亚历山大的父亲菲利浦二世，对孩子的关心并不在奥琳比亚丝之下，尤其对亚历山大的教育问题更有一套详细的计划。公元前343年，亚历山大已经十三岁了，菲利浦希望他能够离开家庭，远离经常争吵不休的父母。菲利浦认为奥琳比亚丝那种狂热、偏激的个性会带给亚历山大不良的影响。他不希望刚刚进入少年时期的孩子变得感情脆弱、多愁善感。此外，菲利浦认为亚历山大的年龄，正是应该接受教育的时候。作为王子的老师必须是一个学养丰富的大学者，这是一项先决条件。他还希望这位老师对马其顿的风土民情非常了解，同时还能热爱这个国家。要符合上述的两个条件，除了亚里士多德外，就没有第二人选。
这个时候，亚里士多德已经四十一岁了。亚里士多德的父亲是菲利浦的父王阿米欧塔斯的御医，亚里士多德在十七岁时就已崭露头角，显示出他杰出的才华，备受师友们赞赏。
在公元前347年，亚里士多德的老师柏拉图去世以后，他就离开了学校，自成一家。他独自在小亚细亚的岛上埋首研究自然科学。因为父亲是御医，因此他和比他小两岁的马其顿王子菲利浦成了儿时的好朋友。
在希腊当时的许多学者中，菲利浦独独选上了亚里士多德，除了过去的一段渊源外，似乎还隐藏了另一项更现实的政治目的。
亚历山大所居住的地方位于小亚细亚的西北岸，靠近特洛伊，这个小小的都市叫做阿索斯，它和附近的阿塔罗那乌斯都是受贝鲁美尼亚国王所支配。贝鲁美尼亚国王非常崇尚学术，礼贤下士，希望在哲学家的同心协力下，缔造一个理想的国家。亚里士多德和贝鲁美尼亚国王可以说是亦君亦臣、亦师亦友。亚里士多德娶贝鲁美尼亚的养女为妻子。亚历山大东征的时候，在他身边的一群学者原先都是在此地做研究的。当时的亚里士多德俨然成为一个新兴学术团体的领导者，他把原来在雅典的精英分子都吸收集合在这里，成为一个新兴的学术中心，有着后来居上的蓬勃气势。
虽然阿塔罗那乌斯在学术上显得朝气蓬勃，但是强敌逼境，政治上的纠纷却层出不穷。菲利浦的大军已经兵临黑海沿岸，为了经济目的，菲利浦希望能够占领谷仓地区，并对雅典实行海峡封锁。菲利浦的计划并不是纸上谈兵，而是有着积极的行动表现。他估计雅典迟早会屈服，对雅典投降后所要进行的工作，他已有了详细的计划，成竹在胸。
这时候，雅典的政论家伊索克拉德斯曾经向菲利浦写了一封公开信（公元前346年），这封信是站在希腊人的立场，尤其是站在雅典的立场，在认清本身利害关系的情况下提出来的。信里所提出的要求和菲利浦内心的打算正好不谋而合。希腊人希望能够借刀杀人而不费自己的一兵一卒。菲利浦就非常冷静地利用这个机会把他的计划一步接着一步地付诸实施。
菲利浦对希腊世界的政策就是恩威并用。对某些国家只要杀鸡儆猴，让别的国家心怀畏惧就行了，至于大部分的希腊国家，他更愿意采取怀柔政策。这种双管齐下的政策使他的行动更具有弹性，因此他认为伊索克拉德斯的意见有利用的价值。
总之，他的大军如果能深入博斯普鲁斯海峡，那么小亚细亚就近在咫尺了，能够占领到这个地点，将来很多困难也就迎刃而解了！而贝鲁美亚尼国王正控制着这块颇有军事价值的土地。
在公元前343年，菲利浦与波斯国王亚尔特萨尔萨斯三世缔结了和平友好条约，这也是他远交近攻的政策体现。马其顿与波斯言明互不干涉，为了防止希腊和波斯联手对付马其顿，菲利浦事先已和波斯取得默契，如此侵略希腊就不受波斯的牵制了。这也是菲利浦为了防患于未然的一种策略。
