撤出。拿破仑对普鲁士的警告根本不予理睬，甚至向普鲁士发出挑衅。6月，拿破仑公开向立法院宣布，法国有45万军队，而且有足够的经费来维持，不用借贷，也不会发生赤字。同时，他将20万军队集中到莱茵河两岸的阿尔萨斯、洛林和莱茵同盟各国。拿破仑的所作所为激起了普鲁士主战派的狂热情绪，他们咒骂国王是胆小鬼，不敢去碰一碰科西嘉岛的小矮子，同时谴责主和派首领豪格维茨是祖国的叛徒。
7月6日，俄国外交官乌布里以谈判的名义来到巴黎，探听英法之间的和平究竟有多大可能。两个星期后，塔列兰与乌布里签订了法俄和约的初约。不过，俄皇亚历山大并不急于批准这项和约，他要看法国与亚尔默思勋爵谈判的结果如何。
英法两国在谈判桌上讨价还价，互不相让。这时传来一个意外消息：英国外交大臣福克斯去世了。随着福克斯这位英国唯一竭力主张与法国议和的外交大臣的去世，英法和谈无果而终，英法和平已经无望。看到了这一情况，俄皇拒绝批准法俄和约。
普鲁士与沙俄之间一直在暗中往来，沙俄与法国媾和失败，普俄两国就同法国作战问题达成秘密协定。根据协定：一旦普法战争爆发，俄国则用武力援助普鲁士。这时普鲁士与英国的关系十分微妙，尽管两国表面上因汉诺威问题处于剑拔弩张的紧张状态，而实际上，英国正极力怂恿普鲁士对法作战，并保证提供大量英镑来支援普鲁士抵抗法国。于是，以俄普为中心、由英国提供经费的第四次反法联盟开始形成。
得知普鲁士要备战法国的时候，德意志全境都沸腾了，普鲁士的军官们更是热血沸腾，磨刀霍霍，决意要为祖国所遭受的侮辱、欺骗讨个公道，要对拿破仑的飞扬跋扈进行报复。
8月25日，普鲁士召开了第一次军事会议，会上决定成立两个军团，由布伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥。另建立一支独立军，由吕歇尔将军指挥。71岁的布伦瑞克任总司令。此后，普军及其盟国萨克森军开始向南推进。9月底，他们集结在一条宽70英里的正面上，中路是布伦瑞克指挥的第一军团7万余人，左路是霍恩洛厄指挥的第二军团5.5万人，包括萨克森士兵在内。右路是吕歇尔将军指挥的独立军5万人，其中包括两个萨克森师。
普鲁士军队曾在腓特烈大帝时威震一时，一些士兵至今仍对其军队的威力深信不疑。他们认为，只要普鲁士军队给拿破仑以勇敢的一击，拿破仑的大军就会一败涂地，保皇党就可以在后方举行暴动，拿破仑的政权会因此被推翻，波旁王朝可以轻而易举地复辟。然而，这些自信的人却忽略了一个事实，那就是如今不是腓特烈大帝时代，而普军的后勤、武器装备大多停留在50年前腓特烈大帝时代的水平，其战术思想仍固守传统的“线式战术”那一套，僵硬的队形、迟缓的动作和有顺序的排枪仍被认为是战无不胜的。普军对于法国革命后法军所发展的机动性和战术弹性简直毫无所知。普军的将军亦多年老保守者，年轻有才干的人很难有机会破格提升。这些年老保守者一味以腓特烈时的老将自居，妄自骄矜，对新情况，新战术漠不关心，且又重视排场、形式而不重实效。更为严重的是普将之间互不服气，指挥难以统一，这必将导致行动迟缓，各行其是。所有这些，已预先决定了这场大战的胜负。
关于普鲁士要对法国宣战的情况，拿破仑早已得知。8月份，拿破仑命令近20万大军奔赴德意志的南部，9月25日，拿破仑离开巴黎，抵达梅因兹。但是这个时候，他对敌人的行动、实力及作战计划不甚了解，他只是知道萨克森和普鲁士缔结了同盟，他必须对付他们的联合兵力。法国陆军对这个新战场很不熟悉，因此，拿破仑坚持在尚未发动作战之前应尽量搜集一切有关地形的情报，他派工兵军官前去侦察从图林根森林通往普鲁士和萨克森的道路。
10月3日，拿破仑来到符兹堡，从侦察地形的工兵军官那知道了普鲁士将要兵分三路的情况。普军中路是布伦瑞克指挥的约7万人的第一军团，左路是霍恩洛厄指挥的约6万人的第二军团，其中包括萨克森士兵，右路是布吕歇尔指挥的约有5万人的独立军团，其中包括两个萨克森师。拿破仑根据这些情况估计敌军主要展开在耶拿—埃森纳赫一线，而且左翼是暴露的，只有一支2000人的小部队进行掩护。根据这个判断，拿破仑将法军划分为左、中、右三路纵队，分别向前开进。左路为拉纳的第五军、奥热罗的第七军，沿科堡、鲁多尔施塔特之线开进。中路为贝尔纳多特的第一军、达武的第三军、近卫军和骑兵的大部，沿班堡、科堡、珀斯内克之线开进。拿破仑的大本营随该路行动。右路为苏尔特的第四军、内伊的第六军和巴伐利亚军，沿安贝克、拜律寺、霍夫之线开进。拿破仑大军在30英里宽的正面上以三支平行纵队前进，各军都处在可以相互支援的距离内。
负责指挥右路法军的第四军军长苏尔特，在这个迂回普军左翼的计划中起着举足轻重的作用。为了使他对自己的战略计划有着精确的了解，拿破仑特意给苏尔特写了一封信详细地解释自己的作战意图。信中写道：“我要分三路侵入萨克森，……当你到达霍夫时，其他各纵队也都会到达与你平行的位置。我通常将在中央纵队的头部。以如此巨大优势的兵力集中在狭窄的正面上，你应能认清我是不允许敌人有任何机会的。不管敌人怎样部署，我都要以两倍于他的兵力向他进攻。”“我相信骑兵是普鲁士陆军中最可怕的部分，但以你所有的步兵，若能构成方阵，则也就没什么可怕了。不过，在战争中任何预防措施都是不可疏忽的。在你的各师中务必携带3000～5000件挖掘工具，以便必要时可以构筑防御阵地，甚至一条壕沟也都是有用的。”“假如你所遭遇的敌军兵力少于30000人，你可以与内伊会合后，再向其作集中攻击；但假使敌人已据有良好的防御阵地，则行动必须慎重。到达霍夫之后，你的首要任务是与罗本斯坦、艾贝斯多夫和希莱兹建立联系。那时我将在艾贝斯多夫。当你离开霍夫时所获得的情报可以决定你的下一次行动，或者向中央靠拢，或者再向普劳恩前进。依照我今天所获的报告，敌人似乎是趋向我的左翼，因为其主力似乎是在爱尔富特。”