拿破仑之所以对自己的战略计划作如此详细的解释，是因为他把这种“营方阵”即20万人的3支平行纵队以30英里宽的正面前进看成是战胜普军的关键所在。一旦在正面碰到敌人，他可以用一个纵队迎敌而用其他两个纵队来迂回；如果敌人在侧面出现，两军可以立即左右展开迎敌，而其余兵力则为支援。
10月8日，缪拉的前卫在霍夫遇上陶恩齐恩的萨克森师。法国骑兵如旋风一般向敌人卷去，萨克森士兵从来没有见过如此强大的阵势，没战多久便抵挡不住，仓皇北退，刚退到希莱兹，又碰上贝尔纳多特的前卫。萨克森师腹背受敌，损失惨重。
10月10日，拉纳元帅逼近萨尔弗尔德城，霍恩洛厄军团前卫费迪南亲王率领的9000人正驻扎在此地。费迪南亲王虽然年轻有为，精力充沛，但缺少实战经验，又刚愎自用。他没有采纳下属给他建议的对策，不顾一切向法军发起进攻，双方展开了一场激战。由于费迪南亲王兵力有限，很快就被法军打垮。但费迪南亲王仍不服输，亲自参加肉搏战，结果被当场刺死。普军的初期失败，使得布伦瑞克大为惊慌。尤其是费迪南亲王的阵亡，给整个大军罩上了一片愁云。这时布伦瑞克猛然意识到自己犯了一个严重错误：向符兹堡前进恰好使自己的左面和后方暴露在法国优势兵力之下。于是，他决定立即退到马格德堡和易北河谷，以便掩护其与柏林之间的交通线。右边的吕歇尔军也奉命退回魏玛，霍恩洛厄军则奉命将兵力集中在耶拿以西的高原上以保护左翼。
10月11日，苏尔特的右翼纵队已经到达普劳恩，贝尔纳多特的中央纵队在奥马之北，左翼的拉纳已进入萨尔费尔德。苏尔特在9日夜间送回一个情报，说敌军正在从普劳恩退向吉拉，拿破仑断定敌军主力会集中在此地，并准备在此地进行大会战。可不久，缪拉又报告说，他的骑兵已通过吉拉，并未发现敌人踪影，萨克森部队似乎已向西通过罗达退往耶拿。
拿破仑不得不推翻先前的判断。现在法军的三支纵队已相当集中，可拿破仑对敌人的部署还是一无所知。10月11日午夜之后，拿破仑在奥马接到缪拉的报告，至此，他才对敌军的位置获得一点线索。这时，法军又截获了一些敌方文件。从文件中分析，拿破仑估计普军主力在爱尔富特和魏玛之间。12日凌晨4时，拿破仑向拉纳发出指示：“所有截获的文件都显示敌人已经丧失其头脑。他们昼夜高谈，但不知如何决定。你应能明了我军正在集中，我要切断他们到柏林的道路。现在就是要遇着敌人就猛攻，以求将其各个击破，而不让他们集中。”
同时，他命令缪拉的骑兵、贝尔纳多特的第一军和达武的第三军夺取萨勒河在多恩堡和柯森的渡口，切断敌军向莱比锡或易北河谷的退路。
13日上午9时，苏尔特、奥热罗、内伊、拉纳四军奉命集兵耶拿，准备渡过萨勒河，前去攻击正集中在魏玛和爱尔富特之间的普军主力。同时，拿破仑命贝尔纳多特军和达武军听到耶拿炮声后，立即攻击普军左翼。
13日下午3时，拉纳送来报告，说法军已经占领耶拿城，并将12000人的敌军赶向魏玛。另外，法军还发现有30000敌军驻在耶拿以西3英里的魏玛大道上。拿破仑兴奋不已，他断言一场与普军主力的大会战即将开始。
13日晚上，大雾笼罩着萨勒河谷及其四周的高地，法军借助着这浓雾，神不知鬼不觉地整夜沿着狭窄弯曲的小路调动兵力。正如拿破仑所料，普军13日之前在魏玛、耶拿一带集结兵力达18万人，数量对法军处绝对优势。此时若能积极迎战，尚可与法军抗衡。然而，普军将领对军队如何行动存在着严重的分歧。一种意见认为普军应转进北方，另一种意见则认为应趁法军渡河之机发动进攻。军事会议在大本营开了9小时，最后决定撤离。在这宝贵的9个小时时间里，法军得以更多地集中兵力，形成对耶拿的包围之势。
6时许，拿破仑下令攻击，法军乘雾而进。战斗一开始，法军就占了上风，霍恩洛厄的几个师被打得落花流水。拉纳军继续攻击前进，霍恩洛厄命20000人排成密集的横队，向拉纳军团发起猛烈攻击。突然，法军不见了，只见一颗颗子弹、一串串炮火从房屋后、果园里、断墙边不断朝密集的普军飞来。于是，军事史上最出奇最不幸的情况出现了：一个极为壮观的步兵阵线，在整整两个钟头内，站立在开阔地带上，任凭法军无情火力的扫射，毫无还手之力，因为他们根本找不到还击的目标。普军死伤无数。霍恩洛厄看到这种情况，便不顾一切地把所有预备队都投入了战斗，等待着吕歇尔援军的到来。但是吕歇尔将军可没有霍恩洛厄那样焦急。他接到求援信后，不慌不忙地将15000人排列整齐，缓缓而行。直到下午2时，吕歇尔的先头部队才与法军遭遇。普军排着整齐的队形，迈着稳健的方步，刚刚靠近法军，还没来得及排开战斗架势，就被蜂拥而至的法军打得无法招架。15分钟内，普军损失兵力一半以上，幸存的普军纷纷掉转头来，朝着魏玛方向猛逃。在法军骑兵的追击之下，吕歇尔身负重伤，差点丧命。
