菲利浦被暗杀的消息很快地传遍希腊世界，当时希腊世界的人民意气飞扬地把马其顿驻留在希腊的军队赶出去，亚历山大所继承的哥林多盟主的地位已经摇摇欲坠了。刚刚成立的“哥林多同盟”似乎马上就要面临瓦解的危机。
首先起而反抗的就是雅典。在开伊罗尼亚战争时，雅典没有受到直接攻击，而且在战后对菲利浦卑躬屈节、阿谀谄媚；但是一朝传来菲利浦的死讯，他们却举国若狂，大肆庆祝。
亚历山大迅即派遣精锐部队南下，首先镇压反抗最为激烈的底比斯。之后，他单刀直入地问雅典，是否承认他是哥林多盟主。亚历山大以迅雷不及掩耳的速度使雅典措手不及，雅典只得屈服在亚历山大的条件之下，承认了他是“哥林多同盟”盟主的地位。希腊世界都以为，在菲利浦死后，东征之事将会受挫，可是亚历山大还是按照预定的计划准备出发。
在马其顿的北方，有一个山地部族特里巴利人正在蠢蠢欲动，希望能借机独立。亚历山大在解决了希腊问题之后，整个冬天都在从事北征的准备工作。翌年春天（公元前335年），亚历山大率领着一万五千人的大军浩浩荡荡地挥师北上。他预备在东征的时候让安提帕特罗斯留守马其顿，委任他处理国内的事务，因此必须先肃清北方的敌人，以防特里巴利人犯边。亚历山大率领大军沿多瑙河上溯一直深入敌境，把舍玛斯国王打得落花流水。这次北征的另一个目的，可以说是东征的前哨战，或是一次大规模的军事演习。事实上，在这次北征中，亚历山大的军队学到了许多作战的经验，此后好几次活用在东征的战场上。
这次北征，将越过海拔两千五百公尺以上的巴尔干山脉，经过许多险峻的大山深入敌境。特里巴利人封锁了山中险要之地，他们将大石块向下投掷，利用居高临下的地势采取先发制人的战术。亚历山大则命令部下分左右散开，用盾牌抵住敌人的攻击，然后匍匐前进，尽量保存自己的兵力而通过隘道。
亚历山大率领的大军终于冲过了第一道防线，直逼敌军的大本营。整个战争变成了在森林中的游击战，这种长期的战斗对亚历山大很不利。而且，当地地势对他很不利，那里布满了急流和断崖，赢得这场战争实在是艰苦异常！
亚历山大一心想突破这种局面，因此打算先攻击多瑙河对岸的游牧民族——克塔伊族。他将皮革缝成袋子，里面塞满干草做成浮筏，同时又将巨大的树干挖空做成独木舟，以便渡河。这种用浮筏渡河的作战方法本是东方人的传统，亚历山大加以引用后的，一直被沿用下去。
从这一次的北征可以看出：亚历山大对未知的事物有难以抑制的冲劲。在以后的东征过程中，表现尤为明显。每当他陷入进退不得的僵局之中时，他一定会突破现状，绝不会坐以待毙。
亚历山大渡过了多瑙河深入克塔伊的内陆，克塔伊族虽然顽强抵抗，但是仍然被歼灭了。这时候，那些原先桀骜不驯的敌人也都不战而降。因为他们失去克塔伊的援助，从此缺乏补给，丧失了继续作战的能力。
在亚历山大的大军凯旋的途中，又接到飞报传讯，据说伊利亚人正准备袭击抵抗，以致马其顿帝国的西境又陷入了危险之中。亚历山大率领大军从巴尔干山脉西行，沿途经过许多敌人的要塞，遭受到非常猛烈的袭击。
在深山重谷之中，熟知地势的敌人占了很大的优势，亚历山大曾经遭到敌人的大包围，差点陷入绝境。可是在他的冷静判断之下，他还是取得了最后的胜利。这次的胜利不完全是以兵力取胜，而是以头脑取胜，战争的规模虽然不大，可是亚历山大充分发挥了他的智慧和军事才能。
亚历山大平定了南部和北部，使其不再扰乱东征的进行，可是真的是所有的问题都解决了吗？在巴尔干半岛的群山万谷中仍有一个接一个的敌人等待亚历山大去平定，这些都需要亚历山大以他的聪明才智去判断解决。这时的希腊诸国虽然已经被平定，可是他们仍然充满了反抗精神，要为争取自由做最后的战斗。
