伽利略的惊吓加重了他的关节炎的病痛，关节炎折磨得他几个礼拜无法起床。佛罗伦萨印刷商传言伽利略的《对话录》已遭禁印，如伽利略不能获得罗马方面的解禁命令，这书将不再印刷了。
医生要求他要完全的休息。医生说：“即使你能旅行，在这湿气大、天气坏的情况下，长途行走也非常危险。瘟疫也还正在猖狂蔓延，你如果在路上和这些患者混在一起，难免不被传染，以你现在的衰弱状况，准死无疑。”
伽利略咆哮着说道：“审判会叫我去报到，不就是判了我死刑吗？我还怕什么瘟疫？你为什么要阻止我去与敌人作战？”
他企图起床，可是立刻又躺下喊痛。
医生恳切地说：“不是我要阻止你去，是你的病情需要休息。你该知道你已年近70，而多年来你一直都在生病。”
伽利略又另外请教了两名佛罗伦萨的名医，他们一致认为这种情况外出，的确是死路一条。三位医师一道去见审判会当局，审判会将这种情形向罗马报告，说伽利略自己愿意前来受审，但医方报告要求延缓。另外一位佛罗伦萨高级官员也写信给罗马当局说：“可怜的伽利略卧病在床，随时可能到另一世界报到而无法前来罗马。上帝说过：‘我不要求罪人死去。’”
审判会并不希望伽利略死在受审之前。这起诉既已发出，当局计划自行判决处理。受苦中的伽利略也知道，越是拖延对他越是危险。
卡斯特里写信给伽利略说：“你的审判者最希望你不来罗马出庭，这样他们就可以公开宣告你的抗命和反叛……因此我希望你能克服体力和气候上的困难，将自己交给上帝，赶快来；我认为你有克服一切困难的希望。”
伽利略想尝试克服身体上的病痛而准备起程，但经受不住马车的颠簸，他感激地接受了大公爵派送来的担架轿子送他去罗马。临行前，他把家务安排就绪，写信给女儿，他虽被允许可以直接到配药室见玛丽亚，但他不忍看到女儿的眼泪，于是叫文辛带着两个孙儿女来山庄道别。他用手杖支持着走向火炉侧的一张舒适的靠椅上休息，文辛一家人来到的时候，他已无力坐起，只得回到卧床上。
宗教法庭宣布10月开庭，伽利略的这段恐怖、不安的生病日子，却一直延续至11月。黯淡无光的圣诞节就要到了，更让这位失去欢乐和不知所措的科学家感到苦恼。最后，佛罗伦萨传来罗马的命令，如果不立刻自动前来，当接受拘捕传讯。这一屈辱、卑鄙的威胁迫使伽利略和他的朋友、他的医生放弃休养主张，让他忍耐着病痛，由仆人抬上担架轿子起程。
整整3个礼拜，伽利略躺在担架轿垫上，心里被各种预感煎熬着，身体被病痛侵袭着。正月里从亚平宁山脉吹来的寒风细雨，刺骨奇痛，强壮健康的年轻人都不易忍受，更不用说这衰弱的老人了。这真是一场漫长而又缓慢的炼狱生活。
因为瘟疫仍然非常猖狂，伽利略等在近罗马边界处便被截停了下来，要等几个礼拜的检疫留守。这一延搁加深了他的苦恼，行程已使他吃不消，如今，他真疑心自己是否能够活着到罗马。最后他们获准进城，他已衰弱得头晕目眩，连前来迎接他的朋友他都认不出来了。
1633年1月，第一个走近担架轿子和他握手的人是佛罗伦萨驻教廷大使尼柯里尼。伽利略前几次访问罗马时，尼柯里尼曾在他罗马的住所里热情地招待过他。尼柯里尼不是趋炎附势的小人，他拒绝了其他朋友不要迎接伽利略的劝告。他时常写信给大公爵费南度二世，劝说这胆小的统治者运用他的影响力照料伽利略。他甚至不怕引起教皇的不快，而不顾审判会的规章制度，和教皇讨论未来审讯的事情。
这位大使将伽利略接入使馆，安置他住在他以前住过的舒适的房间里，并由以前招待过他的人侍候他。尼柯里尼还亲手替他调配饮料，这一切使伽利略感激得落泪了。
伽利略告诉尼柯里尼说：“你待我这么好，好像我是你的父亲，我儿子也从来没有这样照料过我。我家里只有玛丽亚真正爱我。”他说着，想要坐立起来。“现在，我必须写封信给她，告诉她我已平安到达。”
尼大使轻推着让他躺下，并告诉他说：“我会亲自写信给她，你这时候一定要休息。”他指示佣人将厚厚的锦缎窗帘拉下，“你先睡睡。迟些时候，你精神好些了，我们再来谈谈我已经知道的有关审讯事项。”
第二天，尼柯里尼拉近一张椅子靠着壁炉，让伽利略舒适地坐着，他自己则坐在一张小绒凳上，两人开始聊天。伽利略迷惘地问道：“为什么我的许多老朋友和同道人士都对我不满意？我知道多米尼克教派学者迟迟不能接受——其实是没有必要的担心——以为我的观念会损害他们的托马斯·阿奎纳士气，但其余的人为什么也伙同一气说我的不是呢？”
