在布鲁兰战役之后一个月，一天早上，林肯看见报上有佛里蒙特向密苏里州发出的布告：“密苏里州州民中，若有人帮助南方军，将没收其财产，若有人用奴隶，需将之解放。”
林肯看了非常气愤，没有经过总统的许可，怎可擅自发布命令？而且，这次战事的起因，是因为美国南方各州脱离合众国，但是佛里蒙特认为是为了解放黑奴而战。
这个布告如果真的执行，原来保持中立的奴隶州，可能会立即加入南方联邦。
为了这件事，林肯虽很信赖佛里蒙特，仍不得不将其免职。
第二年，麦克雷伦辞职了。这样一来，林肯只好亲自担任总司令，发布作战命令。
虽然不是什么大战争，可是在战场上死了不少人。同样是美国人，却如此互相残杀。林肯觉得很痛苦。
事实上，还有很多令林肯担心的事。因为战争的原因，北方有很多工厂都倒闭了，与外国的贸易，也因此开始减少。
南方的情况也差不多，英国因为得不到棉花，希望战争赶快结束，经常供应武器和金钱给南方。
战争拖久了，会带来什么样的结果？林肯自己也不知道。
在这层层的忧虑之中，林肯的内心，有了一种转变。那就是佛里蒙特所发的布告。
北方有很多人非常赞成佛里蒙特的做法，大家都认为：我们是为了解放奴隶而与南军作战的。
而林肯原来的想法是：先谋求合众国统一，解决奴隶问题容后再说。
可是现在有了这个理由，隐藏在林肯内心深处的理想，逐渐被唤醒了。
“即使合众国统一，却不能维护自由的精神，那又有什么意义？对了，为了所有人类的自由，必须打仗，这并非是兄弟闹翻，而是为了全人类的自由而战。”
战争继续打下去，林肯的信念也愈来愈坚定，虽然处于困难之中，他的内心已有了奋战到底的决定。
前来参加义勇军的人中，有位年约40岁，名字叫尤里西斯·格兰特（1822—1885）的人，年轻时曾参加过墨西哥战争，表现十分突出。
他的领导能力逐渐在军队里崭露头角，不断地受到上司的赏识，终于，林肯让他指挥大队人马。
格兰特率领的军队纪律严明，连战连捷。
1862年春天，格兰特所率领的部队攻下了南军好几个要塞。这对一直打败仗的北方军来说，是首次辉煌的战果。于是林肯擢升他为政府军总司令。正如林肯所预期的，格兰特是个了不起的军事人才。在格兰特的指挥下，政府军在东部和中部，都有较佳的进展。