当时有一个谣传：亚历山大在和伊利亚人作战的时候败北而全军覆没，亚历山大本人已经战死。谣言传遍了希腊世界，使希腊人又重燃起了希望，认为这是和马其顿决战的最好机会。底比斯的民众对驻守在当地的马其顿军队大举攻击，并且把指挥官杀死。一时，要求解放的呼声直上云霄。
这种情形在雅典也是一样，狄摩西尼把亚历山大在山中全军覆没的消息十分兴奋地向大家报告。他说他是亚历山大全军覆没的唯一目击者，在九死一生中好不容易才捡回这条性命，因此他可以保证，亚历山大绝对是死了。虽然雅典的居民们对这个人所说的话半信半疑，但是大家都乐于听到这个消息。他们兴奋的情形是可以想象得到的。
狄摩西尼绝不放弃这个好机会，他马上组织军队筹划各项工作，并且接受了波斯提供的巨额经费，而且对底比斯提供武器和金钱支援。
亚历山大的消息非常灵敏，他马上获知这个变局，下定决心一定要把这些反对分子一举擒获。
亚历山大北征的目的，到这个时候可以说是完全达到了，在时间上也配合得很好。他以极快的速度穿过了巴尔干半岛的主脉，不到两个星期，亚历山大的大军已经迫近底比斯了。面对险阻的山道，装备笨重的马其顿军队居然可以每天在崎岖不平的羊肠小道上行军三十公里以上。根据常识，这是难以实现的速度。当底比斯的民众们第一次看到亚历山大出现的时候简直不敢相信：这真的是亚历山大的军队吗？
当他们辨认出那是千真万确的事实时，这才感到和解的希望全没了。这时他们也觉悟到已经面临绝望的命运。经过国民大会的商量之后，他们决定要为了自由奋战到底。底比斯的全体市民，连同奴隶、外国人都拿起武器，为保卫底比斯做最后的奋战。从他们这次全民皆兵的举动来看，底比斯确实是抱着宁为玉碎、不为瓦全的决心。尽管如此，底比斯的攻陷现在只剩下时间的问题而已。
虽然底比斯人众志成城，英勇奋战，可是还是无法抵抗亚历山大的攻击。到了最后，亚历山大终于攻入了底比斯城，不分男女老幼，一律屠杀掠夺。底比斯城内到处都是尸体，堆积得像山一样的高，即使是躲在神殿中的老人和妇女们也被士兵们拖出来，有的被杀，有的被殴打，有的被施以暴行。根据史书记载，底比斯被屠杀的种种惨况简直是人间地狱。最后，底比斯被夷为平地，浩劫之后残余的人们也沦为奴隶。
马其顿的士兵对底比斯城的破坏可以说是非常彻底，连一草一木都不能幸免。这一次大屠杀的时间只不过是一天，可是这一天的血雨腥风足令天昏地暗！这就是亚历山大恩威并施、杀鸡儆猴的做法，使其他的希腊诸国都噤若寒蝉，不敢再支援底比斯。他将这一次战役的罪魁祸首的命运交给同盟会议去决定，让希腊人自己去判决这些人。这可以说是非常讽刺的做法，亚历山大给予希腊人很大的难堪。对于希腊人，这也是一个非常棘手的问题。
曾经在荷马史诗中讴歌的底比斯的古都，其中有最负盛名的七个门，从此以后，这些历史陈迹永远地消失了！大部分的女人和孩子都沦为奴隶，大约六千名男子在这场战争中战死。底比斯的后代从此几乎灭绝了。
这时，希腊的许多国家拼命地为自己辩白，他们纷纷派遣特使向亚历山大祝贺。很明显他们都想拍亚历山大的马屁。可是亚历山大对这些使者连正眼也没有看一眼，相反的，他还要求雅典将十个罪魁祸首交出来。雅典接到这张名单后一时议论纷纷，当然黑名单之中也包括有狄摩西尼的名字。
温和派的政治家布其欧主张这十个人应该顾全大局牺牲自己。他强烈地指责那些鹰派人士不应该再躲藏起来。可是雅典的市民们觉得布其欧只是一个投机政治家，他这种意见完全是奉承马其顿的做法。一时群情哗然，嘘声四起，把布其欧从议会中轰了下来。
