第一次世界大战爆发的时间，与荣格的瑞士派人士从弗洛伊德的阵营中决裂出来的时间几乎相吻合，这两件事都对精神分析的发展有重大地影响。
大战中的那几年，欧洲大陆国家、英国、美国，还有最反对弗洛伊德的人，都很难忽视一个问题：数以千万计从战场负伤下来的士兵们，大都患上了精神崩溃症。当时人们对此有个特别的名称，叫做“炸弹惊骇症”。这种症状不仅可以用精神分析的治疗法减轻，而且还可借此证实某些精神分析理论的假设。到了1918年，不论是协约国，还是同盟国，都已经用精神分析治疗军队医院中的病患了。
而在1914年夏天，弗洛伊德尚未与荣格决裂并筹备着在德勒斯登举行国际精神分析大会时，并没有预见到这些发展。
8月初，弗洛伊德被迫承认：一场世界大战正在酝酿中。不过他认为那是强加于不得已的奥地利和德国的战争，而且这战争会在不太骚扰平常生活的情况下成功地结束。8月2日，他写信给在维也纳的大女儿玛西黛，告诉她，他和玛莎想在温泉区多待些时候，但是军事的动员使他无法出外旅行。
有好几个星期，弗洛伊德几乎不知如何是好。他不愿意在正常休假完毕以前重新执业。他列出他所搜集的古玩清单，而且为仍然衷心于他的兰克的图书馆编目录。9月，他去探望在汉堡的女儿苏菲，到柏林访问弟子卡尔·亚伯拉罕，然后回到维也纳开始工作。10月时，他只有两个病人，到了11月只剩下一个了。他终于开始严肃地思考起大战的意义。
从表面上看来，在大战的最初几个月里，弗洛伊德不知何去何从，但事实上，他集中精力于他的工作，而且特别卖力。1915年初，在六个星期里，他完成了五篇重要的论文，接着用同样的时间又完成了另外五篇。
成立于1911年的美国精神分析学会，不接受外行成为正式的会员，而且不论会员的医学资历如何，一律要求他们接受严格的训练，然后才可以成为执业的精神分析师。其他组织的做法大致相同。但是这种做法充其量只能防止对精神分析功能的曲解的散播。
弗洛伊德所预言的庸医骗人行为真的发生了，使他遭到各方面甚至精神分析师的攻击。有人曾经说：“当弗洛伊德的声誉日增时，别人恶意地把他的理论与瑜珈术、神圣的治疗、动物吸引力和整骨疗法等归为同类。有一本在1912年出版的教科书，把心理治疗放在“招魂术和通灵术”的章节里，评论它说：‘可能借着启示，有些实用主义的价值，但是却没有科学的根据。另一位心理学家则强调，治疗的成功并不能测验理论的正确性。’”
只有一些比较通俗的杂志（大多数在政治上保持中庸立场者，以及受过教育的外行人，期望在这些杂志上面得到精神分析之类的消息）成功地保持着不偏不倚的报道态度。既不随便赞美，也不作骇人听闻的谴责。其中之一是《纽约时报》。当1914年秋天《日常生活的精神病理学》的译文出现在美国时，它以半页的篇幅，做了客观的报道。
1915年初，长期血战的迹象日益明显，英国人即使没有充足的理由，也可以找到许多借口，谴责弗洛伊德只是另一个“长久使我们受损的德国教授团的家伙”。如果不是大战前夕有一小群支持精神分析的人仗义执言，这些攻击将会产生很大的力量。这一群支持者中间，最有名的当然是恩斯特·钟士，他1922年时由加拿大返回英国，开始在伦敦执业。
创立伦敦精神分析学会，只是钟士在英国推广精神分析的最重要项目。不久，他向皇家医药学会精神病学组发表演讲，受到热烈欢迎。第二年，弗洛伊德的“遗忘理论”讨论会在达拉莫的心理学家与哲学家联合会上举行，而偶尔在医学刊物上登载精神分析论文，已不再引起人们震撼惊奇了。