尼柯里尼不禁大笑着说：“以你的智慧，在世上活了这样久，怎会问出这种天真幼稚的问题来？这些显要们上次热衷观看你的望远镜时，你的声名就已太盛。为什么很多对科学没有兴趣的人也参加到敌对你的那一边去了呢？”
说至此，他又凄苦地一笑说：“我小的时候，常到乡下我的保姆家去玩。有一天我惊恐地看到一群小鸡围着啄一只流血的母鸡，我问保姆道：‘为什么它们要啄伤这可怜的母鸡呢？’我记得保姆是这样凄凄地回答我的：‘孩子，鸡也和人一样，当它们发现它们当中的一只有困难时，会联合一起把它啄死。’”
“也许你是对的。但最使我感到不解的是，听说教皇陛下也转而反对我。你知道，他当主教时便和我有很好的友谊，曾写诗赞扬过我，甚至写给我的信，末尾也用‘你亲爱的兄弟’作称呼。如今……”
尼柯里尼打断他的话说：“这样说来，有关教皇变心的谣言并没有传到佛罗伦萨？我实在不愿再重述这种无稽谎言，但是，你也该了解一下，以便替自己辩护，这谣传早已传遍罗马每个角落。我个人绝不相信乌尔班教皇会降格到为这样一桩个人侮慢而公报私仇！但据说，他认为你对他是严重地犯了亵渎神圣教会的罪。”
伽利略气急败坏地说：“我从来不敢梦想对乌尔班教皇有任何的冒犯啊！”
“不要激动，你必须面对这事实。我第一次阅读《对话录》，也没有那种感觉。后来，他们给我证据……”
“证据？”伽利略惊呼起来。
“你如果不沉着地听我讲，我就不再告诉你什么了。”大使警告他说，“对我来说，这‘证据’根本不叫证据。我是你的朋友，也许在替你说话。但好几位你的敌人，拿那一段文字给我看，说是你借傻瓜辛卜里西阿的口，说出教皇说过的话。”
伽利略呆住了，内心愤怒至极。他请尼柯里尼把那一段文字拿给他看。尼柯里尼按铃叫仆人把书拿来。这是一本皮面精装本，伽利略特为他这位亲爱的朋友订制的。
伽利略两眼直视着那本书，找到那要命的一句话。对一般读者而言，如无特别企图，绝不会认为这辛卜里西阿的话有辱上帝的至高权威。
尼柯里尼轻轻地解释说：“教皇似乎认为你的确是引用了他说过的一句话。因此，你如果把这句话借辛卜里西阿这个角色的口说出来，那么这整个角色……”
“我可以发誓，用我的生命担保，我绝未听到教皇说过这些话，”伽利略插口说，“不！让我这样解释，因为我有幸和他有过很多的谈话，他也许这样对我说过。但是，在过去，我曾和许许多多明智的教会人士谈过话，也许我把它们混淆了。因此，假如能允许我向我的老朋友解释……”
尼柯里尼警告地举起一只手说：“绝不可提及我告诉过你的任何一句话，乌尔班教皇绝不会承认他是因为个人情感而对你的书发怒的。同时，他也绝不会接见你。请信任我，据说，你的敌人在教皇耳边说了几句话，说你把他说成像辛卜里西阿小丑般的模样。”
这项罪名实在令伽利略难以置信！伽利略越想越感震惊，教皇乌尔班八世居然相信他会这样不敬地讽刺他。
伽利略的最后一本著作，也是最为人所争论的书，是用一种对话形式写成的，里面有三个个性非常不同的角色。伽利略没有忘记对宗教法庭的允诺，著作中避免直接对托勒密和他的学说进行攻击，同时也尽量避免对哥白尼学说已成事实的辩护。从他的书名便可显示出他忠实地站在不偏不倚的中立态度上。
这三位轮流表示他们的《哲学和大自然理论》的人是：代表哥白尼学说门徒的沙维艾弟；代表心胸开放，对任何一个问题均能从各种角度去研讨的沙格雷多；另一角色是辛卜里西阿——无疑地，伽利略把这个角色描绘成代表与他敌对的人——一个一再引用亚里士多德的议论者，也是伽利略从学生时代就反对的一个人。怎么会有人相信，这一个小丑性质的保守人物，会是专门影射属于亚里士多德学派的某一特定人物呢？
伽利略抗议说：“我怎会有心影射教皇？这真是胡说八道！我是一个虔诚的天主教徒，拿什么理由来戏弄他？”
尼柯里尼也感到闷闷不乐。“这吓人的控诉刚开始被提出时，我也是这样怀疑。”他说，“现在，我们仅能期望，你女儿的祷告能让上帝把那些审判员的心肠得以软化。”
伽利略叹了一口气说：“但愿我能很快见到他们，这样悬疑的生活已经过得太久了，真是生不如死！”