亚历山大也有些懊悔，他认为对底比斯的屠杀实在是太过分了。亚历山大已恢复了冷静，因此接受了雅典使节的请愿，愿意将他的要求撤回。
在同盟会议中，进攻波斯的具体计划首次被正式提出。东征行动预定在次年的春天进行（公元前334年）。希腊各国的军队将集结在贝斯坡特斯的地方，在这次会议中已经获得一致决议。
远征东方的计划是由菲利浦构想出来的，而大部分的执行工作则由亚历山大来完成，但是亚历山大进行的计划可能和菲利浦不太相同。究竟在亚历山大东征之初，他心里有着怎样的目标呢？
对菲利浦来说，进攻波斯是经过一番冷静地考虑和缜密的计划最后才决定的。为了建立东征的基础，马其顿王国的军事力量更加坚实了，当马其顿本身的力量已经稳固之后，菲利浦认为已有足够的能力做东征的准备了。
以马其顿王国为中心，以现实政策为基础，东征的范围当然有一定的限制，而不可能无止境地征服。不但如此，还要考虑到征服过的土地的安抚工作。菲利浦最大的野心就是征服整个小亚细亚，他的野心也就到此为止了。
可是对亚历山大而言，却正好相反。他的野心远远超过菲利浦，他是一个彻头彻尾的世界级的征服者。
从公元前335年的秋天到第二年春天的半年中，亚历山大一直停留在马其顿帝国，忙着做东征的准备。他首先面临的问题就是经费。在增加国家税收方面，菲利浦曾经做过多种努力，他得到了一座金矿，并开发国内的产业以及从殖民地获得了许多的税收。可是在军备方面却开支浩繁，菲利浦虽然广为开源却不能节流，因此变得入不敷出，财政收入年年都是赤字。
当亚历山大继承王位，接收菲利浦的财政时，是五百泰伦的负债情况。他为了做远征的准备又债台高筑，另外借了八百泰伦的巨额款项。亚历山大究竟从哪里借到的那么多钱呢？那些雅典的资本家们对这项空前的赌注是绝对没有兴趣的。据猜测，他可能是把王家的财产，诸如王家的领地、港湾收入以及一些王家私有收入都一一加以变卖。他这么做，在他身边老成持重的臣子一定会加以劝阻，亚历山大很可能回答说：“留得青山在，不怕没柴烧。虽然变卖了一切，但是留下希望，那就足够了！”这句话是来自野史的传说，至于是否可信暂且不去评论，但从这句话中我们可以想象出亚历山大豪气凌云的英雄气概。
镇守本国的大将安提帕特罗斯以及亚历山大的副将巴门尼欧，都对亚历山大这种“背水一战”的做法感到忧心忡忡。最令他们担心的是亚历山大连王子都没有留下，子嗣空虚就率军东征，令他们为之提心吊胆。因为只要有一根箭穿过亚历山大的心脏，这个王国就会陷入空前的大混乱。
老臣们都认为，亚历山大应该先结婚，有了法定的王位继承人之后才能够东征，这样马其顿王国的政治基础才能够稳定下来。以一个臣子的角度来考虑，自然会有这一层的想法。因为他们历经世事，看惯了为了王位继承问题而造成的许多悲惨可怕的政治事变。
亚历山大听了这些谏言只是一笑置之，他认为他所担负的使命是英雄的使命，他不必像其他的人一样结婚生子，过着安安稳稳的生活，他是不断地向命运发出挑战的人。男儿志在四方，本应驰骋疆场，绝不是像巴黎斯那样的男人——英雄气短，儿女情长！
他对子嗣问题如此地冷漠和不关心，也可以说是一个统治者对他的帝国缺乏责任感的表现。他是彻头彻尾的以自我为中心的人，除了他个人的目标之外，对其他方面的事情一概不愿顾及。这种强烈的自我态度可以从不结婚这一点上明显地看出来。
对亚历山大而言，他并没有认真地考虑到马其顿帝国的延续问题。他的心中只有自己的野心和欲望，甚至没有马其顿帝国。