如此，在大战爆发以前，英国已有一群支持弗洛伊德的人。虽人数少，却坚决地在英国建立起了“桥头堡”。布列尔翻译的《日常生活的精神病理学》在大战期间的第一个冬天出现于英国。
当却尔斯·马西尔反对在战时使用精神分析时，被医药心理协会的会长断然拒绝了，原因是这个主题将不会被人们认真看待。会长还埋怨道：“当然，弗洛伊德和荣格等人的卑劣教条，在英国精神病学家的教学和著作中，都没有得到什么支持，是众所皆知的。”但是，尽管精神分析只受到极少数人支持，仍有些人感到受不了。几天后，一些“卫道士”在《英国医学杂志》的专栏中问：“大家是否知道，精神分析家们在我们的军医院中的疯人病房做有害的工作！”
在维也纳，精神分析学会的聚会因大战爆发而搁置了，后来虽然恢复，却每三个星期才举行一次。弗洛伊德的诊所生意没有起色，他像许多维也纳的中产阶级一样，面临收入减少、物价上涨的双重压力。他的三子恩斯特跟长子马丁一起从军；而奥利佛因为体格欠佳不能服役，而参与了一连串的机械工程。弗洛伊德写信给亚伯拉罕说：“我现在好像在北极圈的长夜里，正焦急地等待太阳升起。”
太阳终于在几个星期后升起了。弗洛伊德开始写一连串的论文，并以前所未有的速度完成了。第一篇是《对当代战争与死亡的沉思》；第二篇是《我们对死亡的态度》，于1915年4月首次发表。
这两篇为《影像》杂志所写的文章完成后，弗洛伊德立刻从事起一项雄心勃勃的工作：将十几篇论文集成一本书，取名《超心理学绪论》。“超心理学”这个观念，是他首先使用的。他曾向弗莱斯解释那是“引导至意识背面的心理学”。多年来，它的意义已经扩大到可以在科学中称为“一般理论”了。但是，弗洛伊德特别用这个词形容精神现象与精神器官及所牵涉的本能以及在器官中产生能量分配的关系。
书中头两篇论文是《本能和它们的变化》以及《压抑》，集中在三个星期内完成。第三篇《潜意识》花的时间不超过三星期，阐述了弗洛伊德建立整个精神分析的中心思想。接下去是《梦的理论的超心理补充》和《哀悼与忧郁症》。
这五篇超心理学的论文完成后，弗洛伊德开始准备他在大学的定期讲课。讲授时间是1915年10月和翌年3月，对象包括医生和其他科系的教授们。这次讲课和他在其他大学的演讲不同，他要出版讲义，这样他可以向较广大的群众显示他的思想，并以炉火纯青的方法鼓励他的听众跟从他的说法。
他演讲的前言，已印成《精神分析入门》。他提醒大家，“在目前的环境下，我们不可能……沉着冷静地保持一种科学理论；也不可能避免以一个警告作为开始”。于是，他在开场白中说，在他的听众中，可能有人不满意皮毛地了解一点精神分析，而是决定要和它建立更永久的关系。
在一系列的演讲开始前，弗洛伊德特别向听众声明，他将不讨论思想倒错和梦（因为每个人都有个人的经验）而要讨论神经官能症，那是除了听众中的医生外，大多数人都很陌生的一种现象。
《精神分析入门》是弗洛伊德除了《日常生活的精神病理学》之外，拥有最多读者的一部作品，曾被翻译成十七国的文字。
弗洛伊德很清楚，对于外行人来说，这些讲稿清晰地阐述了精神分析，它们也为他带来一大笔财富。但是，1918年3月他的书完成以后，他却比以前更沮丧了。毫无疑问，原因是一到5月他就六十二岁了，他以前认为自己在这个年纪就会死去。他对战争的结果也愈来愈悲观，而且，秋冬来临后，食物和燃料将更加短缺。除了这些物质问题外，他还为国际上的认可与否而担心。