下午4时，法军成纵队追击普军的残兵败将。他们如秋风扫落叶一般横扫着一切，不抓俘虏，不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大都成为法军的刀下之鬼。夜幕降临时，追至魏玛的法军在一片胜利的欢呼声中得意地返回了耶拿城。
13日夜间，普王和布伦瑞克率领普军主力从爱尔富特和魏玛向北撤退，途经耶拿西北20多公里的奥尔斯塔特，普王决定在此地宿营，这时，已占领了瑙姆堡的达武军接到拿破仑的命令，叫他选择最短路线，尽快抵达耶拿以北的阿波尔达，威胁敌军左翼。14日6时，达武先头部队抵达奥尔斯塔特东北的汉森豪森村，浓雾之中，正好遇上普军主力的前卫施美陶的步兵师和布吕歇尔的骑兵师。达武先头部队立即构成方阵，集中火力射击，打退了普军骑兵的4次冲击。施美陶的步兵师因受火力阻拦，难以继续前进，便与法军形成对峙。10时许，达武军后续两师先后赶到，但普军的后续部队也于此时赶到。普军50000多人从左右两翼猛烈攻击达武的20000多人，达武处境十分危险。
幸好普军仍拘泥于横队密集型的“线式战术”，呆板的方阵很快就受到法军灵活机动的火力杀伤。普军总司令布伦瑞克见法军顽强抵抗，亲率一团榴弹兵冲锋，不想被弹丸击中双眼，造成致命重伤，被抬出战场。普军群龙无首，各师各自为战，很快就处于不利地位，普王只得下令向魏玛方向撤退，准备与霍恩洛厄和吕歇尔两军会合，明日再战。
普王撤退途中，正好与耶拿战场上的残兵败将迎头相撞，两股败军合在一起，形成一股混乱的人流，没命地向魏玛方向逃跑。法军骑兵在后面紧紧追赶，战刀在败兵耳边呼呼作响，人人惊恐万状。
普军在继续溃退，拿破仑估计普军的自然退却方向为马格德堡，于是，10月15日，法军兵分三路，开始了战史上著名的大追击。普军在溃退过程中，人数一天比一天地减少，绝望的惊恐心情一天比一天地加重。16日清晨，普军败退部队指挥官美伦多夫在爱尔富特率军万人向缪拉投降。普王害怕法军右路部队的追击，不敢回柏林，而是东向俄国求救。10月20日，霍恩洛厄避开法军，将各军团近40000多名残兵聚集起来，守御马格德堡。这些残兵个个赤手空拳，垂头丧气，霍恩洛厄料想这支队伍难以力敌，自率24000人分三路退往斯德丁堡。10月28日，霍恩洛厄在普伦茨劳被缪拉军团团团围住，不得不率军万人、马1800匹、炮64门投降。
就在霍恩洛厄投降的前一天，拿破仑随同4位元帅、骑兵掷弹兵、近卫轻骑兵得意洋洋地进入柏林。柏林市长毕恭毕敬地把首都钥匙交给了拿破仑，请求他赦免柏林。拿破仑下令商店继续营业，生活照常进行。柏林市民怀着恐惧和尊敬的心情迎接了拿破仑，表现出绝对的服从。拿破仑来到柏林市中心广场，这里竖立着腓特烈大帝的半身塑像。拿破仑压低剑头，率先脱帽向腓特烈大帝致敬，军官们纷纷效仿。在普鲁士王宫里，拿破仑找到了腓特烈大帝的宝剑、他的颈甲以及勋位绶带和闹钟，他让人把这些东西带回巴黎，交荣军院保存，他说：“在缴获的普鲁士国王的珍宝中间，我最喜欢的就是这些战利品。我要把这些东西送给参加过汉诺威战役的老兵，他们将会把这些东西作为伟大军队的胜利和罗斯巴赫战役失败后所进行的复仇的象征珍藏起来。”同一天，拿破仑还命令把腓特烈大帝为纪念法国人在罗斯巴赫的失败而建立起来的纪念圆柱运回首都去。
拿破仑从来没有像现在这样得意过。以弗里德里希大王的尚武精神培养起来的普鲁士军队，自诩为欧洲最强大的军队，被他打得落花流水。在短短的一个月以内，作为欧洲四大国之一的普鲁士消失了，整个欧洲为之震惊，德意志各小国更是惊恐万状，他们赶忙派人到波茨坦宫向拿破仑表示归顺。他们跪拜在他的面前，祈求宽恕和庇护；他们向他阿谀奉承，保证自己对他的忠诚之心。拿破仑陶醉在胜利之中，似乎整个世界已踩在他的脚下。