菲利浦一边和波斯签订友好条约，另一方面却秘密地和贝鲁美尼亚签订了军事同盟的密约。他这秘密协定很快就被波斯获悉，由于波斯西部的属州相继叛离中央政府，因此波斯对菲利浦和贝鲁美尼亚签订军事密约的事非常敏感，也非常紧张。没有多久，波斯就把贝鲁美尼亚予以逮捕，并且判了死刑。当时和波斯政府一直保持着秘密联系，而居中奔走的狄摩西尼曾得意洋洋地夸下海口：“我能洞察菲利浦的各种阴谋，只要有我在，大王就可以宽心了。”照这种情形看来，成立反马其顿联合战线似乎是指日可待了。
但是波斯方面对贝鲁美尼亚不管是如何地拷打逼问，他始终拒绝吐露密约的内容。他临死前曾经留下遗言说：“请告诉我的朋友们我是爱好哲学的人。人自有风骨，威武不能屈。我绝对不会在他们的淫威之下吐露出任何一个字的。”
亚里士多德受到马其顿王菲利浦二世的聘请，束装前往马其顿的王都佩拉。这时的亚里士多德不可能对秘密协定完全一无所知，他很可能是在贝鲁美尼亚的谅解之下带着政治的使命而赴任的。亚历山大和亚里士多德的相遇似乎是命运的安排，但是隐藏在这个后面的可以说是一连串的阴谋。亚里士多德和他的外甥卡利斯特尼斯听到了从遥远的波斯首都传来的消息——贝鲁美尼亚不屈于淫威，被波斯人钉在十字架上处死。贝鲁美尼亚坚强不屈，终于以死捍卫荣誉，带给亚里士多德和卡利斯特尼斯很大的震撼。贝鲁美尼亚志行高洁，维持了一个哲学家国王的最高尊严，亚里士多德特别撰写诗文以为其哀悼。
这时候，亚历山大已经不适合在佩拉读书求学了。在宫廷之中，处处隐藏着政治的阴谋和诱惑的种子，此外他的母亲给他的影响也太过强烈。
在佩拉西南的山中，有一个非常宁静的山林水泽女神的神殿，附近丘陵起伏，牛羊遍野，果实累累，玫瑰花开得满山满谷。自古以来，这一带就赢得了“梅萨王的花园”的美誉。
亚历山大就在这片宁静的地方跟随亚里士多德学习。经过了三年的岁月，在他的同学之中，很多人都成了他日后的好友，其中包括荷费帝欧，成为埃及国王的托勒密，大将巴门尼欧的儿子费罗塔斯和执马其顿大政之牛耳的大臣安提帕特罗斯的儿子卡桑得洛斯。他们徜徉在大自然中，一边漫步，一边接受名师的指教。亚里士多德采取学院式的科目来教育学生。
但这些年轻的学子对几何学和形而上学往往感到十分乏味。
最能吸引这些少年们的就是亚里士多德热衷研究的植物学和动物学了。到了后来，亚历山大对医术和畜牧方面仍有着很大的兴趣，也许是从这个时候发轫的。他不但深谙医学上的理论，并且具有实际的经验。在以后的东征期间，他曾亲自为生病的朋友开处方，并且写下了各项应当注意的调养事项和饮食问题。
事过多年后，亚里士多德曾经提到当时的教学情形。他认为，这批初长成的孩子们对风云诡谲的政治学无法产生很大的兴趣，也许是由于他们缺乏实际经验和对政治缺乏更深一层的体认。
后来，亚里士多德应亚历山大的要求，写下了《王权论》和《殖民论》的政治著作，可是他的这些政治学说似乎没有给亚历山大带来直接的影响。一位专门研究世界古代史的历史学家曾经下过这样的结论：亚里士多德在政治哲学上并没有给亚历山大带来很大的影响。对亚历山大而言，父亲菲利浦给了他生命，而亚里士多德却教他过一种高尚的生活，为他启开了知识之门。他对希腊文化充满了热情，日后随着他的东征，小亚细亚一带纷纷希腊化了，其流风余韵，历经三百年而不衰！