1917年，至少有几件事值得弗洛伊德庆幸：他两个在军中的儿子安然无恙，直到战争结束都是如此。马丁一直在西班牙加里西里和俄国的前线，而恩斯特则在意大利的前线，好几次从鬼门关躲过。弗洛伊德只有一个亲戚阵亡，那是他妹妹罗莎的儿子哈曼格拉夫。他出嫁的女儿玛西黛和小女儿安娜都在维也纳，除了经常想念在前线的马丁和恩斯特外，他主要的家庭问题是很难跟在汉堡的女儿苏菲联络。
到了秋天，生活条件变得更困难，未来唯一能确知的事，就是食物和燃料的短缺。但是，也有几件事情稍微减轻了弗洛伊德的忧郁，那就是有人提名他接受诺贝尔奖金。事实上，早在1914年，就有美国心理学家怀特策划提名弗洛伊德，但是后来没了下文，而弗洛伊德本人似乎也不知道有这个计划。现在弗洛伊德的名字被罗伯·贝拉尼提出，此人在1914年得到了诺贝尔的医学奖。
弗洛伊德并没有因贝拉尼的提名而得到诺贝尔奖金，以后罗曼·罗兰、阿诺·兹伟克（德国文学家）等人也同样努力过，都没有结果。弗洛伊德告诉弟子亚伯拉罕：“我已经两次看见诺贝尔奖金从我面前扬长而过。我也已经了解，这种官方的承认根本不适合我的生活方式。”
当1917年的秋天到来时，还有另一个令人鼓舞的小火花：英国人已经占领了耶路撒冷，并且发出《贝尔福宣言》，答应支持犹太人在巴勒斯坦建立家园。弗洛伊德对亚拉伯罕说：“这是唯一使我快乐的事情。”
虽然弗洛伊德现在仍深陷于沮丧之中，但精神分析的前途已经渐渐地改善。在美国，哈佛大学的神经病学家詹姆斯·杰克逊·普特南就曾慨叹说：“十多年以前，有谁曾梦想过，今天的大学教授们会向男女学生讲授弗洛伊德的理论？科学界人士依赖它们，以探求本能的奥秘；教育家们希望找到训练年轻人的秘诀。”
在医学界，这种改变的原因是医生们现在必须处理渐增的患了“炸弹惊骇症”的伤兵。不错，在以后的战争中，也有许多受战争压力而使人精神崩溃的例子，但是他们的数目与身体受伤或感染疾病的人相比，却是微乎其微。现在，在西方前线的持久壕沟战，加上日夜不停的炮火轰炸，使情况急速改变，人们逐渐关切战争所引起的精神病问题。精神病医师被配属到军队医院里，而精神病的病例和外科及内科的病例一样，被详细地研究着。
弗洛伊德一点也不知道精神分析在英国发展的情形，而且很少接触奥国所治疗的“炸弹惊骇症”个案。但是，可能陶斯克等人已经提醒他注意这些现象。
陶斯克是在1915年被征召为陆军的精神病学家，第二年发表了一篇论文，叫做《关于所谓战争精神病的症状学之诊断考虑》。
在欧洲，考虑用精神分析治疗战争下精神病患者的人不只陶斯克一个。在1918年2月，弗洛伊德收到由恩斯特·锡麦撰写的论文《战争的神经性官能症与心灵创伤》。锡麦是一位德国医生，战争爆发时，被征召到一个野战医院担任医药顾问，不久后采用被认为是革命性的政策，即以客观而公平的态度对待在战斗中受压力而精神崩溃的人，而不是将其视为装病逃避义务的兵士。
几个月以前，锡麦曾向德国作战大臣提出一项计划，准备组成一个精神分析机构用以研究神经病源，并免费提供顾问的诊所以及一个可以治疗病人的疗养院。当局似乎没有接受他的建议。但是，德国政府受到了影响，派了一位官方代表，参加由弗洛伊德及他的追随者筹划的定于1918年举行的国际精神分析大会，而奥地利和匈牙利也是如此。
大会本来决定在波兰的布勒斯特举行，但是后来改在匈牙利的首都布达佩斯，时间是9月。值得注意的是，没有瑞士人与会，出席的四十二人中间，有三个荷兰人，三个德国人，其余的则来自风雨飘摇的奥匈帝国。当弗洛伊德知道中央集权官方有兴趣的真正原因时，他一定有许多感慨：精神分析原来的目的是揭开人类思维的神秘面纱和减轻人类的痛苦，而现在却被认为是尽快把人送回战场的一种方式。